[發明專利]篩選納米抗體的方法及系統

有效

• 申請號: 201580042224.1
• 申請日: 2015-08-06
• 公開（公告）號: CN106661629B
• 公開（公告）日: 2021-03-16
• 發明（設計）人: 劉曉;聶超;張偉;任哲;張瑞芳;曾曉靜;李新洋;楊乃波
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6844
• 分類號: C12Q1/6844;C12Q1/6811;G01N27/62;C12M1/34
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

1.一種篩選納米抗體的方法，其特征在于，包括：

(1)從經過抗原免疫的動物的組織或外周血提取核酸樣本；

(2)基于所述核酸樣本，獲得包含抗體序列的測序結果；

(3)基于所述包含抗體序列的測序結果，構建抗體數據庫；

(4)基于抗體數據庫進行信息分析，篩選獲得納米抗體序列；

(5)對所述經過免疫的動物的血清進行蛋白質質譜分析，以便獲得蛋白質質譜結果；

(6)將所述抗體數據庫的信息與所述蛋白質質譜結果進行整合分析，以便獲得所述納米抗體序列，

其中，步驟(2)包括：

(2-1)對所述核酸樣本中的抗體序列進行擴增，以便獲得擴增產物；

(2-2)對所述擴增產物進行測序，以便獲得所述包含抗體序列的測序結果；

步驟(3)包括：

(3-1)將所述包含抗體序列的測序結果與參考序列進行比對，以便確定免疫相關基因序列；

(3-2)基于所述免疫相關基因序列，確定抗體的核苷酸序列；

(3-3)將所述抗體的核苷酸序列翻譯成氨基酸序列；

(3-4)基于所述氨基酸序列，篩選獲得VHH序列，并基于所述VHH序列構建所述抗體數據庫；

在步驟(3-4)中，所述氨基酸序列為所述VHH序列的指示為下列之一：

A.框架區存在下列4個保守氨基酸之一：37F，44E，45R，47G；

B.鉸鏈區具有SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的序列；

C.缺少CH1的至少一部分；

D.CDR3的平均長度異常。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，進一步包括：

(7)基于所述納米抗體序列，通過蛋白表達系統表達所述納米抗體，以便對所述納米抗體進行鑒定。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述動物為駱駝科動物。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述駱駝科動物為單峰駝、雙峰駝、原駝、家羊駝、小羊駝和羊駝的至少一種。

5.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述抗體序列包括高變區序列和框架區序列。

6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述核酸樣本為DNA或RNA。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，當所述核酸樣本為DNA時，通過PCR對所述核酸樣本中的所述抗體序列進行擴增；當所述核酸樣本為RNA時，通過5’-RACE或PCR對所述核酸樣本中的所述抗體序列進行擴增。

8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，所述PCR為多重PCR、線性擴增介導的PCR和巢式PCR的至少一種。

9.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，通過高通量測序裝置對所述擴增產物進行測序。

10.根據權利要求9所述的方法，其特征在于，所述高通量測序裝置為選自IlluminaHiSeq2000、HiSeq2500、MiSeq、MiSeqDx、NextSeq500、HiseqXten、Life SOLiD、Ion TorrentPGM、Proton、Roche 454和單分子測序裝置中的至少一種。

11.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述免疫相關基因為V基因、D基因、J基因和C基因中的至少一種。

12.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參考序列為已知的V基因、D基因、J基因和C基因中至少一種的重排前的胚系序列。