[發明專利]一種微生物識別方法及系統

在審

• 申請號: 201610237920.4
• 申請日: 2016-04-15
• 公開（公告）號: CN107301329A
• 公開（公告）日: 2017-10-27
• 發明（設計）人: 王俊寧
• 申請（專利權）人: 澤塔生物科技（上海）有限公司
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22;G06F19/24;G06F19/28
• 代理公司: 上海驍象知識產權代理有限公司31315
• 代理人: 趙俊寅

1.一種微生物識別方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟一，輸入待檢測微生物的全基因組序列；

步驟二，計算上述全基因序列的特征向量，將上述特征向量與數據庫中預存的特征向量進行距離計算和排序定位，搜索并收斂至記錄數少于等于預設數量為止；

步驟三，對搜索得到的一組同輸入序列距離最近的記錄，進行平均核酸匹配度指標ANI/isDDH和序列比對長度比例的計算，用于判斷該待測微生物的屬種或亞種。

2.如權利要求1所述的一種微生物識別方法，其特征在于，所述步驟二中的序列特征為基因組DNA的k-mer頻數。

3.如權利要求2所述的一種微生物識別方法，其特征在于，所述步驟二中的距離為空間距離。

4.如權利要求3所述的一種微生物識別方法，其特征在于，所述步驟二還包括以下步驟：

根據輸入特征向量同預存特征向量計算距離迭代縮小搜索，收斂至距離最小的若干記錄；

搜索過程中使用不同的k值同預存或實時計算的向量進行距離計算；k-mer頻數根據需要進行均一化處理。

5.一種微生物識別系統，其特征在于，包括輸入裝置、計算裝置、比較裝置、輸出裝置和數據庫，所述輸入裝置用于錄入數據，所述計算裝置用于計算數值、搜索和排序定位，所述比較裝置用于比較計算值與預設值之間的大小關系，所述輸出裝置用于輸出結果，所述數據庫用于存儲數據。

6.如權利要求5所述的一種微生物識別系統，其特征在于，所述數據庫設有基因組序列子數據庫。

7.如權利要求5所述的一種微生物識別系統，其特征在于，所述數據庫設有基因組序列衍生結構注釋和功能注釋信息子數據庫。

8.如權利要求5所述的一種微生物識別系統，其特征在于，所述數據庫設有基因組元信息子數據庫。

9.如權利要求5所述的一種微生物識別系統，其特征在于，所述數據庫設有基因組序列衍生特征子數據庫。

10.如權利要求6所述的一種微生物識別系統，其特征在于，所述基因組序列子數據庫用于保存單個微生物分離株的全基因組序列拼裝。