[發(fā)明專利]用于篩選實(shí)體瘤的組合物和方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201580081930.7
• 申請日: 2015-10-28
• 公開（公告）號: CN107949642B
• 公開（公告）日: 2022-04-26
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: H·桑德;K·曲;J·普蘭特斯;F·瓦爾德曼
• 申請（專利權(quán)）人: 奎斯特診斷投資股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務(wù)所 11494
• 代理人: 封新琴

本技術(shù)涉及用于確定診斷患有乳腺癌、結(jié)腸直腸癌、黑素瘤或肺癌的患者是否受益于使用單獨(dú)的治療劑或治療劑的特定組合的治療或預(yù)測其是否將對所述治療響應(yīng)的方法。這些方法基于篩選患者的實(shí)體瘤并檢測對應(yīng)于一組特定的癌癥相關(guān)基因的靶核酸序列的改變。還提供了用于實(shí)踐該方法的試劑盒。

相關(guān)申請的交叉引用

本申請要求保護(hù)2015年5月27日提交的美國申請?zhí)?2/166,996、2015年10月27日提交的美國申請?zhí)?2/246,895的優(yōu)先權(quán)和權(quán)益，其內(nèi)容在本文通過引用以其整體并入。

技術(shù)領(lǐng)域

本技術(shù)涉及用于確定診斷患有乳腺癌、結(jié)腸直腸癌、黑素瘤或肺癌的患者是否受益于使用單獨(dú)的治療劑或與其他治療劑的特定組合的治療或預(yù)測其是否將對所述治療響應(yīng)的方法。這些方法基于篩選患者的實(shí)體瘤并檢測對應(yīng)于一組特定的癌癥相關(guān)基因的靶核酸序列的改變。還提供了用于實(shí)踐該方法的試劑盒。

背景

提供本技術(shù)背景的下述說明簡單地作為理解本技術(shù)的輔助且并非是對本技術(shù)介紹或構(gòu)成現(xiàn)有技術(shù)的承認(rèn)。

開發(fā)伴隨診斷具有改善患者治療效果并消除了保險(xiǎn)公司對昂貴但無效的治療方法進(jìn)行支付的需要。隨著涉及癌癥的基因數(shù)量持續(xù)增長，越來越明顯的是，對確定個體患者腫瘤的基因改變的仔細(xì)表征通常將有助于確定最佳治療策略。例如，F(xiàn)oundation提供大型實(shí)體瘤篩選面板，其使用DNA或RNA誘餌文庫(例如)詢問超過300個癌癥相關(guān)基因的全部編碼序列和28個基因重排。這樣的測定需要至少50ng的腫瘤DNA輸入。然而，由于腫瘤DNA是從福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)組織中分離出來的，所以用于這種綜合研究的DNA的量通常是有限的且質(zhì)量差。FFPE過程經(jīng)常將DNA降解成小片段，并有可能破壞DNA堿基對本身。

TruSight^TMTumor(Illumina公司)是一個現(xiàn)有的基于PCR的NGS腫瘤篩選面板的實(shí)例，其詢問一組較窄的癌癥相關(guān)基因(在26個基因內(nèi)的174個擴(kuò)增子)，并且需要最少30ng的DNA輸入。然而，這種方法需要在生成基于擴(kuò)增子的文庫之前經(jīng)由定量PCR評估從FFPE腫瘤樣品中提取的基因組DNA的質(zhì)量，因?yàn)榻M織面積和DNA產(chǎn)量都不足以預(yù)測文庫性能。參見TruSight^TM腫瘤數(shù)據(jù)表(Illumina公司)；從FFPE樣本生成序列庫，白皮書(Illumina公司)。

由于腫瘤樣品中的細(xì)胞在腫瘤之間(腫瘤間異質(zhì)性)和單獨(dú)的腫瘤本身內(nèi)部(腫瘤內(nèi)異質(zhì)性)之間可能表現(xiàn)出高度的分子變異這一事實(shí)，檢測FFPE組織中可行的遺傳改變更加復(fù)雜。在白血病、黑素瘤、乳腺癌、前列腺癌、結(jié)腸癌、肺癌和婦科癌中已觀察到腫瘤異質(zhì)性。因此，活檢中的小部分細(xì)胞可能不能代表整個腫瘤塊，這可能導(dǎo)致對于給定的遺傳改變的假陰性估計(jì)·。

腫瘤內(nèi)異質(zhì)性也可以至少部分解釋為什么最初對癌癥藥物反應(yīng)良好的一些患者最終復(fù)發(fā)，通常是新的腫瘤不再對治療產(chǎn)生響應(yīng)。腫瘤內(nèi)的細(xì)胞多樣性越高，偶有細(xì)胞可能能夠適應(yīng)藥物施加的壓力類型的風(fēng)險(xiǎn)就越大。對抗癌藥物的獲得性抗性可能通過各種機(jī)制建立(Chong C.P.,Nat.Med.19:1389–1400(2013)；Katayama等,Sci.Transl.Med.4(120):120ra17(2012))。例如，盡管抑制了原癌基因，抗性細(xì)胞可以開發(fā)補(bǔ)償性信號通路，或“旁路途徑”，即重新激活關(guān)鍵的下游增殖和存活信號(NiederstEngelman,Sci.Signal.6:re6(2013))。因此，癌細(xì)胞的異質(zhì)性在設(shè)計(jì)有效的治療策略中引入重大挑戰(zhàn)，特別是當(dāng)在活檢中未檢測到特定的基因突變時。

因此，實(shí)質(zhì)上需要更強(qiáng)大和敏感的方法來有效地檢測高度異質(zhì)性腫瘤樣品(特別是FFPE組織中)存在的遺傳改變。這樣的方法將有助于預(yù)測個體患者對特定藥物治療方案的響應(yīng)性以及開始時確定最佳治療策略。

本發(fā)明技術(shù)的概述