[發明專利]一種胃癌新型分子標記物hsa_circ_0001017的檢測及應用

有效

• 申請號: 201610845780.9
• 申請日: 2016-09-23
• 公開（公告）號: CN106591428B
• 公開（公告）日: 2021-06-11
• 發明（設計）人: 郭俊明;李田文;肖丙秀
• 申請（專利權）人: 寧波大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6851;C12N15/113
• 代理公司: 寧波誠源專利事務所有限公司 33102
• 代理人: 徐雪波;葉桂萍

本發明涉及一種用于胃癌診斷的環狀RNA分子標記物，其特征在于：該環狀RNA為hsa_circ_0001017，本發明還提供一種檢測血漿中狀RNA分子標記物的方法，包括如下步驟：(1)采集血液，提取血漿中的總RNA；(2)將總RNA逆轉錄成cDNA；(3)利用特異性擴增背對背引物和看家基因GAPDH的擴增上下游引物對步驟(2)的cDNA溶液進行數字微滴PCR檢測，反應結束后檢測所有微滴的熒光信號值并設定閾值，根據閾值確定微滴是否包含環狀RNA或看家基因GAPDH，高于閾值的微滴為陽性微滴，低于閾值的微滴為陰性微滴；(4)統計陽性微滴數，計算得到血漿中hsa_circ_0001017和看家基因GAPDH的拷貝數，以對血漿中的hsa_circ_0001017進行定量檢測，與現有技術相比，本發明的優點在于在胃癌患者血漿中的特異性表達上調hsa_circ_0001017可作為胃癌診斷的新型分子標記物。

技術領域

本發明涉及一種血漿中環狀RNA的檢測方法，尤其涉及一種微滴式數字PCR檢測血漿中環狀RNA的方法及其應用。

背景技術

全球癌癥統計中，胃癌發病率列居前位，中國又是胃癌高發大國。盡管診斷技術在不斷提高，以手術治療為主的綜合治療手段越來越豐富，但胃癌依舊是全球主要癌癥致死性疾病之一。而且，現有的腫瘤標志物CEA、CA19-9、CA50、CA125在胃癌診斷中的敏感度與特異性并不高，雖然CA72-4對胃癌具有較高特異性，但通常也只有在胃癌的III-IV期才出現增高。因此，尋找可靠的生物標志物作為早期診斷依據和可靠的治療靶點成為當務之急，如lncRNAs。但隨著基因工程研究的深入，科學家逐漸將目光轉向環狀RNA(circular RNA，circRNA)，因其在致癌與腫瘤抑制途徑中顯露出的潛在作用而成為腫瘤研究的新熱點，circRNA是區別于傳統線性RNA的RNA家族新成員，不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共價鍵形成環形結構的非編碼RNA分子。最新研究表明，circRNA具有閉合環狀結構，主要通過非典型可變剪切加工產生，廣泛存在于各種生物細胞中，具有結構穩定，難以被RNA酶降解、表達豐度高、物種間保守性好，表達具有組織及時空特異性等特征，這些特點使得circRNA在疾病診斷與治療新型方法的開發應用上具有廣闊的前景。

發明內容

本發明所要解決的一個技術問題是針對上述現有技術現狀而提供一種hsa_circ_0001017以作為胃癌檢測中的分子標記物，利用該分子標記物可以簡單、快捷地進行胃癌診斷。

本發明所要解決的另一個技術問題是針對上述現有技術現狀而提供一種在血漿中檢測hsa_circ_0001017的方法。

本發明所要解決的又一個技術問題是針對上述現有技術現狀而提供一種hsa_circ_0001017在胃癌診斷中的應用。

本發明解決上述技術問題所采用的技術方案為：該用于胃癌檢測的環狀RNA分子標記物，其特征在于：該環狀RNA為hsa_circ_0001017，其在基因組上的定位為：chr2:61749745-61761038，相應的線性基因為XPO1(NM_003400)，該環狀RNA的核苷酸序列如SEQID NO：1所示。

進一步地，所述hsa_circ_0001017在胃癌患者血漿中的特異性表達水平上調。

本發明還提供一種檢測血漿中環狀RNA分子標記物的方法，其特征在于所述的方法包括如下步驟：

(1)采集血液，提取血漿中的總RNA；

(2)將總RNA逆轉錄成cDNA；

(3)利用hsa_circ_0001017的特異性擴增背對背引物和看家基因GAPDH的擴增上下游引物對步驟(2)的cDNA溶液進行數字微滴PCR檢測，反應結束后檢測所有微滴的熒光信號值并設定閾值，根據閾值確定微滴是否包含環狀RNA hsa_circ_0001017或看家基因GAPDH，高于閾值的微滴為陽性微滴，低于閾值的微滴為陰性微滴；