[發明專利]檢測機械力對DNA與DNA聚合酶相互作用影響的方法

在審

• 申請號: 201610083886.X
• 申請日: 2016-02-05
• 公開（公告）號: CN105648066A
• 公開（公告）日: 2016-06-08
• 發明（設計）人: 張萍;李賓;張峰;周星飛;胡鈞
• 申請（專利權）人: 中國科學院上海應用物理研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海弼興律師事務所 31283
• 代理人: 薛琦;沈利

1.一種檢測機械力對單鏈DNA與DNA聚合酶相互作用影響的方法， 其特征在于，所述方法包括以下步驟：利用原子力顯微鏡對含有dNTP、單 鏈DNA模板-空心DNA折紙及結合所述單鏈DNA模板的DNA聚合酶 Klenow片段的緩沖體系進行原子力顯微鏡掃描成像觀察雙鏈DNA的合成； 所述緩沖體系在新解離的云母襯底上，所述單鏈DNA模板-空心DNA折紙 由空心DNA折紙和兩端分別固定于空心DNA折紙內側邊緣上兩個不同位 置的單鏈DNA模板組成，所述兩個不同位置不位于同一直線邊緣上。

2.如權利要求1所述方法，其特征在于，所述緩沖體系由包括以下步 驟的方法制備：

1)將所述單鏈DNA模板兩端分別固定于所述空心DNA折紙內側邊緣 上兩個不同位置，制得單鏈DNA模板-空心DNA折紙；

2)將步驟1)所述單鏈DNA模板-空心DNA折紙與所述DNA聚合酶 Klenow片段混合，20-37℃溫育3-30min，加入dNTPs后即得所述緩沖體系。

3.如權利要求2所述方法，其特征在于，步驟2)中所述緩沖體系立即 滴加到新解離的云母襯底上，進行原子力顯微鏡掃描成像。

4.如權利要求2所述方法，其特征在于，步驟1)中，所述的固定的方 法包括以下步驟：將所述單鏈DNA模板通過5’端與3’端雜交固定到所述空 心DNA折紙上并位于所述DNA折紙中央的空心中；和/或，步驟2)中，所 述dNTP的終濃度為15.6μM。

5.如權利要求1所述方法，其特征在于，所述空心DNA折紙為中間空 心的矩形或中間空心的三角形。

6.如權利要求5所述方法，其特征在于，所述空心DNA折紙為中間空 心的等邊三角形，較佳地為邊長大于30nm的中間空心的等邊三角形。

7.如權利要求1所述方法，其特征在于，所述DNA折紙由單鏈腳手架 鏈M13mp18DNA和A17和C33分別被序列表SEQIDNO.1與SEQIDNO.2 所示的序列所替換的訂書釘鏈DNA集合ABCL自組裝形成，所述訂書釘鏈 DNA集合ABCL為2010年3月17日發表在JAmChemSoc.第132卷第10 期第3248-3249頁的題為Goldnanoparticleself-similarchainstructureorganized byDNAorigami的論文的SupportinOnlineInformation中的S11-S16頁所記 載的從A01至Loop的DNA序列的集合；所述單鏈DNA模板的核苷酸序列 如序列表SEQIDNO.3所示。

8.如權利要求7所述方法，其特征在于，所述DNA折紙的制備方法包 括以下步驟：將單鏈腳手架鏈DNAM13mp18與A17與C33兩條鏈分別替 換為序列表SEQIDNO.1與SEQIDNO.2所示序列的訂書釘鏈DNA集合 ABCL混合于TAE-Mg²⁺緩沖體系，從95℃退火至20℃，退火速率為0.1℃ /10s，其中所述單鏈腳手架鏈M13mp18與所述A17與C33兩條鏈分別替換 為序列表SEQIDNO.1與SEQIDNO.2所示序列的訂書釘鏈DNA集合 ABCL的摩爾濃度比為1∶10，所述TAE-Mg²⁺緩沖液為40mMTris-乙酸、 1mMEDTA、12.5mMMgCl₂，pH8.0。

9.如權利要求7所述方法，其特征在于，所述單鏈DNA模板通過其5’ 端與其3’端分別與SEQIDNO.1所示的序列的5’端的20個堿基與SEQID NO.2所示的序列的3’端的20個堿基雜交固定到所述DNA折紙上并位于 所述DNA折紙中央。

10.如權利要求1所述方法，其特征在于，所述原子力顯微鏡探針為氮 化硅探針SNL-10，其彈性系數為0.35N/m；所述原子力顯微鏡的掃描模式采 用“J”掃描頭，“輕敲”模式，調節掃描參數在F＜200pN的小力區成像；所述 掃描的時間為7-72分鐘。