[發明專利]制備用于測序的核酸的方法

在審

• 申請號: 201580016908.4
• 申請日: 2015-01-26
• 公開（公告）號: CN106661612A
• 公開（公告）日: 2017-05-10
• 發明（設計）人: 賈森·邁爾斯;喬舒亞·斯托爾;安東尼·約翰·亞弗拉特;李龍飛;鄭宗立
• 申請（專利權）人: 通用醫療公司;阿徹迪克有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京信慧永光知識產權代理有限責任公司11290
• 代理人: 董世豪,張淑珍

1.一種制備用于分析的核酸的方法，所述方法包括：

(a)在促進模板特異性雜交和靶特異性引物的延伸的條件下，使包含靶核酸的第一鏈的核酸模板與包含靶特異性雜交序列的互補的靶特異性引物接觸；以及

(b)在促進模板特異性雜交和多個不同引物的至少一個的延伸的條件下，使包含與所述靶核酸的第一鏈互補的第二鏈的核酸模板與共享如下共同序列的多個不同引物接觸，所述共同序列為不同雜交序列的5’端；

其中，產生延伸產物，所述延伸產物同時包含具有所述靶特異性引物特征的序列和具有所述多個不同引物的至少一個的特征的序列。

2.如權利要求1所述的方法，其中，所述靶核酸是核糖核酸。

3.如權利要求1所述的方法，其中，所述靶核酸是脫氧核糖核酸。

4.如權利要求1-3中任一項所述的方法，其中，順序進行步驟(a)和步驟(b)。

5.如權利要求1-4中任一項所述的方法，其中，步驟(a)中的所述核酸模板包含從步驟(b)中的所述多個不同引物的至少一個的延伸和雜交產生的延伸產物。

6.如權利要求1-4中任一項所述的方法，其中，步驟(b)中的所述核酸模板包含從步驟(a)中的所述靶特異性引物的延伸和雜交產生的延伸產物。

7.如權利要求2所述的方法，其中，所述靶核酸是編碼自包含基因重排的染色體片段的信使RNA。

8.如權利要求3所述的方法，其中，所述靶核酸是包含基因重排的一部分的染色體片段。

9.如權利要求8所述的方法，其中，所述基因重排是倒位、缺失或易位。

10.如權利要求1-9中任一項所述的方法，所述方法進一步包括對所述延伸產物進行擴增。

11.如權利要求1-9中任一項所述的方法，所述方法進一步包括在雜交發生在所述延伸產物和固定的寡核苷酸之間的條件下，使所述延伸產物或擴增的延伸產物與固定的寡核苷酸接觸。

12.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中，所述靶核酸包含具有已知序列的靶部分和具有未知序列的側翼部分。

13.如權利要求12所述的方法，其中，不同的雜交序列與所述側翼部分互補。

14.如權利要求12或13所述的方法，其中，所述靶特異性雜交序列與所述靶部分互補。

15.如權利要求1-14中任一項所述的方法，其中，所述靶特異性引物進一步包含：所述靶特異性雜交序列的5’端；條形碼序列、接頭序列和索引序列的至少一個。

16.如權利要求1-14中任一項所述的方法，其中，所述共同序列包括條形碼序列、接頭序列和索引序列的至少一個。

17.如權利要求15或16所述的方法，其中，所述接頭序列是在流通池中用于固定寡核苷酸的可切割的接頭序列。