[發明專利]一種新疆北極茴魚微衛星標記Thymallus的基因型檢測方法

有效

• 申請號: 201610241419.5
• 申請日: 2016-04-19
• 公開（公告）號: CN105779615B
• 公開（公告）日: 2019-06-28
• 發明（設計）人: 劉云國
• 申請（專利權）人: 廣東華輕質量檢測服務中心有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
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本發明公開了一種新疆北極茴魚微衛星標記Thymallus的基因型檢測方法。首先提取新疆北極茴魚肌肉中的基因組DNA并稀釋備用；再利用新疆北極茴魚DNA序列中含有的微衛星核心序列，在其序列兩端設計特異性引物；然后使用該引物對新疆北極茴魚不同地理群或新疆北極茴魚群內個體的基因組DNA進行PCR擴增，對PCR產物進行檢測；利用產物出現的條帶進行分析，確定每個個體的基因型，并獲得新疆北極茴魚的遺傳多態性圖譜。本發明的特點是可快捷的獲得新疆北極茴魚遺傳標記Thymallus的遺傳變異圖譜，方法簡便。

技術領域

本發明屬于新疆北極茴魚（Thymallus arcticus grubei）DNA分子遺傳標記技術，涉及一種檢測新疆北極茴魚微衛星標記Thymallus的技術方法，具體是新疆北極茴魚微衛星標記Thymallus的基因型檢測方法。

背景技術

新疆北極茴魚（Thymallus arcticus grubei）屬鮭形目(Salmoniformes)、鮭科(Salmonidae)、茴魚亞科(Thymallinae)、茴魚屬(Thymallus)，俗稱草斑、油斑，又名棒花魚、花翅子。體長形，側扁，背鰭長且高大，上緣圓凸，呈旗狀，有幾條赤褐色斑點形成的紋帶，體色鮮艷。野生資源主要分布在新疆阿勒泰市富蘊縣和布爾津縣額爾齊斯河的上游各支流中。北極茴魚屬典型冷水高耗氧魚，常年生活在山澗溪流，水質清澈無污染，水流湍急，河底多礫石的地方。北極茴魚外觀華麗，肉質尤其細膩，不僅是名貴的新疆特有魚類，也是我國重要的水產種質資源，有極高的經濟開發價值。由于近年來的環境污染、森林破壞和過渡捕撈等人為因素，該魚的資源面臨枯竭，已被新疆維吾爾自治區人民政府列為新疆Ⅱ類重要水生野生保護動物。近年來，新疆生產建設兵團水產技術推廣總站的向偉等研究人員已經開始了北極茴魚的人工繁育、資源增值及人工馴化養殖研究，并取得了一定的研究成果，有望實現養殖的產業化。新疆北極茴魚作為一種新興的養殖品種，遺傳學研究相對薄弱，還沒有微衛星標記開發的報道。雖然同工酶標記、RAPD標記及AFLP標記技術也可以用于研究新疆北極茴魚的遺傳結構及其遺傳多樣性，然而由于這些標記都屬于顯性遺傳標記，檢測效率不如微衛星標記等共顯性標記高。另外，同工酶標記的缺點是多態性低， RAPD標記的穩定性不好，AFLP標記操作繁瑣，這些都大大限制了它們的應用。而微衛星序列廣泛分布于真核生物基因組中，其特點是種類多，等位基因數目多，多態性高，共顯性，孟德爾遺傳方式，并隨機分布于基因組中，而且微衛星標記檢測效率高，結果穩定。但由于缺乏新疆北極茴魚微衛星標記，限制了其分子遺傳學研究的發展，所以迫切需要獲取微衛星標記以進行新疆北極茴魚遺傳多樣性、個體識別和系譜認證等方面的研究和應用。

發明內容

本發明的目的是提供一種高多態性的新疆北極茴魚DNA分子遺傳標記技術，即新疆北極茴魚微衛星標記Thymallus的快速檢測方法，以彌補已有技術的不足。

本發明的基本構思主要是利用新疆北極茴魚DNA序列中含有的微衛星核心序列，在其兩端設計特異性引物并進行PCR檢測，從而快速地檢測新疆北極茴魚每個個體在此微衛星區的遺傳變異，獲得該引物（微衛星標記Thymallus）對新疆北極茴魚的多態性圖譜，通過圖譜直觀地檢測出每個個體的基因型。基于上述背景現狀和實際要求，本發明從新疆北極茴魚DNA序列中獲取了一個微衛星標記，命名為Thymallus，該微衛星標記Thymallus可用于新疆北極茴魚遺傳多樣性分析和系譜認證。

本發明是按照以下操作技術方案完成的：首先提取新疆北極茴魚肌肉中的基因組DNA并稀釋備用；再利用新疆北極茴魚基因組DNA序列中含有的微衛星核心序列，在其序列兩端設計特異性引物；然后使用該引物對新疆北極茴魚不同地理群或新疆北極茴魚群內個體的基因組DNA進行PCR擴增，對PCR產物進行變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測，從而確定每個個體的基因型，獲得新疆北極茴魚的遺傳多態性圖譜。

提取新疆北極茴魚基因組DNA，將其稀釋為100ng/μl，每個PCR反應中加入1μl，反應總體積為25μl。