[發明專利]與葡萄果皮顏色相關的SNP分子標記及應用

有效

• 申請號: 201711375280.4
• 申請日: 2017-12-19
• 公開（公告）號: CN109929942B
• 公開（公告）日: 2022-03-22
• 發明（設計）人: 孫磊;徐海英;王慧玲;張國軍;閆愛玲;王曉玥;任建成
• 申請（專利權）人: 北京市林業果樹科學研究院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;黃爽

本發明提供一種與葡萄果皮顏色相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記位于葡萄VvmybA3基因上，SNP位點對應于VvmybA3基因cDNA序列第2688位堿基，該處堿基為A的葡萄果皮為無色，該處堿基為C的葡萄果皮為有色。通過基因分型檢測，若該SNP位點的基因型為C/C或C/A，葡萄果皮表現為有色，若該SNP位點的基因型為A/A，葡萄果皮表現為無色，以此標記開展葡萄果皮早期輔助選擇，可以大大提高育種進程。

技術領域

本發明涉及分子生物學及作物育種技術領域，具體地說，涉及一種與葡萄果皮顏色相關的SNP分子標記及應用。

背景技術

葡萄是我國主要水果之一，我國鮮食葡萄產量多年穩居世界首位，栽培面積位居世界第二，對葡萄而言，果皮顏色是吸引消費者得一種重要果實性狀。

目前，育種人員在葡萄育種工作中，主要采用的是傳統的雜交育種手段，雜交種子培育成苗，經過數年童期后，再對雜種單株的生長結果習性和果實性狀進行評價，以此來選擇和淘汰雜種單株，該方法育種周期長，耗時耗力，耗土地資源，育種效率低，隨著分子生物學技術的迅速發展，以及葡萄基因組測序的完成，分子標記輔助育種技術，可以對雜種單株進行早期選擇，提前淘汰非目標性狀單株。

葡萄果皮顏色主要受到花青苷(花青素)含量的影響，花青苷的合成是由多種合成酶基因調節，都屬于多基因家族MYB，研究表明MYB結構和功能變異與果皮顏色有著密切關系，MYB基因上插入的一個逆轉座子導致了葡萄果皮無色，果實呈現出綠色，而沒有該轉座子的葡萄果皮有色，表現出從粉色、紫色到黑色的連續變化，但是有色與無色類似質量性狀，開發有色/無色分子標記輔助選擇，可以提高育種效率，節省育種成本。

發明內容

本發明的目的是提供一種與葡萄果皮顏色相關的SNP分子標記及應用。

為了實現本發明目的，本發明提供一種與葡萄果皮顏色相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記位于葡萄VvmybA3基因上，SNP位點位于VvmybA3基因cDNA序列第2688位堿基，該處堿基為A或C。

其中，葡萄VvmybA3基因cDNA序列如SEQ ID NO:1所示(GenBank：AB442011.1)。SEQID NO:1所示序列的第2688位堿基為n，n為a或c。

本發明所述SNP分子標記的AA基因型對應的葡萄果皮為無色，所述SNP分子標記的CC或AC基因型對應的葡萄果皮為有色。

本發明還提供基于KASP技術開發的用于擴增權利要求1或2所述分子標記的引物，包括正向引物F1、正向引物F2和反向引物R，引物序列分別如下(SEQ ID NO:2-4)：

正向引物F1：5′-CTCCTTAAGAAGATATATACTCCATCATA-3′

正向引物F2：5′-TCCTTAAGAAGATATATACTCCATCATC-3′

反向引物R：5′-GCCGCATCAAAGGCTAGAATTATGC-3′

本發明還提供含有所述KASP引物的檢測試劑或試劑盒。

本發明還提供所述SNP分子標記、所述KASP引物或所述檢測試劑或試劑盒在葡萄果皮早期篩選中的應用。包括以下步驟：

1)提取待測葡萄樣品的DNA；

2)KASP反應：以步驟1)提取的DNA為模板，向其中加入特異的KASP Primer mix和通用的KASP Mastermix，進行PCR擴增；

3)分析PCR擴增產物。