[發明專利]疾病標志物及應用

有效

• 申請號: 201610165328.8
• 申請日: 2016-03-22
• 公開（公告）號: CN107217086B
• 公開（公告）日: 2020-11-06
• 發明（設計）人: 邵鐵娟;溫成平;謝志軍;李海昌;胡長峰
• 申請（專利權）人: 浙江中醫藥大學
• 主分類號: C12Q1/06
• 分類號: C12Q1/06;C12Q1/689;C12R1/04;C12R1/01
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

1.標志物在制備檢測強直性脊柱炎的藥物中的用途，所述標志物由以下微生物組成：

放線菌(Actinomyces sp.ICM47)、短雙歧桿菌(Bifidobacterium breve)、雙歧桿菌(Bifidobacterium sp.12_1_47BFAA)、長雙歧桿菌(Bifidobacterium longum)、產氣柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、兩岐雙岐桿菌(Bifidobacterium bifidum)、假小鏈雙歧桿菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、遲緩埃格特菌(Eggerthella lenta)和鏈狀雙歧桿菌(Bifidobacterium catenulatum)。

2.一種利用標志物確定個體的狀態的方法，所述方法用于非疾病診斷目的，其特征在于，包括：

(1)確定所述個體的糞便樣本中的所述標志物中的各種微生物的豐度；

(2)分別將(1)中確定的標志物中的各種微生物的豐度與其在對照組中的豐度進行比較，依據獲得的比較結果確定所述個體的狀態，

所述對照組由一組或多組相同狀態的個體的糞便樣本組成，

所述狀態包括患有強直性脊柱炎和不患有強直性脊柱炎，

所述標志物由以下微生物組成：

放線菌(Actinomyces sp.ICM47)、短雙歧桿菌(Bifidobacterium breve)、雙歧桿菌(Bifidobacterium sp.12_1_47BFAA)、長雙歧桿菌(Bifidobacterium longum)、產氣柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、兩岐雙岐桿菌(Bifidobacterium bifidum)、假小鏈雙歧桿菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、遲緩埃格特菌(Eggerthella lenta)和鏈狀雙歧桿菌(Bifidobacterium catenulatum)。

3.權利要求2的方法，其特征在于，(1)包括：

獲得所述個體的糞便樣本中的核酸序列的測序數據，所述測序數據包括多個讀段；

將所述讀段比對至所述標志物中的各種微生物的基因組，獲得比對結果；

依據所述比對結果，確定所述標志物中的各種微生物的豐度；

任選的，

所述依據比對結果，確定所述標志物中的各種微生物的豐度，包括利用以下公式確定微生物物種S的豐度：

微生物物種S的豐度Ab(S)＝Ab(U_S)+Ab(M_S)，其中，

Ab(U_S)＝U_S/l_S，

U_S為唯一比對上該種微生物S的讀段數目，

l_S為比對上的該種微生物S的基因組的長度，

M_S為非唯一比對上該種微生物S的讀段的數目，

i表示非唯一比對上該種微生物S的讀段的編號，

Co_i為非唯一比對上該種微生物S的讀段i對應的豐度系數，

N為非唯一比對上該種微生物S的讀段比對上的微生物物種種類數目，

j為非唯一比對上該種微生物S的讀段比對上的物種的編號，

U_j為唯一比對上微生物物種j的讀段數目；

任選的，

(2)中的對照組包括多個患強直性脊柱炎的個體的糞便樣本，(2)包括：

當(1)中確定的標志物中的各種微生物的豐度都與其在對照組中的豐度無差異，確定所述個體的狀態為患有強直性脊柱炎；

任選的，

(2)中的對照組包括多個健康個體的糞便樣本，(2)包括：

當(1)中確定的標志物中的各種微生物的豐度都與其在對照組中的豐度無差異，確定所述個體的狀態為沒有患強直性脊柱炎。

4.一種利用強直性脊柱炎標志物對多個個體進行分類的方法，所述方法用于非疾病診斷目的，其特征在于，包括：

分別利用權利要求2或3的方法確定各個個體的狀態；

依據獲得的各個個體的狀態對所述各個個體進行分類。