[發明專利]生物體對藥物的響應的微流體測量

在審

• 申請號: 201580071356.7
• 申請日: 2015-11-05
• 公開（公告）號: CN107636173A
• 公開（公告）日: 2018-01-26
• 發明（設計）人: 盧斯特曼·伊斯馬吉洛夫;尤金伲亞·霍洛謝瓦;特拉維斯·施拉皮;馬修·S·柯蒂斯;內森·舍普;赫迪亞·曼瑪爾;沈峰;埃里克·B·朱
• 申請（專利權）人: 加州理工學院;斯利普奇普公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6809;C12Q1/689;C12Q1/02
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司11262
• 代理人: 李平,鄭霞

1.一種方法，所述方法包括：

提供第一樣品和第二樣品，所述第一樣品包含來自細菌群體的第一部分的靶分子，所述第二樣品包含來自所述細菌群體的第二部分的靶分子，其中所述第一部分已用抗生素處理，并且其中所述第二部分未用所述抗生素處理；

在多個第一分析區域中分配所述第一樣品；

在多個第二分析區域中分配所述第二樣品；

使所述第一分析區域和所述第二分析區域的每一個與用于進行反應的試劑接觸以檢測所述第一分析區域和所述第二分析區域的每一個中閾值數目的靶分子的存在或不存在；以及

檢測所述第一分析區域和所述第二分析區域的每一個中閾值數目的靶分子的存在或不存在，其中每一個樣品在所述分析區域中的分配被實現為使得在所述反應之后在所述第一分析區域和所述第二分析區域的一些中檢測到閾值數目的靶分子，并且在所述第一分析區域和所述第二分析區域的一些中未檢測到閾值數目的靶分子。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述閾值數目大于零、一、二、三、四或五。

3.如權利要求1所述的方法，其中每一個樣品在所述分析區域中的分配被實現為使得所述分析區域的至少一些不具有所述靶分子，并且所述分析區域的至少一些僅具有一個靶分子。

4.如權利要求1所述的方法，其中每一個樣品在所述分析區域中的分配被實現為使得所述分析區域的至少一個僅包含一個靶分子。

5.如權利要求1所述的方法，其中所述第一樣品包含所述試劑，并且其中使所述多個第一分析區域與所述試劑接觸包括在所述多個第一分析區域中分配所述第一樣品的所述步驟。

6.如權利要求1所述的方法，其中所述第二樣品包含所述試劑，并且其中使所述多個第二分析區域與所述試劑接觸包括在所述多個第二分析區域中分配所述第二樣品的所述步驟。

7.如權利要求1所述的方法，其中所述反應包括核酸擴增。

8.如權利要求7所述的方法，其中所述核酸擴增是基本上等溫的。

9.如權利要求7所述的方法，其中所述核酸擴增是聚合酶鏈式反應。

10.如權利要求7所述的方法，其中所述核酸擴增選自由以下組成的組：基于核酸序列的擴增(NASBA)、自主序列復制(3SR)、環介導的等溫擴增(LAMP)、鏈置換擴增(SDA)、全基因組擴增、多重置換擴增、鏈置換擴增、解旋酶依賴性擴增、切口酶擴增反應、重組聚合酶擴增、逆轉錄PCR和連接介導的PCR。

11.如權利要求1所述的方法，其中所述分析區域包括孔。

12.如權利要求1所述的方法，其中所述靶分子是核酸。

13.如權利要求12所述的方法，其中所述試劑是核酸擴增試劑。

14.如權利要求13所述的方法，所述方法還包括將所述分析區域的每一個暴露于有效擴增所述核酸的條件。

15.如權利要求1所述的方法，其中所述靶分子包括細菌染色體或質粒的區段。

16.如權利要求15所述的方法，其中所述靶分子距離復制起點小于50kDa、小于100kDa、小于200kDa、或小于400kDa。

17.如權利要求15所述的方法，其中所述靶分子包括在所述細菌染色體或質粒上的基因的序列。

18.如權利要求1所述的方法，其中所述靶分子包括mRNA。

19.如權利要求1所述的方法，其中所述靶分子通過擴增反應擴增，所述擴增反應包含與所述靶分子的序列互補的引物。

20.如權利要求18所述的方法，其中所述mRNA編碼recA或lexA。

21.如權利要求1所述的方法，其中所述試劑被布置在多個試劑區域中。

22.如權利要求18所述的方法，其中通過使所述多個試劑區域與所述第一多個分析區域或所述第二多個分析區域流體連通來實現接觸。

23.如權利要求22所述的方法，其中接觸包括在包含所述試劑區域的基底與包含所述第一多個分析區域和所述第二多個分析區域的基底之間實現相對移動。