[發(fā)明專利]在選定的細(xì)胞亞群中鑒別多個(gè)表位的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201580069538.0
• 申請(qǐng)日: 2015-12-21
• 公開（公告）號(hào): CN107110849B
• 公開（公告）日: 2019-07-26
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 蓋瑞·P·諾蘭
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 豪夫邁·羅氏有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;G01N33/53;C12N5/07;C07H21/04
• 代理公司: 北京安信方達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 鄭霞

本發(fā)明公開了用于鑒別混合細(xì)胞群體內(nèi)的亞群的方法。所述方法包括使所述混合細(xì)胞群體與至少一種獨(dú)特結(jié)合劑接觸，其中所述至少一種獨(dú)特結(jié)合劑被設(shè)計(jì)成與所述亞群中存在的靶分子結(jié)合，并且其中所述至少一種獨(dú)特結(jié)合劑附接至代表所述靶分子的身份的表位特異性條碼。所述方法進(jìn)一步包括將兩個(gè)或更多個(gè)可測定聚合物亞單位依次附接至所述表位特異性條碼，以創(chuàng)建與所述至少一種獨(dú)特結(jié)合劑結(jié)合的、代表個(gè)體細(xì)胞的身份的獨(dú)特細(xì)胞起源條碼；以及將所述表位特異性條碼和細(xì)胞起源條碼解碼，從而鑒別所述混合細(xì)胞群體內(nèi)的亞群。

交叉引用

本申請(qǐng)要求提交于2014年12月19日的第62/094,917號(hào)美國臨時(shí)申請(qǐng)、提交于2014年12月19日的第62/094,919號(hào)美國臨時(shí)申請(qǐng)以及提交于2014年12月19日的第62/094,924號(hào)美國臨時(shí)申請(qǐng)的權(quán)益，所有這些申請(qǐng)都通過引用以其全文并入本文以用于所有目的。

發(fā)明背景

雖然人體中的所有細(xì)胞都含有相同的遺傳物質(zhì)，但同組的基因并非在所有這些細(xì)胞中都是活性的。基因表達(dá)模式的改變可對(duì)生物學(xué)功能具有深遠(yuǎn)的影響。了解基因產(chǎn)物(蛋白質(zhì))產(chǎn)生和調(diào)節(jié)的動(dòng)力學(xué)及其相互作用對(duì)于了解例如遺傳和/或環(huán)境誘導(dǎo)的健康障礙的機(jī)制將是至關(guān)重要的，并且可能為發(fā)現(xiàn)新的診斷和治療靶標(biāo)提供基礎(chǔ)。因此，用于在個(gè)體細(xì)胞中監(jiān)測基因表達(dá)譜和檢測完整蛋白質(zhì)的特定變體(例如，剪接變體、點(diǎn)突變、翻譯后修飾以及環(huán)境或治療誘導(dǎo)的修飾)的技術(shù)，以及用于隨時(shí)間定量其水平的技術(shù)，可能有助于開發(fā)新的診斷和治療程序。此外，在單個(gè)細(xì)胞中同時(shí)對(duì)多個(gè)而不僅是一個(gè)靶分子進(jìn)行這些分析正變得越來越重要。

目前可用的方法常需要大量的生物樣品，并且/或者將不提供細(xì)胞特異性信息。另外，由于復(fù)雜樣品分析中固有的挑戰(zhàn)，進(jìn)行多重測量常常是特別困難的。因此，對(duì)能夠精確和靈敏地對(duì)復(fù)雜細(xì)胞群體的個(gè)體細(xì)胞中的靶分子進(jìn)行檢測、鑒別和定量的方法存在需要。此外，常常期望對(duì)樣品中選定細(xì)胞亞群的個(gè)體細(xì)胞進(jìn)行這些分析，并保留關(guān)于一種或多種靶分子的存在與否的細(xì)胞特異性信息。

發(fā)明內(nèi)容

本公開內(nèi)容描述了用于檢測單個(gè)細(xì)胞中的多個(gè)靶核酸序列的方法、組合物和試劑盒。所公開的方法總體上適用于檢測核酸靶分子，并且特別適用于檢測存在于細(xì)胞混合物中的單個(gè)細(xì)胞中的mRNA靶分子，其中個(gè)體細(xì)胞的起源信息得到保留。

本文公開了用于鑒別單個(gè)細(xì)胞中的靶核酸分子的方法，該方法包括：a)提供第一寡核苷酸鄰近探針(proximity probe)，其包含表位特異性條碼序列和能夠與靶核酸序列的第一區(qū)段雜交的第一靶標(biāo)識(shí)別序列；b)提供第二寡核苷酸鄰近探針，其包含能夠與靶核酸序列的第二區(qū)段雜交的第二靶標(biāo)識(shí)別序列，其中靶核酸序列的第一區(qū)段和第二區(qū)段是不同的并且彼此相隔指定數(shù)目N個(gè)核苷酸；以及c)提供橋寡核苷酸，其包含兩個(gè)探針識(shí)別序列，其中第一探針識(shí)別序列能夠與第一寡核苷酸鄰近探針的區(qū)段雜交，并且第二探針識(shí)別序列能夠與第二寡核苷酸鄰近探針的區(qū)段雜交，從而創(chuàng)建包含所述表位特異性條碼的靶標(biāo)特異性探針復(fù)合物。