[發明專利]用以分析細菌菌種的測序數據的系統及其方法

在審

• 申請號: 201610083766.X
• 申請日: 2016-02-06
• 公開（公告）號: CN106778071A
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發明（設計）人: 鄭佳揚;徐仁徽;劉韋驛;蔡孟勳;盧子彬;賴亮全;莊曜宇
• 申請（專利權）人: 財團法人資訊工業策進會
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 北京律誠同業知識產權代理有限公司11006
• 代理人: 徐金國

1.一種用以分析細菌菌種的測序數據的系統，其特征在于包含：

單一檢體去重復序列模塊，用以搜索第一基因樣本序列中的第一保守區域及一特定變異區域，并將該第一保守區域移除；

跨檢體重復序列判斷模塊，用以判斷該特定變異區域是否存在與第二基因序列中的另一特定變異區域相同的一跨檢體子序列；

重復序列記錄模塊，當該特定變異區域存在與該第二菌體樣本中的該另一特定變異區域相同的該跨檢體子序列時，該重復序列記錄模塊用以儲存該跨檢體子序列至一記錄表中；

運算貼序模塊，當存在該跨檢體子序列時，該運算貼序模塊用以將該跨檢體子序列與數據庫模塊中的多個已知菌種基因序列進行比對，以分析該第一基因樣本序列與該第二基因樣本序列中對應該跨檢體子序列的菌種。

2.根據權利要求1所述的用以分析細菌菌種的測序數據的系統，還包含：

檢體采樣模塊，用以采樣多個菌體樣本，該些菌體樣本包含第一菌體樣本及第二菌體樣本；以及

基因測序模塊，用以將該些菌體樣本分別進行基因測序，以取得對應該第一菌體樣本的第一基因樣本序列，及對應該第二菌體樣本的第二基因樣本序列。

3.根據權利要求2所述的用以分析細菌菌種的測序數據的系 統，其中，該重復序列記錄模塊更用以記錄該跨檢體子序列所對應的該另一特定變異區域、該跨檢體子序列所對應的該另一特定變異區域的所屬的該第二菌體樣本。

4.根據權利要求1所述的用以分析細菌菌種的測序數據的系統，其中，該第一基因樣本序列包含第一基因片段及第二基因片段，

其中，當該第一基因片段與該第二基因片段完全相同時，該單一檢體去重復序列模塊將該第二基因片段視為至少第一保守區域的其中之一，該特定變異區域排除該第二基因片段；以及

該運算貼序模塊將該第一基因片段與該數據庫模塊中的該些已知菌種基因序列進行比對，以分析對應該第一基因片段的菌種。

5.根據權利要求1所述的用以分析細菌菌種的測序數據的系統，其中，該第一基因樣本序列包含第一基因片段及第二基因片段，當該第一基因片段長于該第二基因片段，且該第二基因片段完全相同于該第一基因片段的一部分時，該運算貼序模塊將該第一基因片段與該數據庫模塊中的該些已知菌種基因序列進行比對，以分析對應該第一基因片段的菌種。

6.根據權利要求5所述的用以分析細菌菌種的測序數據的系統，其中該第一基因樣本序列包含第一基因片段及第二基因片段，當該第一基因片段長于該第二基因片段，且該第二基因片段完全相同于該第一基因片段的一部分時，該運算貼序模塊將該第二基因片段儲存至該記錄表中。

7.一種用以分析細菌菌種的測序方法，其特征在于包含：

搜索第一基因樣本序列中的特定變異區域以及搜索第二基因樣本序列中的另一特定變異區域；

判斷該特定變異區域與該另一特定變異區域是否存在相同的一跨檢體子序列；

當該特定變異區域與該另一特定變異區域存在相同的該跨檢體子序列時，儲存該跨檢體子序列至記錄表中；以及

當存在該跨檢體子序列時，將該跨檢體子序列與數據庫模塊中的多個已知菌種基因序列進行比對，以分析該第一基因樣本序列與該第二基因樣本序列中對應該跨檢體子序列的菌種。

8.根據權利要求7所述的用以分析細菌菌種的測序方法，其中該第一基因樣本序列包含第一基因片段及第二基因片段，其中搜索該第一基因樣本序列中的該特定變異區域的步驟包含：

判斷該第一基因片段與該第二基因片段是否完全相同；以及

當該第一基因片段與該第二基因片段完全相同時，該特定變異區域排除該第二基因片段。

9.根據權利要求7所述的用以分析細菌菌種的測序方法，其中，該第一基因樣本序列包含第一基因片段及第二基因片段，當該第一基因片段長于該第二基因片段時，其中搜索該第一基因樣本序列中的該特定變異區域的步驟包含：

判斷該第二基因片段是否完全相同于該第一基因片段的一部分；以及

當該第二基因片段完全相同于該第一基因片段的一部分，該特定

變異區域排除該第二基因片段。

10.根據權利要求9所述的用以分析細菌菌種的測序方法，包

含：

當該第一基因片段長于該第二基因片段，且該第二基因片段完全相同于該第一基因片段的一部分時，將該第二基因片段儲存至該記錄表中。