[發(fā)明專利]與芝麻黑色種皮基因緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610176228.5
• 申請(qǐng)日: 2016-03-25
• 公開（公告）號(hào): CN105838785B
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張秀榮;魏鑫;周瑢;王林海;張艷欣
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 湖北武漢永嘉專利代理有限公司42102
• 代理人: 喬宇

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子標(biāo)記領(lǐng)域，具體涉及與芝麻黑色種皮基因緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記及應(yīng)用。

背景技術(shù)

芝麻(Sesamum indicum L.)隸屬于胡麻科胡麻屬，是一種古老的油料作物，栽培歷史在5000年以上。目前，廣泛分布在南緯40度至北緯45度之間，集中于亞洲和非洲的熱帶、亞熱帶地區(qū)。它作為一種營(yíng)養(yǎng)豐富、功能性強(qiáng)、保健效果好的貴重油料深受人們喜愛。芝麻油不飽和脂肪酸含量高達(dá)85％，富含抗氧化、抗癌、降血脂的芝麻素，被譽(yù)為“油料皇后”。

芝麻種皮顏色主要是白色和黑色，白芝麻含油量高適合油用，黑芝麻含油量稍低，適合食用。黑芝麻除了含有大量的脂肪外，還含有大量有益于人體健康的黑色素、蛋白質(zhì)、氨基酸、維生素、微量元素和芝麻酚等，具有較高的營(yíng)養(yǎng)保健功效和藥用價(jià)值。因此，闡述芝麻種皮顏色的遺傳基礎(chǔ)和分子機(jī)理有利于黑芝麻品種的選育。

連鎖分析主要是基于基因數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)通過統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法去判斷感興趣的基因位點(diǎn)與已知的標(biāo)記位點(diǎn)間的相對(duì)位置，重組率是連鎖分析的重要參數(shù)。常規(guī)連鎖分析群體是運(yùn)用有限親本的人工控制授粉群體，因此其經(jīng)過有限次數(shù)的重組，通常基于有限親本，其等位基因的個(gè)數(shù)也有限。關(guān)聯(lián)分析是基于自然變異群體，利用連鎖不平衡規(guī)律來研究遺傳變異與目標(biāo)性狀相關(guān)的研究方法，與傳統(tǒng)QTL定位相比，關(guān)聯(lián)分析不需要構(gòu)建作圖群體、廣度大、精度高、能檢測(cè)到同一位點(diǎn)多個(gè)等位基因。但由于群體背景復(fù)雜，存在亞群結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致易產(chǎn)生假陽性，而且自然群體的連鎖衰減較快，因此在群體里想找到足夠的變異，需要高密度的分子標(biāo)記。關(guān)聯(lián)分析結(jié)合連鎖分析，可以發(fā)揮兩者的優(yōu)勢(shì)，提高定位中的陽性率及精度，提高復(fù)雜數(shù)量性狀的挖掘效率。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的一個(gè)目的在于提供與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記的引物。

本發(fā)明的再一個(gè)發(fā)明目的在于提供與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記的引物的應(yīng)用。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明采用的技術(shù)方案如下：

一個(gè)與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記，命名為ZMM4056，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記ZMM4056引物，引物序列為：

ZMM4056F：5’-GCAGAAGGGTCAATATCGGA-3’

ZMM4056R：5’-ATCCAAACCCCAGAAAATCC-3’

一個(gè)與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記，命名為ZMM4067，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記ZMM4067引物，引物序列為：

ZMM4067F：5’-GCTTAAACTTGGTTGTCGGG-3’

ZMM4067R：5’-AAACCCTATCATTTCTTTGCCA-3’

與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記鑒定方法，其特征在于：用ZMM4056擴(kuò)增芝麻葉片總DNA，其中黑色種皮芝麻品種DNA的擴(kuò)增片段大小為266bp，白色種皮芝麻品種DNA擴(kuò)增片段大小為258bp。

與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記鑒定方法，其特征在于：用ZMM4067擴(kuò)增芝麻葉片總DNA，其中黑色種皮芝麻品種DNA的擴(kuò)增片段大小為144bp，白色種皮芝麻品種DNA擴(kuò)增片段大小為136bp。

一種與芝麻黑色種皮基因SiPPO緊密連鎖的SSR分子標(biāo)記的篩選獲得方法，包括如下步驟：

(1)從國(guó)家芝麻中期庫(kù)保存的7910份國(guó)內(nèi)外資源中根據(jù)產(chǎn)量相關(guān)性狀的表型、地理來源和遺傳多樣性檢測(cè)結(jié)果，采取逐級(jí)取樣策略，選取了705份芝麻材料進(jìn)行重測(cè)序分析；

(2)利用Illumina Hiseq2500測(cè)序平臺(tái)，用2×76雙末端測(cè)序法對(duì)705份芝麻材料進(jìn)行低覆蓋度的全基因組重測(cè)序，獲得了2.6倍覆蓋的基因組序列；