[發(fā)明專利]鑒定腫瘤特異性新抗原的組合物和方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201610051727.1
• 申請日: 2011-05-16
• 公開（公告）號: CN105648056A
• 公開（公告）日: 2016-06-08
• 發(fā)明（設(shè)計）人: N.哈科亨;C.吳
• 申請（專利權(quán)）人: 綜合醫(yī)院公司;達納－法伯癌癥研究所公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N33/68;G01N33/574;A61K39/00;A61P35/00;A61P35/02
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 劉辛;黃希貴

1.一種鑒定新抗原的方法，其包括：

a.鑒定具有癌癥的受試者的表達基因中的腫瘤特異性突變；

b.其中當步驟(a)中鑒定的所述突變是點突變時：

i.鑒定具有步驟(a)中鑒定的所述突變的突變型肽，

其中所述突變型肽以大于野生型肽的親和力結(jié)合I類HLA蛋白質(zhì)；并且具有小于500nm 的IC50；

c.其中當步驟(a)中鑒定的所述突變是剪接位點、移碼、連讀或基因融合突變時：

i.鑒定由步驟(a)中鑒定的所述突變編碼的突變型多肽，其中所述突變型多肽結(jié)合I類 HLA蛋白質(zhì)。

2.權(quán)利要求1的方法，其中所述突變型肽長度為約8-10個氨基酸。

3.權(quán)利要求1的方法，其中所述突變型肽長度大于10個氨基酸。

4.權(quán)利要求3的方法，其中所述突變型肽長度大于15個氨基酸。

5.權(quán)利要求4的方法，其中所述突變型肽長度大于20個氨基酸。

6.權(quán)利要求5的方法，其中所述突變型肽長度大于30個氨基酸。

7.權(quán)利要求1的方法，其中所述突變型肽長度為約8-50個氨基酸。

8.權(quán)利要求1的方法，其中所述突變型肽長度為約24-40個氨基酸。

9.權(quán)利要求1的方法，其中腫瘤特異性突變通過核酸測序進行鑒定。

10.權(quán)利要求1的方法，其進一步包括選擇步驟(b)中鑒定的肽或步驟(c)的多肽，其激 活抗腫瘤CD8T細胞。

11.一種在受試者中誘導腫瘤特異性免疫應答的方法，其包括施用根據(jù)權(quán)利要求1鑒定 的一種或多種肽或多肽和佐劑。

12.權(quán)利要求11的方法，其中所述佐劑是基于TLR的佐劑。

13.權(quán)利要求11的方法，其中所述肽或多肽由基于礦物油的佐劑乳化。

14.權(quán)利要求11的方法，其中所述肽或多肽和基于TLR的佐劑由基于礦物油的佐劑乳 化。

15.權(quán)利要求11的方法，其進一步包括施用抗免疫抑制劑。

16.權(quán)利要求15的方法，其中所述抗免疫抑制劑是抗CTLA-4抗體、抗PD1抗體、抗PD-L1 抗體、抗CD25抗體或IDO的抑制劑。

17.一種在受試者中誘導腫瘤特異性免疫應答的方法，其包括給所述受試者施用自體 樹突細胞或抗原呈遞細胞，其已用根據(jù)權(quán)利要求1鑒定的一種或多種肽或多肽脈沖。

18.權(quán)利要求17的方法，其進一步包括施用佐劑。

19.權(quán)利要求18的方法，其中所述佐劑是基于TLR的佐劑。

20.權(quán)利要求17的方法，其進一步包括施用抗免疫抑制劑。

21.權(quán)利要求20的方法，其中所述抗免疫抑制劑是抗CTLA-4抗體、抗PD1抗體、抗PD-L1 抗體、抗CD25抗體或IDO的抑制劑。

22.一種就癌癥免疫接種或治療受試者的方法，其包括：

a.鑒定所述受試者的表達基因中的多個腫瘤特異性突變，其中當鑒定的所述突變是：

i.點突變時，進一步鑒定具有所述點突變的突變型肽；和/或

ii.剪接位點、移碼、連讀或基因融合突變時，進一步鑒定由所述突變編碼的突變型多 肽；

b.選擇步驟(a)中鑒定的一種或多種突變型肽或多肽，其結(jié)合I類HLA蛋白質(zhì)；

c.選擇步驟(b)中鑒定的一種或多種突變型肽或多肽，其能夠激活抗腫瘤CD8T細胞；和

d.給所述受試者施用所述一種或多種肽或多肽、用步驟(c)中選擇的一種或多種肽或 多肽脈沖的自體樹突細胞或抗原呈遞細胞。

23.權(quán)利要求22的方法，其進一步包括給所述受試者施用佐劑。