[發明專利]一種染色體變異檢測裝置

有效

• 申請號: 201610991671.8
• 申請日: 2016-11-10
• 公開（公告）號: CN108073790B
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發明（設計）人: 劉卉;侯光遠;郭璟;王秀莉;魏少華;玄兆伶;李大為;梁峻彬;陳重建
• 申請（專利權）人: 安諾優達基因科技（北京）有限公司;浙江安諾優達生物科技有限公司;安諾優達(義烏)醫學檢驗有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 北京彩和律師事務所 11688
• 代理人: 閆桑田

1.一種染色體變異檢測裝置，其包含下述模塊：

數據獲取模塊，用于獲取對測試樣本進行目標區域捕獲測序而得到目標區域捕獲測序數據；

窗口劃分模塊，其與所述數據獲取模塊相連接，用于針對不同的參考基因組，按照給定的窗口長度對參考基因組序列劃分窗口，生成各個窗口對應的GC含量以及匹配率；

數據轉換模塊，其與所述窗口劃分模塊相連接，用于將目標區域捕獲測序數據轉換成低深度全基因組測序數據；

數據矯正模塊，其與所述數據轉換模塊相連接，用于利用劃分窗口后計算得到的GC值以及匹配率值，分別進行LOESS矯正；以及

染色體變異判定模塊：其與所述數據矯正模塊相連接，用于判定是否存在染色體變異；

其中，

所述數據轉換模塊包括下述子模塊：

目標區域識別子模塊，其與所述窗口劃分模塊相連接，用于對目標區域的測序片段進行標記，并去除測試樣本和參考基因組中被標記的目標區域；以及

數據轉換核心子模塊，其與所述目標區域識別子模塊相連接，用于計算非補償DOC值及補償DOC值，

所述非補償DOC值是指窗口內去除目標區域部分的DOC值，

所述補償DOC值根據下述公式計算，

compensated DOC＝uncompensated DOC*bin_size/(bin_size-x)，

該公式中，compensated DOC表示補償DOC值，uncompensated DOC表示非補償DOC值，bin_size表示窗口的長度，x表示窗口內屬于目標區域的長度；

所述數據矯正模塊利用所述窗口劃分模塊生成的窗口GC含量和匹配率對所述數據轉換模塊計算得到的補償DOC值進行LOESS矯正，得到DOC_loess值；

所述數據矯正模塊對所述DOC_loess值再按如下公式進行一次中值矯正：

log₂DOC_loess＝log₂(DOC_loess/median(DOC_loess))，

該公式中，log₂DOC_loess表示最終的DOC值，median(DOC_loess)表示所有窗口的DOC_loess值的中值；

所述染色體變異判定模塊包括：

分片子模塊：其與所述數據矯正模塊相連接，用于將所述log₂DOC_loess值按照一定的規則進行分片，從而確定CNV斷點的位置并將其展現出來；以及

異常報告子模塊：其與所述分片子模塊相連接，用于利用分片后的數據進行差異性分析，報告不同片段的異常狀態信息。

2.根據權利要求1所述的染色體變異檢測裝置，其中，該染色體變異檢測裝置還包括過濾模塊，所述數據獲取模塊和所述窗口劃分模塊通過所述過濾模塊相連接，所述過濾模塊用于將不合格及低質量的測序數據濾除。

3.根據權利要求1所述的染色體變異檢測裝置，其中，

所述窗口劃分模塊首先檢測設定的窗口劃分長度是否滿足1Kb的整數倍，如果是，則根據測試樣本的參考基因組，將參考基因組按染色體、窗口大小進行窗口劃分，并給出每個窗口對應的GC值、匹配率。

4.根據權利要求1所述的染色體變異檢測裝置，其中，所述數據轉換模塊還包括下述子模塊：

過濾子模塊，其與所述窗口劃分模塊相連接，用于過濾除去不合格的測序片段；

測序片段計數子模塊，其與所述過濾子模塊相連接，用于統計過濾后剩下的測序片段，并將其存放到指定文件中；

所述目標區域識別子模塊與所述測序片段計數子模塊相連接。