[發(fā)明專利]一種番茄轉(zhuǎn)基因成分的檢測方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201610060867.5
• 申請日: 2016-01-29
• 公開（公告）號(hào): CN105586412A
• 公開（公告）日: 2016-05-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 胡長峰;李甜甜;彭海;張靜
• 申請（專利權(quán)）人: 江漢大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京三高永信知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11138
• 代理人: 徐立

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物檢測領(lǐng)域，特別涉及一種番茄轉(zhuǎn)基因成分的檢測方法。

背景技術(shù)

番茄是我國重要的蔬菜，番茄轉(zhuǎn)基因技術(shù)已成熟，轉(zhuǎn)基因番茄品種的種植 與推廣需要嚴(yán)格審批，因此需要對轉(zhuǎn)基因番茄進(jìn)行監(jiān)管，轉(zhuǎn)基因成分檢測是轉(zhuǎn) 基因監(jiān)管的技術(shù)支撐。

現(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因成分檢測技術(shù)主要檢測核酸或蛋白質(zhì)，其中，基于核酸的檢 測方法主要流程為：提取待測樣品中的核酸，利用PCR (PolymeraseChainReaction，聚合酶鏈反應(yīng))的方法擴(kuò)增樣品中的轉(zhuǎn)基因成分， 利用實(shí)時(shí)定量、瓊脂糖電泳或芯片技術(shù)檢測轉(zhuǎn)基因成分是否存在。

在實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的過程中，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)現(xiàn)有技術(shù)至少存在以下問題中的一種：

轉(zhuǎn)基因成分多種多樣，而現(xiàn)有技術(shù)一次只能檢測其中一種或少數(shù)幾種，因 此，需要對可能的多種轉(zhuǎn)基因成份逐一進(jìn)行檢測，才能確定為“非轉(zhuǎn)基因”產(chǎn) 品；一般檢測的是共轉(zhuǎn)化的轉(zhuǎn)基因成分，而不是外源基因本身，因此，對于無 標(biāo)記轉(zhuǎn)基因來說，采用現(xiàn)有的檢測方法會(huì)失效；檢測基本上是定性檢測，但定 量檢測又有其現(xiàn)實(shí)需求，例如，相鄰田塊的轉(zhuǎn)基因番茄品種的少量花粉被傳到 了非轉(zhuǎn)基因品種上，在定性檢測時(shí)，非轉(zhuǎn)基因品種將被誤判為轉(zhuǎn)基因品種而不 予審定或進(jìn)行錯(cuò)誤的行政處罰。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)的問題，本發(fā)明實(shí)施例提供了一種番茄轉(zhuǎn)基因成分的檢 測方法。所述技術(shù)方案如下：

本發(fā)明實(shí)施例提供了一種番茄轉(zhuǎn)基因成分的檢測方法，所述方法包括：

確定待測樣品中需要檢測的轉(zhuǎn)基因成分、所述待測樣品中的內(nèi)源標(biāo)準(zhǔn)基因 和所述待測樣品的外源標(biāo)準(zhǔn)基因，所述待測樣品為番茄植株或所述番茄植株的 一部分；

制備用于擴(kuò)增所述轉(zhuǎn)基因成分、所述內(nèi)源標(biāo)準(zhǔn)基因和所述外源標(biāo)準(zhǔn)基因的 測試區(qū)域的多重?cái)U(kuò)增引物；

對所述待測樣品進(jìn)行抽樣并混合，得到混合樣品；

提取所述混合樣品的基因組；

向所述混合樣品的基因組中加入所述外源標(biāo)準(zhǔn)基因，得到混合核酸；

利用所述多重?cái)U(kuò)增引物對所述混合核酸進(jìn)行擴(kuò)增，得到擴(kuò)增產(chǎn)物，利用所 述擴(kuò)增產(chǎn)物構(gòu)建高通量測序文庫；

對所述高通量測序文庫進(jìn)行高通量測序，得到測序片段組；

分析所述測序片段組，獲得所述待測樣品中所述轉(zhuǎn)基因成分的測序片段的 數(shù)量、所述內(nèi)源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片段的數(shù)量和所述外源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片段的 數(shù)量；

根據(jù)所述外源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片段的數(shù)量，判斷實(shí)驗(yàn)是否成功；

若所述實(shí)驗(yàn)成功，則計(jì)算所述待測樣品種中所述轉(zhuǎn)基因成分的含量；

根據(jù)所述轉(zhuǎn)基因成分的含量判斷所述待測樣品中是否含有轉(zhuǎn)基因成分。

具體地，所述轉(zhuǎn)基因成分為外源功能基因、抗性標(biāo)記基因、啟動(dòng)子、終止 子和外源插入旁側(cè)序列中的至少一種。

具體地，所述內(nèi)源標(biāo)準(zhǔn)基因?yàn)樗龃郎y樣品的基因組中的單拷貝基因。

具體地，所述外源標(biāo)準(zhǔn)基因不存在于所有生物中。

具體地，所述判斷實(shí)驗(yàn)是否成功的方法為：當(dāng)所述外源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片 段的數(shù)量和所述內(nèi)源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片段的數(shù)量均≥α1時(shí)，則實(shí)驗(yàn)成功；當(dāng)所 述外源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片段的數(shù)量或所述內(nèi)源標(biāo)準(zhǔn)基因的測序片段的數(shù)量<α1 時(shí)，則實(shí)驗(yàn)失敗；其中，α1為判定閾值。

具體地，所述判定所述待測樣品是否含有轉(zhuǎn)基因成分的方法為：當(dāng)需要檢 測的任意一種所述轉(zhuǎn)基因成分的含量≥α2時(shí)，判定所述待測樣品含有轉(zhuǎn)基因成 分；當(dāng)所有所述轉(zhuǎn)基因成分的含量<α2時(shí)，判定所述待測樣品不含有轉(zhuǎn)基因成分； 其中，α2為判定閾值。