[發明專利]CNTN4基因SNP位點的應用及其檢測引物與試劑盒

在審

• 申請號: 201610188149.6
• 申請日: 2016-03-29
• 公開（公告）號: CN105603111A
• 公開（公告）日: 2016-05-25
• 發明（設計）人: 孫義民;王斌;周禹稀
• 申請（專利權）人: 博奧頤和健康科學技術（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 趙青朵

技術領域

本發明涉及生物技術領域，尤其涉及CNTN4基因SNP位點的應用及其檢測 引物與試劑盒。

背景技術

閱讀障礙是一個基于特定神經組織的發育障礙，表現為閱讀和拼寫能力 損傷，且不能通過認知能力發育遲緩或智力低下來解釋。發展性閱讀障礙是 學齡兒童中最常見的一種學習障礙，且可以延續至成人期，可對其社會適應 性造成影響。中國學齡期人群閱讀障礙發生率為4％到13％。國際上普遍認為 閱讀障礙是遺傳因素和環境因素綜合作用的結果。

現有技術中，對閱讀障礙的診斷標準主要參照文獻Siok,W.T.,Niu,Z.,Jin, Z.,Perfetti,C.A.&Tan,L.H.Astructural-functionalbasisfordyslexiainthe cortexofChinesereaders.Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.105,5561–6(2008)。按照 語文成績，閱讀成績和瑞文評分進行篩選。該方法操作繁瑣、耗時較長。

單核苷酸多態性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)是由單個核苷酸 的改變而引起的DNA序列的改變，造成染色體基因組的多樣性。SNP分布廣、 密度高，已成為繼限制性片段長度多態性(RFLP)標志和微衛星即短串聯重 復(STR)標志后的第三代遺傳標志，在腫瘤、糖尿病等復雜疾病的研究中 起重要作用。其中，全基因組關聯分析(GenomeWideAssociationStudy, GWAS)是研究這類復雜疾病易感基因的重要手段。

遺傳學研究表明遺傳因素對閱讀障礙有很大影響，約占整個表型變異的 45％～75％。目前國內外不同人群的閱讀障礙易感性研究，大部分是基于候選 基因的研究，但國外人群的全基因關聯分析研究，尚未發現具有顯著意義的 基因位點。而一些候選基因(如DYX1C1,DCDC2,KIAA0319,ROBO1, KIAA0319L,DOCK4,DRD2,ATP2C2,CMIP,GNPTAB,GNPTG和NAGPA)在中 國人群中有驗證研究。但是，中國人群的閱讀障礙的全基因關聯分析研究尚 無報道，中國人群中也還沒有一個大規模系統的閱讀障礙全基因組關聯分析 研究，因而缺乏針對中國人閱讀障礙的易感位點。因此，亦尚無針對中國人 群的閱讀障礙易感基因檢測試劑盒。

因此，在中國人群中在全基因組層面研究閱讀障礙的易感基因，并且對 相關易感位點進行檢測，對于提高我國人口素質，降低閱讀障礙的發生率將 具有重要意義。

發明內容

有鑒于此，本發明要解決的技術問題在于提供CNTN4基因SNP位點的 應用及其檢測引物與試劑盒，本發明提供的引物與試劑盒適用于中國人群， 準確性良好。

本發明提供了CNTN4基因SNP位點rs12636975在制備評估人群閱讀障 礙風險的產品中的應用。

本發明提供的CNTN4基因SNP位點rs12636975對評估中國人的人群閱 讀障礙風險具有更好的特異性。

閱讀障礙影響著人的生活、學習和事業，本發明研究發現，人群閱讀障 礙風險與基因類型有關，特別是CNTN4基因SNP位點rs12636975的基因型 與閱讀障礙關系密切。在閱讀障礙全基因組關聯分析研究方面，本發明是第 一個完全以中國一般人群為研究對象，本發明通過分析4338個學齡兒童，發 現一個新的SNP位點rs12636975與閱讀障礙達到全基因組關聯分析顯著水準 (2.31×10^-8)，該位點位于CNTN4基因上。該基因位于3號染色體短臂，編碼 軸突相關細胞粘性因子即接觸蛋白-4。現有研究提示CNTN4基因與神經發育 異常有關，如自閉癥等。本發明研究發現，CNTN4基因SNP位點rs12636975 的基因型為TT或TC，則低閱讀障礙風險；CNTN4基因SNP位點rs12636975 的基因型為CC，則高閱讀障礙風險。由于本發明的研究結果來自于中國人群， 具有很強的中國人群適應性，且樣本量為目前最大的研究。

本發明還提供了一種評估人群閱讀障礙風險的方法，根據CNTN4基因 SNP位點rs12636975的基因型評估人群閱讀障礙風險；

CNTN4基因SNP位點rs12636975的基因型為TT或TC，則低閱讀障礙 風險；