[發(fā)明專利]豬5號染色體上與窩產仔數相關的SNP位點

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201610003456.2
• 申請日: 2016-01-04
• 公開（公告）號: CN105543359B
• 公開（公告）日: 2019-05-31
• 發(fā)明（設計）人: 張亞平;黃路生;謝海兵;任軍;艾華水;徐丹
• 申請（專利權）人: 中國科學院昆明動物研究所;江西農業(yè)大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 昆明今威專利商標代理有限公司 53115
• 代理人: 楊宏珍

本發(fā)明涉及與豬產仔數性狀相關的SNP位點，具體涉及豬5號染色體上一個與窩產仔數相關的SNP位點及其引物，屬生物技術領域。該SNP位點為基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr5:9008762；該位點的等位基因為T和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型，擴增該位點的引物及延伸引物為：Chr5?PCRU：5’?AGG TCT CCT GGG GAG CTT?3’；Chr5?PCRL：5’?GGG CTC GAC CCT GTG ATC?3’；Chr5?SNPU：5’?GAA AAG CTT CAC AGG CCA AGA ATA T?3’。帶有T/C基因型的豬產仔數高于T/T基因型，C為提高豬產仔數的有益等位基因并且T/C雜合豬產仔數最高。本發(fā)明的有益效果在于：全基因組重測序方法能夠快速、批量地篩選與性狀相關的SNP位點或基因，基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr5:9008762這個SNP位點能夠作為遺傳標記用于豬的遺傳育種提高母豬的產仔數。

技術領域：

本發(fā)明涉及與豬產仔數性狀相關的SNP位點，具體涉及豬5號染色體上一個與窩產仔數相關的SNP位點及其引物，屬生物技術領域。

背景技術：

豬的產仔數性狀是豬繁殖性狀的主要組成部分，提高豬產仔數對提高養(yǎng)豬業(yè)的總體經濟效益意義重大。我國的太湖豬以高產而聞名，窩產仔數比大多數其它中國地方豬種以及國外豬種的窩產仔數多4-5頭(《中國豬品種志》張仲葛主編，上?？萍汲霭嫔?，1986)。太湖豬中與高產仔數相關的多態(tài)位點，能夠作為遺傳標記用于提高母豬的產仔數。

全基因組重測序方法已廣泛應用于各個物種的相關研究，它能夠快速全面地篩選出與性狀、功能相關的基因或突變位點，彌補了QTL定位以及候選基因方法費時費力、單一等不足。

在國內外尚未見本發(fā)明中SNP位點與豬窩產仔數相關的公開文獻報道。

發(fā)明內容：

本發(fā)明的目的是提供豬5號染色體上一個與窩產仔數相關的SNP位點及其引物。

本發(fā)明選擇了二花臉豬(太湖豬的一種)，藏豬，巴馬香豬，萊蕪豬，及滇南小耳豬5個中國地方豬種以及野豬進行了全基因組重測序。6個豬種的重測序個體數分別為11個，11個，9個，10個，10個和10個。重測序數據跟參考基因組(NCBI Build Sscrofa 10.2)進行比對，利用SAMTools軟件進行SNPs位點的提取。發(fā)明人比較了二花臉豬與其它5個豬種，在5號染色體上發(fā)現一個SNP位點(基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr5:9008762)與豬的產仔數相關。該位點的等位基因為T和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型。

篩選到該位點后，發(fā)明人在白色杜洛克×二花臉豬雜交資源群F₂代母豬個體中對其進行驗證和相關性分析，結果發(fā)現該位點與豬產仔數有顯著相關性。

本發(fā)明的有益效果在于：全基因組重測序方法能夠快速、批量地篩選與性狀相關的SNP位點或基因，基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr5:9008762這個SNP位點能夠作為遺傳標記用于豬的遺傳育種提高母豬的產仔數。

附圖說明：

圖1為白色杜洛克×二花臉豬F₂代母豬資源群中Chr5:9008762位點3種基因型的產仔數比較(圖中兩種基因型產仔數比較時，*表示0.01≤P≤0.05；**表示P＜0.01)。

具體實施方案：

(1)SNP位點的群體分布特征