[發明專利]用于計算經校正擴增子覆蓋度的方法、系統及計算機可讀媒體

有效

• 申請號: 201580054718.1
• 申請日: 2015-10-09
• 公開（公告）號: CN107111692B
• 公開（公告）日: 2021-10-29
• 發明（設計）人: J·維奇;展逸屏
• 申請（專利權）人: 生命科技股份有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B25/00;G16B30/10
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 張欣

1.一種用于基于經校正擴增子覆蓋度來識別拷貝數變異的計算機實施的方法，所述方法包括：

針對多個訓練樣品中的每個訓練樣品，獲取多個訓練讀段，其中所述多個訓練樣品包括具有已知倍性的正常樣品，其中所述多個訓練樣品中的一些樣品是在多個批次中與所述多個訓練樣品中的其他樣品不同的批次中制備的；

針對所述多個訓練樣品中的每個訓練樣品，將所述多個訓練讀段映射到對應于所述訓練樣品的擴增子的核酸參考序列；

針對所述多個訓練樣品中的每個訓練樣品，計算所述訓練樣品的擴增子覆蓋度和總讀段，其中擴增子覆蓋度為經映射到擴增子的多個讀段，且所述總讀段為多個經映射讀段；

通過將主成分分析應用于針對所述訓練樣品計算的所述擴增子覆蓋度來確定分批效果的值，其中每個主成分代表一個分批效果的值的向量；

獲取基于疑具有一或多個遺傳畸變的測試樣品的經擴增靶區域的多個擴增子的多個讀段；

將所述多個讀段映射到參考序列，所述參考序列包含對應于所述經擴增靶區域的一或多個核酸序列；

計算所述測試樣品的擴增子覆蓋度及總讀段；

經由基于所述計算出的擴增子覆蓋度、所計算出的總讀段、所述測試樣品的樣品依賴性倍率及針對所述訓練樣品確定的所述分批效果值應用分批效果校正來計算經校正擴增子覆蓋度；及

基于所述經校正擴增子覆蓋度的倍性狀態的似然性識別所述測試樣品的所述拷貝數變異。

2.根據權利要求1所述的方法，其進一步包括：

將與疑具有一或多個遺傳畸變的所述測試樣品隔離的核酸的所述靶區域擴增；

基于所述經擴增靶區域產生所述多個擴增子；及

測序所述多個擴增子以獲得所述多個讀段。

3.根據權利要求2所述的方法，其中將與疑具有一或多個遺傳畸變的所述測試樣品隔離的核酸的所述靶區域擴增包含多重擴增。

4.根據權利要求1所述的方法，其進一步包括：

基于針對倍性狀態范圍計算出的所述似然性確定所述多個擴增子的最大分數路徑；及

基于所述最大分數路徑識別所述拷貝數變異。

5.根據權利要求4所述的方法，其進一步包括：

基于所述總讀段在計算所述最大分數路徑的似然性之前將所述經校正擴增子覆蓋度歸一化。

6.根據權利要求1所述的方法，其進一步包括：

基于針對所述測試樣品計算的所述擴增子覆蓋度和總讀段以及使用所述主成分分析針對訓練樣品確定的分批效果值的對數，估計所述測試樣品的樣品依賴性倍率。

7.根據權利要求1所述的方法，其中計算經校正擴增子覆蓋度的步驟還包括基于所述樣品依賴性倍率與針對第i個擴增子確定的分批效果值的對數的乘積，確定所述第i個擴增子的經校正拷貝數的對數。