[發明專利]用于病毒感染的鑒定和區分的系統和方法

在審

• 申請號: 201580068630.5
• 申請日: 2015-11-20
• 公開（公告）號: CN107429302A
• 公開（公告）日: 2017-12-01
• 發明（設計）人: S·拉比扎德;K·尼亞齊;S·C·本茨;A·阮
• 申請（專利權）人: 南托米克斯有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/68;G06F19/10
• 代理公司: 余姚德盛專利代理事務所(普通合伙)33239
• 代理人: 鄭洪成

1.一種獲得用于區分2種非特定的病原體的引物集的方法，所述的非特定的病原體的每一種均屬于不同的病毒科，并且其中各個病毒科包含多種不同的病毒物種和血清型，所述的方法包括：

對于多種病毒物種的基因組和各個不同的病毒科的血清型而言，進行各個多重序列比對，從而產生對于各個所述的不同的病毒科的比對結果；

在各個比對結合中鑒定各個共有序列，該共有序列具有：

(i)高于最低閾值的同源性，

(ii)高于最低閾值的長度，以及

(iii)高于最低閾值的熔融溫度；

對于所述的不同的病毒科，將所鑒定的共有序列收集至各個調節的比對結果中；

對于所述的各個調節的比對結果，消除與人類和人類宿主序列具有最低同源性的序列，由此形成各個病毒特異性比對結果；

對所述的病毒特異性比對結果進行差集分析，由此獲得所述的非特定病原體的共有序列的各個集；以及

由所述的共有序列的各個集選擇引物序列。

2.權利要求1所述的方法，其中所述的多重序列比對是使用Clustal X、Clustal W或Clustal Omega實施的。

3.權利要求1所述的方法，其中所述的同源性的最低閾值為至少97％。

4.權利要求1所述的方法，其中所述的同源性的最低閾值為100％。

5.權利要求1所述的方法，其中所述的長度的最低閾值為至少15個堿基。

6.權利要求1所述的方法，其中所述的長度的最低閾值為至少25個堿基。

7.權利要求1所述的方法，其中所述的熔融溫度的最低閾值為至少60℃。

8.權利要求1所述的方法，其中所述的熔融溫度的最低閾值為至少65℃。

9.權利要求1所述的方法，其中所述的長度的最低閾值為至少20個堿基，所述的同源性的最低閾值為至少97％，并且所述的熔融溫度的最低閾值為至少60℃。

10.權利要求1所述的方法，其中在所述的共有序列中，所述的同源性是通過堿基-識別增加來測定的。

11.權利要求1所述的方法，其中所述的共有序列的長度是可變的，并且在所述的最低閾值之上選擇，從而得到所述的所需的熔融溫度。

12.權利要求1所述的方法，其中實施所述的選擇引物序列的步驟，使得用于所述的不同科的擴增子的長度差異為至少100個堿基。

13.權利要求1所述的方法，其中所述的消除步驟是使用BlastN實施的。

14.權利要求1所述的方法，其中所述的與人類和人類宿主序列的最低同源性為至少90％。

15.權利要求1所述的方法，其中所述的人類宿主序列為已知或疑似存在于所述的人類中的病毒序列。

16.權利要求1所述的方法，其中所述的差集分析是使用Set Difference和Set Union運算實施的。

17.權利要求1所述的方法，其中選擇所述的引物序列，從而產生長度為100至800個堿基的擴增子。

18.權利要求1所述的方法，其中所述的非特定的病毒屬于2種不同的系統發育級別。

19.權利要求1所述的方法，其進一步包括測定引物序列的步驟，從而由病毒RNA產生cDNA。

20.權利要求1所述的方法，其種所述的引物集包含用于各個所述的非特定的病原體的1至5個引物對。