[發明專利]用于分析核酸測序數據的方法和系統

有效

• 申請號: 201580050718.4
• 申請日: 2015-09-15
• 公開（公告）號: CN107002121B
• 公開（公告）日: 2020-11-13
• 發明（設計）人: J.布魯安德;J.F.施萊辛格
• 申請（專利權）人: 億明達股份有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B30/00
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張文輝

1.方法，其包括：

接收包含多個樣品讀段的測序數據，所述樣品讀段具有相應的核苷酸序列；

基于所述核苷酸序列將所述樣品讀段分配到指定基因座，其中分配到相應的指定基因座的所述樣品讀段是所述相應的指定基因座的分配讀段；

分析每個指定基因座的分配讀段以鑒定所述分配讀段內的相應的感興趣區域(ROI)，每個所述ROI具有一個或多個系列的重復基序，其中相應系列的每個重復基序包含相同的核苷酸集；

基于所述ROI的序列，對具有多個分配讀段的指定基因座分選所述分配讀段，使得具有不同序列的ROI歸為不同的潛在等位基因，每個潛在等位基因具有與所述指定基因座內的其它潛在等位基因的序列不同的序列；和

針對具有多個潛在等位基因的指定基因座分析所述潛在等位基因的序列以確定所述潛在等位基因的第一等位基因是否是所述潛在等位基因的第二等位基因的疑似打滑產物(stutter product)，如果已經在所述第一和第二等位基因之間添加或丟失了相應序列內的k個重復基序，其中k是整數，那么所述第一等位基因是所述第二等位基因的疑似打滑產物。

2.權利要求1的方法，其中針對所述具有多個潛在等位基因的指定基因座分析所述潛在等位基因的序列以確定所述第一等位基因是否是所述第二等位基因的疑似打滑產物包括比較所述第一和第二等位基因的ROI的長度以確定所述第一和第二等位基因的ROI的長度是否相差一個重復基序或多個重復基序。

3.權利要求1或權利要求2的方法，其中針對所述具有多個潛在等位基因的指定基因座分析所述潛在等位基因的序列以確定所述第一等位基因是否是所述第二等位基因的疑似打滑產物包括鑒定已經添加或丟失的重復基序，并測定添加的或丟失的重復基序是否與所述相應序列中的相鄰重復基序相同。

4.根據權利要求1的方法，其中k等于1或2。

5.根據權利要求1的方法，其中如果在所述第一和第二等位基因的ROI的序列之間不存在其它錯配，那么所述第一等位基因是所述第二等位基因的打滑產物。

6.根據權利要求1的方法，其中所述方法還包括產生基因型序型(profile)，所述基因型序型調用至少多個所述指定基因座的基因型，其中將具有疑似打滑產物的所述指定基因座指示為具有所述疑似打滑產物。

7.根據權利要求1的方法，其中所述方法還包括提供針對至少多個所述指定基因座的基因型調用物，其中所述基因型調用物中的至少一個指示對于所述至少一個基因型調用物的所述指定基因座存在疑似打滑產物。

8.根據權利要求1的方法，其還包括針對具有多個潛在等位基因的每個指定基因座計數對所述潛在等位基因調用的所述樣品讀段的總數，其中如果所述第一等位基因的樣品讀段小于所述第二等位基因的樣品讀段的指定閾值，那么所述第一等位基因是所述第二等位基因的打滑產物。

9.權利要求8的方法，其中所述指定閾值是所述第二等位基因的樣品讀段的40%。

10.根據權利要求8的方法，其中如果所述第一等位基因的樣品讀段超過所述第二等位基因的樣品讀段的預定百分比，那么將所述疑似打滑產物指定為來自另一貢獻者。

11.根據權利要求8的方法，其中如果所述第一等位基因的樣品讀段小于所述第二等位基因的樣品讀段的預定百分比，那么將所述疑似打滑產物指定為噪音。