[發(fā)明專利]用于檢測耐藥性結(jié)核分枝桿菌的組合物和方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201580067201.6
• 申請日: 2015-12-18
• 公開（公告）號: CN107002146B
• 公開（公告）日: 2021-12-24
• 發(fā)明（設(shè)計）人: J.A.約翰遜;R.梅塔;A.袁
• 申請（專利權(quán)）人: 豪夫邁·羅氏有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/04;C12N15/11
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 杜艷玲;黃希貴

1.多組rpoB、inhA和katG引物和多種可檢測的rpoB、inhA和katG探針在制造試劑盒中的用途，所述試劑盒用于通過以下方法檢測樣品中對利福平耐受的結(jié)核分枝桿菌(MTB-RIF)和/或?qū)Ξ悷熾履褪艿慕Y(jié)核分枝桿菌(MTB-INH)，所述方法包括多重實時聚合酶鏈式反應(yīng)測定，其包括：

- 進行擴增步驟，其包括使所述樣品與至少一組rpoB引物、一組inhA引物和一組katG引物接觸，從而，如果所述樣品中存在任何rpoB、inhA和katG靶核酸，則產(chǎn)生一種或多種擴增產(chǎn)物；

- 進行雜交步驟，其包括使所述一種或多種擴增產(chǎn)物與多種可檢測的rpoB探針、多種可檢測的inhA探針和多種可檢測的katG探針接觸，所述探針至少包括：

- 17種rpoB探針，其用于檢測賦予結(jié)核分枝桿菌(MTB)利福平抗性的17種單核苷酸多態(tài)性SNP；

- 3種inhA探針，其用于檢測賦予MTB異煙肼抗性的3種SNP；和

- 4種katG探針，其用于檢測賦予MTB異煙肼抗性的4種SNP；以及

- 檢測是否存在所述一種或多種擴增產(chǎn)物，其中存在所述一種或多種擴增產(chǎn)物表明所述樣品中存在MTB-RIF和/或MTB-INH，并且其中不存在所述一種或多種擴增產(chǎn)物表明所述樣品中不存在MTB-RIF和/或MTB-INH；

其中所述多種rpoB探針包括用于檢測賦予MTB利福平抗性的17種SNP中的每一種的水解探針，所述SNP包括：rpoB 531L、rpoB 531W、rpoB 526L、rpoB 526Y、rpoB 526D、rpoB526N、rpoB 513L、rpoB 513K、rpoB 513P、rpoB 522L、rpoB 522Q、rpoB 522W、rpoB 516V、rpoB 516Y、rpoB 533P、rpoB 511P和rpoB 526R；

其中所述多種inhA探針包括用于檢測賦予MTB異煙肼抗性的3種SNP中的每一種的水解探針，所述SNP包括：inhA-15T、inhA-8A和inhA-8C；并且

其中所述多種katG探針包括用于檢測賦予MTB異煙肼抗性的4種SNP中的每一種的水解探針，所述SNP包括：katG 315I、katG 315N、katG 315T和katG 315T2，并且其中：

- 所述rpoB探針由SEQ ID NO: 52、55、58、84、99、108、121、142、155、162、180、196、199、238、240、280和437-438的核酸序列或其互補物組成；

- 所述inhA探針由SEQ ID NO: 363、374和436的核酸序列或其互補物組成；并且

- 所述katG探針由SEQ ID NO: 297、335和434-435的核酸序列或其互補物組成。