[發明專利]基因突變體及其應用

在審

• 申請號: 201610685074.2
• 申請日: 2016-08-18
• 公開（公告）號: CN107760687A
• 公開（公告）日: 2018-03-06
• 發明（設計）人: 劉夢;王曉宏;邵康;曹博洋;李貴波;侯勇;朱師達
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因研究院
• 主分類號: C12N15/12
• 分類號: C12N15/12;C07K14/47;C12Q1/6886;G01N33/68;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明涉及基因突變體及其應用。具體地，本發明涉及分離的核酸、分離的多肽、檢測乳腺癌生物標志物的方法、系統、試劑盒和涉及基因突變體的構建體和重組細胞。

背景技術

近年來我國癌癥的發病率和死亡率不斷攀升，惡性腫瘤已成為我國重大的公共衛生問題。據我國腫瘤登記中心2016年發布的結果顯示，2012年我國腫瘤新發病例數358.6萬例，死亡例數218.7萬例，粗發病率265/10萬，死亡率161.5/10萬。在惡性腫瘤發病現狀中，乳腺癌在女性惡性腫瘤中處于第一位，每年新發約27.3萬，且發病年齡不斷呈現年輕化趨勢，是嚴重威脅女性生命的第一殺手[1]。

乳腺癌是具有很強遺傳背景的惡性腫瘤，現有研究顯示，5-10％的乳腺癌是由遺傳因素導致。目前BRCA1，BRCA2，TP53，PALB2，PTEN，CHEK2，ATM以及RAD50等基因被認定為乳腺癌易感基因[2]，其中BRCA1和BRCA2基因為遺傳性乳腺癌的主要易感基因。研究表明，攜帶有BRCA1和BRCA2基因致病突變的人群在70歲之前發生乳腺癌的概率分別可達40–80％和20–85％[3]。同時被診斷為遺傳性乳腺癌或卵巢癌的患者，發生復發轉移的可能性也高于普通人群。

BRCA1和BRCA2屬于抑癌基因，均呈常染色體顯性遺傳，且該基因突變容易引發早年發病。BRCA2基因位于人類染色體13ql2,包含27個外顯子，編碼BRCA2蛋白含3418個氨基酸，對細胞生長的調節有重要作用。BRCA2基因發生突變后表達的蛋白質失去了修復DNA損傷的功能，導致染色體不穩定，促進腫瘤發生。男性BRCA2突變攜帶者終生患前列腺癌，乳腺癌，胰腺癌的概率分別為20％,6％和3％。而女性BRCA2突變攜帶者終生患乳腺癌為26％–84％，卵巢癌的概率為20％。[4]BRCA2基因突變相關的腫瘤往往會表達ER(雌激素受體)與PR(孕激素受體)，與散發性乳腺癌表現出相似的特征。現已經報道的BRCA2突變種類數量多于1800，變異范圍達整個基因的編碼區。主要發生的突變為移碼突變，也會發生大量的錯義突變，但錯義突變大多屬于意義未明變異。因此發現BRCA2新的致病突變，對開展遺傳性乳腺癌的分子診斷具有重要意義[5]。

區域捕獲測序是利用特制的DNA序列探針將全基因組中的特定區域捕獲下來，然后針對每個區域進行深度測序的技術，與傳統的連鎖分析、候選基因關聯分析技術相比，區域捕獲測序技術針對基因組內特定目標區域，目標集中，測序深度和精度更高。隨著區域捕獲測序等二代測序技術的廣泛應用，一批新的致病突變基因和新的致病位點被相繼發現，極大地推動了相關疾病及其防治措施的研宄進程。

發明內容

本發明旨在至少解決現有技術中存在的技術問題之一。為此，本發明的一個目的在于提出一種檢測乳腺癌生物標志物的方法。

本發明是基于發明人的下列工作而完成的：發明人通過高通量外顯子組測序聯合候選基因突變驗證的方法確定了乳腺癌的新的致病突變。

在本發明的第一方面，本發明提出了一種分離的核酸。所述分離的核酸與SEQ ID NO：1相比具有c.2389delA突變。其中，SEQ ID NO：1是野生型BRCA2基因的序列，SEQ ID NO：3是突變型BRCA2基因的序列。發明人確定了BRCA2基因突變體，這種新突變體與乳腺癌的發病密切相關，從而通過檢測這種新突變體在生物樣品中是否存在，可以有效地檢測生物樣品是否易患乳腺癌。

在發明的第二方面，本發明提出了一種分離的多肽。所述分離的多肽與SEQ ID NO：2相比具有p.K797SfsX13突變。通過檢測生物樣品中是否表達該多肽，可以有效地檢測生物樣品是否易患乳腺癌。

在本發明的第三方面，本發明提出了一種檢測乳腺癌生物標志物的系統。該系統包括：檢測生物樣本中的BRCA2基因中是否存在c.2389delA突變，其中所述BRCA2基因為SEQ ID NO:1的序列表示，所述存在c.2389delA突變的BRCA2基因為SEQ ID NO:3的序列表示；或者檢測生物樣本中的BRCA2蛋白中是否存在p.K797SfsX13突變，其中所述BRCA2蛋白為SEQ ID NO:2序列表示，所述存在p.K797SfsX13突變的BRCA2蛋白為SEQ ID NO:4的序列表示。