[發明專利]一種檢測ALK基因重組的方法

在審

• 申請號: 201610074021.7
• 申請日: 2016-02-02
• 公開（公告）號: CN107022602A
• 公開（公告）日: 2017-08-08
• 發明（設計）人: 葉迅;孟夏
• 申請（專利權）人: 生物梅里埃公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司72002
• 代理人: 左路,林曉紅

技術領域

本發明涉及基因重組的測定，具體地說涉及一種ALK基因重組的測定方法。

背景技術

在癌癥中經常觀察到遺傳改變導致激酶的組成型激活。1994年Morris等首先發現間變性大細胞淋巴瘤(ALCL)中的間變性淋巴瘤激酶(ALK)融合到核磷蛋白(NPM)。在過去的20年中，發現大量的蛋白質融合到ALK并形成官能嵌合蛋白，例如在許多不同類型的人類癌癥中，包括ALCL、彌漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、炎性肌纖維母細胞瘤、食管癌、乳腺癌、結腸癌、甲狀腺癌、腎細胞癌和非小細胞肺癌(NSCLC)等。這些致癌融合蛋白與染色體易位或倒位相關。

在許多情況下，腫瘤細胞的生長和存活依賴于活化的激酶，使得抑制其活性成為一種有效的抗癌療法。已經出現用于癌癥患者的酪氨酸激酶抑制劑(TKI)，例如Pfizer公司的首個口服ALK抑制劑(克唑替尼)。對于新診斷晚期NSCLC患者，以鉑類為基礎的聯合化療方案的中位總生存期(OS)為7.4-9.9個月，化療聯合貝伐單抗治療的中位OS為12.5個月；二線化療藥物如培美曲塞和多西他賽的中位無進展生存期(PFS)約2.2-2.9個月，5年生存率小于20％，治療不甚理想。與其相比，在具有之前未經治療的晚期ALK陽性NSCLC的患者中，克唑替尼治療優于標準的一線培美曲塞加鉑類化療，并且與更大的肺癌癥狀降低和較大的生活質量改善相關?？诉蛱婺岬呐R床使用必須基于ALK陽性的明確診斷。

在全球范圍內約5-7％的肺癌腫瘤具有ALK重組。所以對新診斷的晚期NSCLC建議測試ALK的重組狀態被認為是常規的臨床實踐。然而，加拿大、日本和德國的晚期NSCLC患者中只有不到1/3的患者確定了其ALK狀態，從而可用于一線治療的決策，而與其相比美國確定其ALK狀態的患者超過一半(www.kantarhealth.com/infographics/nsclc)。從最初的咨詢到最終 的測試結果，患者需要等待2-3個星期，而這種等待會延誤癌癥患者的病情確定和治療開始。IV期肺癌患者的中位數未治療預期壽命為大約16周，因此時間不宜過度花費在等待測試結果上?；蛘?，病人總是選擇在組織學檢查后進行至少一個療程的化療，然后在化療時等待ALK雜合狀態信息。

有幾種檢測ALK重組或雜合的商業化試驗。一種是雅培Vysis ALK斷裂分離FISH探針測試，這被認為是金標準方法。其他方法包括Roche集團成員Ventana Medical Systems公司的VENTANA ALK免疫組織化學(IHC)測定，這種方法已被視為替代篩選方法來選擇用于ALK FISH檢測的標本。另一種方法是AmoyDx(中國廈門)的實時PCR方法，其僅在中國被批準用于檢測肺癌患者ALK雜合。下一代測序提供了在單次測定中檢測多個分子變化的能力，但它可能需要幾個星期才能完成實驗和數據分析。雖然測序技術創新是非常有前途的，但目前該方法的敏感性、特異性和臨床有效性在臨床上沒有足夠的數據。已經報道克唑替尼療法的臨床反應在少數情況下與診斷結果不一致。

因此，目前有很大的空間以改善目前的ALK重組測試，從而幫助患者更為適宜的治療。

發明內容

在一個方面，本發明涉及一種測定生物樣品中ALK基因重組的方法，所述方法包括測定所述生物樣品中sweyjawbu基因的表達水平，其中sweyjawbu基因的序列如SEQ ID NO:1所述或與SEQ ID NO:1具有至少90％的同一性。

在本發明的另一個方面，sweyjawbu基因的序列與SEQ ID NO:1具有至少95％、優選98％、更優選99％的同一性。

在本發明的另一個方面，sweyjawbu基因的表達水平通過測定RNA或cDNA的水平來測定。

在本發明的另一個方面，sweyjawbu基因的表達水平通過PCR測定，優選熒光定量PCR，所述PCR使用的引物的序列如SEQ ID NO:2和3所述。

在本發明的另一個方面，sweyjawbu基因的表達水平測定自患者的腫瘤組織，所述腫瘤組織選自手術切除組織、穿刺活檢樣本、胸水樣本、腦脊 液樣本、血液樣本和其它體液樣本。

在本發明的另一個方面，本發明的方法進一步包括將患者腫瘤組織中的sweyjawbu基因的表達水平與該患者正常組織中的sweyjawbu基因的表達水平相比較，其中腫瘤組織中的sweyjawbu基因表達水平高于正常組織中的sweyjawbu基因表達水平表示該患者腫瘤的ALK基因重組陽性。