[發明專利]一種鑒別大白菜根腫病4號生理小種抗性的特異SNP分子標記及應用

有效

• 申請號: 201610086622.X
• 申請日: 2016-02-16
• 公開（公告）號: CN105525024B
• 公開（公告）日: 2019-01-22
• 發明（設計）人: 蘇同兵;汪維紅;于拴倉;張鳳蘭;余陽俊;張德雙;趙岫云;盧桂香
• 申請（專利權）人: 北京市農林科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;張如佳

本發明公開了一種鑒別大白菜根腫病4號生理小種抗性的特異SNP分子標記及應用。本發明提供了A0220509373G/T位點在如下A?F任一中的應用：A、在鑒別或輔助鑒別大白菜根腫病抗性中的應用；B、在選育大白菜根腫病抗病品種中的應用；C、大白菜育種中的應用；D、預測大白菜根腫病抗性中的應用；E、在制備鑒別或輔助鑒別大白菜根腫病抗性產品中的應用；F、在制備預測大白菜根腫病抗性產品中的應用。本發明的實驗證明了，本發明開發的A0220509373G/T位點及其特異引物可以對大白菜根腫病抗性良好分型，具有良好的應用價值，可實現對抗根腫病遺傳材料的的預先選擇和輔助育種。

技術領域

本發明涉及生物技術領域中鑒別大白菜根腫病抗性的SNP分子標記，尤其涉及鑒別大白菜根腫病4號生理小種抗性的SNP分子標記及其應用。

背景技術

十字花科蔬菜根腫病是由蕓薹根腫菌(Plasmodiophora brassicae Woron)侵染引起的一種世界性病害。根腫菌專性寄生于十字花科植物的根部，當其侵染根部后，薄壁細胞大量分裂并且增大，從而形成腫瘤。地上部分表現出葉片失綠，無光澤，葉緣變黃，生長緩慢，植株矮小，萎蔫等癥狀，嚴重時可導致作物絕收。據統計，全世界因根腫病造成十字花科作物的損失在10％以上。

根腫病最早發現于地中海沿岸(英國，1737)和歐洲南部(前蘇聯列寧格勒，1872)。我國自1955年首次發現根腫病以來，現已擴散至全國各地。云南、遼寧、黑龍江、吉林和山東等省市大白菜主產區儼然已成為最為嚴重的病害之一。自從1931年報道了根腫菌存在小種分化后，各國學者利用根腫菌對不同寄主的抗感反應，劃分出不同的生理小種，目前在國際上比較公認的有Williams和歐洲鑒別系統(ECD)。2009年，沈向群等率先采用Williams鑒別系統對采自遼寧、吉林、山東和四川等15個地區的根腫菌進行了鑒定，認為11個地區的根腫菌主要以4號生理小種為主，同時發現2、7、10和11號生理小種各一個。國內關于采用歐洲ECD鑒別系統的研究還未見報道，其原因主要是國內尚無完整的ECD鑒別寄主。根腫病雖然可采用化學藥劑和加強栽培管理等防治方法，但防治效果并不理想。選育和種植具有持久抗性的品種，是防治大白菜根腫病最經濟有效的措施。

在根腫病抗病基因研究方面，國外很早就對蕓薹種種質資源中的抗根腫病CR基因進行挖掘。目前報道的大白菜抗根腫病基因有8個，分別是Crr1、Crr2、Crr3、Crr4、CRa、CRb、CRc、CRk。Matsumoto等(1998)和Hayashida等(2008)把CRa定位在A3連鎖群上，獲得了與CRa緊密連鎖的SCAR標記HC352b-SCAR(距離2.9cM)。Suwabe等(2006)定位了三個抗根腫病的QTL位點，Crr1、Crr2和Crr4，分別位于A8、A1和A6連鎖群；SSR標記BRMS-088和BRMS-096分別與Crr1和Crr2連鎖，距離分別為1.75cM和0.88cM；Saito等(2006)將Crr3精細定位在A3連鎖群的0.35cM的區域內，(BrSTS-33和BrSTS-78間)；Sakanoto等(2008)利用兩個F2群體和STS標記，定位得到位于A3和A2連鎖群上的CRk和CRc兩個新位點。

分子標記在目標資源篩選，定位調控特定農藝性狀的基因，基因聚合，品種鑒定等方面的應用越來越廣泛。SNP屬于新一代分子標記，具有豐度高、檢測易實現自動化等特點。SNP在基因組上的分布極其豐富，其突變率低，尤其處于編碼區的SNP是高度穩定的，其遺傳穩定性要比SSR等遺傳標記高得多，遺傳分析或基因診斷時的重現性、準確性都優于SSR。基于KASP(競爭性等位基因特異性PCR)的SNPline基因分型檢測是英國LGC(Laboratory ofthe Government Chemist)有限公司開發的高通量SNP分型技術，其具有準確、靈活、低成本、高通量的特點。該方案的核心是KASP技術，即Competitive Allele-Specific PCR。這項技術是基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels(Insertions andDeletions，插入和缺失)，目前已經成為國際上SNP分析的主流方法之一。

發明內容