[發(fā)明專利]作為生物標(biāo)記物的小ncRNA

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201580029331.0
• 申請(qǐng)日: 2015-04-21
• 公開（公告）號(hào): CN107075568A
• 公開（公告）日: 2017-08-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 迪爾克·米希爾·帕格特爾;達(dá)尼耶拉·柯柏斯·拉利奇;湯姆·武丁格爾;伊琳娜·白努斯多羅普;邁克爾·哈肯貝格
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 阿姆斯特丹自由大學(xué)醫(yī)學(xué)中心基金會(huì);格拉納達(dá)大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京派特恩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司11270
• 代理人: 景鵬,姚開麗

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明提供了作為生物標(biāo)記物的小ncRNA，其用于對(duì)個(gè)體的健康狀況進(jìn)行分類。本發(fā)明還提供了鑒定ncRNA生物標(biāo)記物的篩選方法。

背景技術(shù)

人類基因組編碼大量的小非編碼蛋白質(zhì)的RNA(ncRNA)轉(zhuǎn)錄物。已經(jīng)描述了多種ncRNA類型，包括高豐度轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、微小RNA(miRNA)、小干擾RNA(siRNA)、小核RNA(snRNA)及與piwi相互作用的RNA(piRNA)(Amaral et al.,2008；Martens-Uzunova et al.,2013)。miRNA通過與靶mRNA結(jié)合而起到翻譯阻遏物的作用，其中，miRNA在有足夠的序列互補(bǔ)性的位點(diǎn)與靶mRNA結(jié)合(Ameres et al.,2007)，而高度豐富的細(xì)胞質(zhì)Y RNA通過影響Ro蛋白的亞細(xì)胞定位而在RNA質(zhì)量控制中起作用(Sim et al.,2009)。除了在確定的亞細(xì)胞定位處沉默逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的piRNA外，其它類型的ncRNA(包括siRNA和內(nèi)源siRNA(endo-siRNA))都有成熟miRNA對(duì)mRNA翻譯的抑制活性(Chuma和Pillai,2009)。miRNA活性依賴于在細(xì)胞質(zhì)中的足夠的豐度水平，以及與位于核內(nèi)體膜(endosomal membrane)的RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物(RISC)的相互作用(Gibbings et al.,2009；Lee et al.,2009a)，而低豐度的miRNA對(duì)翻譯抑制的影響較小。因此，某一miRNA水平的細(xì)微變化可能已經(jīng)影響了細(xì)胞過程，而強(qiáng)烈的擾動(dòng)可以引起疾病。除豐度外，與(RISC)蛋白質(zhì)和RNA伴侶的相互作用及正確的亞細(xì)胞定位也是控制miRNA生理機(jī)能的相關(guān)因素(Mullokandov et al.,2012；Wee et al.,2012)。

miRNA是一類小的、22～25個(gè)核苷酸的非編碼調(diào)節(jié)RNA，其以高度特異性的方式控制翻譯后基因調(diào)節(jié)和功能的關(guān)鍵方面。由于miRNA起特異性基因調(diào)節(jié)因子的作用，并且因?yàn)樗鼈兊谋磉_(dá)在癌癥發(fā)展中經(jīng)常受到干擾，所以對(duì)其作為生物標(biāo)記物的用途進(jìn)行了研究。某一miRNA(oncomir)的過表達(dá)(例如miR-21)或表達(dá)缺乏(例如miR200家族)似乎與臨床上的侵襲性或轉(zhuǎn)移性疾病結(jié)果相關(guān)。在慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)中，循環(huán)的miRNA已用于疾病歸類及對(duì)治療性干預(yù)響應(yīng)的預(yù)測(cè)。

然而，雖然對(duì)miRNA的圖譜分析是相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)，但由于相互矛盾的數(shù)據(jù)，循環(huán)的miRNA在臨床上的廣泛實(shí)施受到了限制。故需要能更好地預(yù)測(cè)個(gè)體健康狀況的ncRNA生物標(biāo)記物。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的一個(gè)方面提供了用于鑒定小非編碼RNA(ncRNA)生物標(biāo)記物對(duì)的方法，所述方法包括：

-對(duì)于ncRNA，確定在第一體液樣品中和在第二體液樣品中的所述ncRNA的兩個(gè)不同種類的比例，所述第一體液樣品獲得自第一個(gè)體參照，所述第二體液樣品獲得自第二個(gè)體參照，其中，所述第一個(gè)體參照相對(duì)第二個(gè)體參照具有改變的健康狀況，

-比較所述第一體液樣品的比例和所述第二體液樣品的比例，以及

-當(dāng)比例在所述第一體液樣品與所述第二體液樣品之間發(fā)生改變時(shí)，鑒定所述ncRNA的兩個(gè)不同種類為生物標(biāo)記物對(duì)，

其中，第一種類選自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，并且第二種類是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，以及

其中，當(dāng)所述ncRNA是miRNA時(shí)，所述第一種類選自典型的ncRNA、在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任選地在5'或3'末端剪切，并且所述第二種類選自在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任選地在5'或3'末端剪切。

或者說，其中，第一種類選自典型的ncRNA、在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，該具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA任選是在5'或3'末端剪切的；

其中，第二種類選自在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，該具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA任選是在5'或3'末端剪切的；

其中，當(dāng)所述ncRNA不是miRNA時(shí)，所述第一種類選自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，并且第二種類是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA。