[發明專利]一種白血病驅動基因的高通量檢測方法

在審

• 申請號: 201610664448.2
• 申請日: 2016-08-12
• 公開（公告）號: CN107723353A
• 公開（公告）日: 2018-02-23
• 發明（設計）人: 張道允;鞏子英;葉建偉;王偉
• 申請（專利權）人: 嘉興允英醫學檢驗有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明涉及一種白血病驅動基因的高通量檢測方法，尤其涉及一種白血病基因突變情況的檢測方法。

背景技術

白血病(leukemia)也稱作“血癌”，是一種造血干細胞的惡性克隆性疾病(clonal disorder)。幾乎所有年齡段的人們都有患上白血病的可能。2012年全世界范圍內大約352000人患有不同類型的白血病，其中265000人死于這種惡性腫瘤。在所有白血病患者中，大約90％是成年人。白血病在兒科惡性腫瘤的發病率中居第一位，它的死亡率在導致兒童及35歲以下成年人死亡的惡性腫瘤中排首位。

白血病有多種類型，按照病程進展的速度分為急性和慢性，主要包括四種類型：慢性骨髓性白血病(Chronic Myelocytic Leukemia,CML)，慢性淋巴性白血病(Chronic Lymphocytic Leukemia,CLL)，急性骨髓性白血病(Acute Myelocytic Leukemia,AML)和急性淋巴性白血病(Acute Lymphocytic Leukemia,ALL)。白血病病因是由于細胞內DNA變異形成的骨髓中造血組織生成大量不成熟、無法正常工作的白細胞，妨礙骨髓的其他功能，使白細胞、紅細胞、血小板減少進而導致其他生理功能失調。白血病能夠擴散到淋巴結、脾、肝、中樞神經系統和人體其它器官，使得白血病癥狀繁多。白血病發生基因突變的基因一般有：CEBPA、DNMT3A、IDH1、KIT、KRAS、NPM1、TET2、FBXW7、FLT3、JAK1、NOTCH、SH2B3(LNK)、MPL等，而近年來，由于細胞生物學和分子生物學技術的發展，已經認識到大部分的白血病中存在著染色體畸變。迄今報道白血病至少涉及50種以上的染色體畸變，累及數目更多的融合基因，這些異常已經成為不同類型白血病的分子生物學特異性標志。對白血病相關融合基因進行常規檢測，可以為白血病診斷、分型、臨床治療選擇和預后判斷提供重要依據。目前白血病常見融合基因有：CBFB/MYH11、AML1/ETO、PML/RARа、E2A/PBX1、MLL/AF4、BCR/ABL、TEL/AML1、SIL/TAL1、MLL/AF10、MLL/AF9、MLL/ENL、NPM1/ALK、NPM/MLF1、MLL/ELL、MLL/AFX、MLL/AF1q、MLL/AF1p、PLZF/RARа等。由于白血病分型和預后分層復雜，因此沒有千篇一律的治療方法，需要結合細致的分型和預后分層制定治療方案。目前主要有下列幾類治療方法：化學治療﹑放射治療﹑干細胞移植等。化學治療是白血病重要的治療手段之一。近年來新的化療藥物不斷涌現，化療方案不斷更新，然而白血病總的完全緩解率和長期生存率仍然低下，究其原因，主要是白血病細胞對化療藥物的多藥耐藥。

隨著腫瘤分子生物學的發展，白血病的分子靶向治療，日益成為臨床醫生首選治療方式。然后，由于缺乏高靈敏度的基因突變檢測和確診技術，大多數白血病患者無法利用之相匹配的精準治療方案，從而使患者錯失了治療的最優方案。80～90％急性白血病有克隆型染色體異常。我國白血病的診斷已經引入了WHO新分類的概念，這一新分類將具有特殊遺傳學異常的白血病獨立劃分出來，而這些特殊的遺傳學異常與FAB分型之間具有交叉性。以往的實際操作中，如果懷疑某些白血病患者涉及哪項融合基因，就進行這一項融合基因的檢測。但是通常白血病臨床進展很快，這種檢測方法往往可能會導致選擇錯誤，貽誤病情。

目前，靶向治療方案越來越多，相應的靶向位點也在增加。因此，癌癥基因突變檢測對于癌癥的個體化治療具有重要的意義。目前常用的基因突變檢測有測序法、PCR-SSCP、ARMS、數字PCR以及第二代高通量測序技術(NGS)等。其中測序法、PCR-SSCP、ARMS、數字PCR癌癥基因檢測技術，都只能提供幾個基因的少數位點的突變信息。而利用第二代高通量測序技術，可以一次檢測全部所需基因，獲取基因全部的突變信息，有助于醫生更準確制定治療方案。本專利利用二代高通量測序技術檢測白血病患者基因突變位點和發生融合的基因，有如下優勢：縮短了檢測所需時間，可以一次檢測全部所需基因和融合基因，獲取基因全部的突變信息，可以為更好治療白血病提供更全面的診斷信息，有助于醫生更準確制定治療方案，減少白血病患者的痛苦。

發明內容

本發明提供一種準確度高、臨床意義明確的白血病基因突變和基因融合的篩查方法。

實現本發明目的的一種白血病基因突變和基因融合的篩查方法，包括如下步驟:

(1)根據人類基因組HG19，調取白血病高頻突變基因和融合基因的外顯子和內含子序列。常見白血病基因列表如下：