[發明專利]水稻籽粒鎘含量相關基因LCd-38的SNP分子標記的應用

有效

• 申請號: 201610108474.7
• 申請日: 2016-02-26
• 公開（公告）號: CN105543397B
• 公開（公告）日: 2018-12-25
• 發明（設計）人: 何振艷;麻密;許文秀;閆慧莉
• 申請（專利權）人: 中國科學院植物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;任鳳華

本發明公開了水稻籽粒鎘含量相關基因LCd?38的SNP分子標記的應用。該應用具體可為TagSNP?20089955在鑒定或輔助鑒定水稻籽粒鎘含量中的應用；所述TagSNP?20089955是水稻基因組的一個SNP位點，TagSNP?20089955是位于水稻第10號染色體上SEQ ID No.1的第283位核苷酸，其為C或T。實驗證明，94％的基因型TT的水稻品種中籽粒鎘含量均低于0.2mg/kg，94％的基因型CC的水稻品種的水稻籽粒鎘含量均高于0.2mg/kg，說明本發明的TagSNP?20089955是水稻籽粒鎘含量相關的SNP分子標記。

技術領域

本發明涉及生物技術領域中水稻籽粒鎘含量相關基因的SNP分子標記的應用，特別涉及水稻籽粒鎘含量相關基因LCd-38的SNP分子標記的應用。

背景技術

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)指基因組單個核苷酸的變異，它是最微小的變異單元，是由單個核苷酸對置換、顛換、插入或缺失所形成的變異形式。

水稻是世界上最重要的糧食作物之一，約有一半以上的人口以稻米為主食。農田重金屬污染是當今世界面臨的重大環境問題,受到各界廣泛關注。重金屬污染具有復雜隱蔽性、危害持久性,尤其可能通過食物鏈的富集作用危及人類健康。其中鎘是對環境毒性最大的重金屬元素之一,對水稻等糧食作物的安全生產構成嚴重威脅。

鎘對有機體有極強的毒害作用，尤其在人類身體中，其半排出周期長達30年，長期攝取被鎘污染的稻米，會增加患肺癌、腎臟和肝臟疾病以及‘痛痛病’的幾率

目前我國約有27.86萬hm²受鎘污染，其中稻田土壤將近1.33萬hm²。在鎘污染耕地中有5-10％的面積產量嚴重受影響，并且所產糧食均不宜食用。糧食作物的安全問題與人類健康息息相關，但鎘污染農田治理周期長難度大，因此，如何在不浪費現有農田的基礎上，生產出安全的糧食作物顯得尤為重要。

發明內容

本發明所要解決的一個技術問題是如何鑒定或輔助鑒定水稻籽粒鎘含量。

為了解決以上技術問題，本發明提供了以下技術方案：

A1、TagSNP-20089955在鑒定或輔助鑒定水稻籽粒鎘含量中的應用；所述TagSNP-20089955是水稻基因組的一個SNP位點，TagSNP-20089955是位于水稻第10號染色體上SEQID No.1的第283位核苷酸，其為C或T。

A2、檢測水稻基因組中TagSNP-20089955的多態性或基因型的物質在制備鑒定或輔助鑒定水稻籽粒鎘含量產品中的應用；所述TagSNP-20089955是水稻基因組的一個SNP位點，TagSNP-20089955是位于水稻第10號染色體上SEQ ID No.1的第283位核苷酸，其為C或T。

A3、鑒定或輔助鑒定水稻籽粒鎘含量的方法，包括檢測待測水稻基因型，根據待測水稻的基因型鑒定或輔助鑒定水稻籽粒鎘含量：CC基因型的待測水稻籽粒鎘含量高于TT基因型的待測水稻籽粒鎘含量；CC基因型是水稻基因組中所述TagSNP-20089955為C的純合型，TT基因型是水稻基因組中所述TagSNP-20089955為T的純合型。

上述應用中，SEQ ID No.1由306個核苷酸組成，SEQ ID No.1對應于日本晴水稻第10號染色體第20089673-20089978位，SEQ ID No.1的第283位核苷酸為C或T。