[發(fā)明專(zhuān)利]與芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記與應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610777108.0
• 申請(qǐng)日: 2016-08-30
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN106337086B
• 公開(kāi)（公告）日: 2017-06-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 魏鑫;張秀榮;周瑢;張艷欣;王林海;黎冬華
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 湖北武漢永嘉專(zhuān)利代理有限公司42102
• 代理人: 喬宇

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子標(biāo)記領(lǐng)域，具體涉及與芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記與應(yīng)用。

背景技術(shù)

芝麻(Sesamum indicum L.)，屬胡麻科胡麻屬，是世界上最古老的特色優(yōu)質(zhì)油料作物之一，也是我國(guó)特色的農(nóng)產(chǎn)品，因其具有較好的營(yíng)養(yǎng)和保健價(jià)值，在食品加工中具有重要地位。近30年，中芝11號(hào)、中芝13號(hào)、中芝16號(hào)和中芝20號(hào)等品種的成功選育，對(duì)我國(guó)芝麻產(chǎn)量提高起到了重要的推動(dòng)作用，但是和其他油料作物相比，芝麻產(chǎn)量仍然較低。芝麻產(chǎn)量主要由單株蒴果數(shù)、每蒴粒數(shù)和千粒重構(gòu)成，其中單株蒴果數(shù)對(duì)芝麻產(chǎn)量影響最大，增加芝麻單株蒴果數(shù)是提高芝麻產(chǎn)量的關(guān)鍵。

芝麻單株蒴果數(shù)由果節(jié)數(shù)和每葉腋蒴果數(shù)決定，其中每葉腋蒴果數(shù)主要包括單蒴型和三蒴型，在果節(jié)數(shù)相當(dāng)?shù)那闆r下，三蒴型芝麻的單株蒴果數(shù)是單株型芝麻的兩倍以上。因此，培育三蒴型芝麻品種是芝麻高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)育種的重要途徑。因此，急需開(kāi)發(fā)與芝麻每葉腋蒴果數(shù)緊密連鎖的分子標(biāo)記。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)已經(jīng)成為重要農(nóng)藝性狀相關(guān)QTL精細(xì)定位的有力工具。其利用的是群體水平遺傳變異和標(biāo)記直接的LD連鎖不平衡信息，通過(guò)大量SNP標(biāo)記與表型的關(guān)聯(lián)來(lái)定位與復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)的SNP和基因位點(diǎn)。將關(guān)聯(lián)分析得到的SNP和傳統(tǒng)分子標(biāo)記相結(jié)合用于分子輔助育種，其分辨率大幅提高，將有效加速分子育種進(jìn)程。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種與芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，及芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記引物，同時(shí)提供一種利用PCR技術(shù)檢測(cè)分子標(biāo)記的檢測(cè)方法，通過(guò)檢測(cè)該分子標(biāo)記，從而對(duì)每葉腋蒴果數(shù)目做出預(yù)判，進(jìn)而為芝麻育種提供參考依據(jù)。

為實(shí)現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案如下：

一個(gè)與芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，所述的每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因在芝麻SNP遺傳圖譜中位于第5條連鎖群上，與其緊密連鎖的分子標(biāo)記的序列如SEQ ID NO.1所示，具體為：

TCAGGATCGGCATGATCTATTTCAACAGTAAAACCCTGATTGCTGCTGCAACAAAAATGTCGAGTTTTGGGCTGGTCTCTTCTCAATCCCAGTTCCTACTG

一個(gè)與芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，所述的每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因在芝麻SNP遺傳圖譜中位于第5條連鎖群上，與其緊密連鎖的分子標(biāo)記的序列如SEQ ID NO.2所示，其為上述序列的等位位點(diǎn)序列，具體為：

TCAGGATCGGCATGATCTATTCCAACAGTAAAACCCTGATTGCTGCTGCAACAAAAATGTCGAGTTTTGGGCTGGTCTCTTCTCAATCCCAGTTCCTACTG

需要說(shuō)明的是，上述SNP位點(diǎn)序列中第22個(gè)堿基T變?yōu)镃時(shí)，芝麻每葉腋蒴果數(shù)目發(fā)生變化，由每葉腋蒴果數(shù)3個(gè)變?yōu)?個(gè)。

與

芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記引物，引物序列為：

正向引物1F序列：5’-TCAGGATCGGCATGATCTAGTT-3’，如SEQ ID NO.3所示；

反向引物1R序列：5’-CAGTAGGAACTGGGATTG-3’，如SEQ ID NO.4所示；

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正向引物2F序列：5’-TCAGGATCGGCATGATCTAGTC-3’，如SEQ ID NO.5所示；

反向引物2R序列：5’-CAGTAGGAACTGGGATTG-3’，如SEQ ID NO.6所示。

與芝麻每葉腋蒴果數(shù)調(diào)控基因SiACS緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記鑒定方法，其特征在于：用SNP分子標(biāo)記引物1F與1R配對(duì)擴(kuò)增從芝麻葉片中提取的基因組DNA，如果能擴(kuò)增出條帶大小為101bp的產(chǎn)物，則該待測(cè)芝麻種質(zhì)的每葉腋蒴果數(shù)為3個(gè)；用SNP分子標(biāo)記引物2F與2R配對(duì)擴(kuò)增從芝麻葉片中提取的基因組DNA，如果能擴(kuò)增出條帶大小為101bp的產(chǎn)物，則該待測(cè)芝麻種質(zhì)的每葉腋蒴果數(shù)為1個(gè)。