[發(fā)明專利]用于中國(guó)明對(duì)蝦遺傳性別鑒定的DNA序列及其獲取和應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201510944779.7
• 申請(qǐng)日: 2015-12-16
• 公開（公告）號(hào): CN105349543A
• 公開（公告）日: 2016-02-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李富花;李詩(shī)豪;相建海
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)科學(xué)院海洋研究所
• 主分類號(hào): C12N15/11
• 分類號(hào): C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 沈陽(yáng)科苑專利商標(biāo)代理有限公司 21002
• 代理人: 馬馳

1.用于中國(guó)明對(duì)蝦遺傳性別鑒定的DNA序列，其特征在于：中國(guó)明對(duì)蝦雌性個(gè)體基因組DNA中具有特征性的FcFseq序列，具有序列表SEQIDNO：1中核苷酸序列；中國(guó)明對(duì)蝦雄性個(gè)體基因組DNA中具有特征性的FcMseq序列，具有序列表SEQIDNO：2中核苷酸序列。

2.按照權(quán)利要求1所述序列，其特征在于：所述的雌性個(gè)體DNA中具有的FcFseq序列為：

FcFseq：

TTTACTTGCCAATAAAGTAGCCGCGTTTTTGTTTTCATAGAGTAACACATGATGTGAAACATGTTTCTTGTTACATACTGTTTTACTTTCCTACGATG[C/T]AAGGTTCTTTCAAGTGTGATGTTGACAAAA[T/A]GGTTCTTTATACGGCGATGTCAGTGGCTAATTGAATGTGATAACTC[A/C]TTTGACTTTTTAA[A/C]AATACA[T/A]AGTCGCTCATTACCTATCACGGCGACAGAAGACGAAGGCGACGCTGAAATTTCCCTGTGCTCAAAGATCCTTGCGTTACCGTTAATGCCTGAGTGGAAACACCGTCTTTTGGGAATCTTTTTCATTTTCGATTTCTACCCTGATTTCGTTCCCTTTCT

雌性個(gè)體的DNA序列FcFseq的第99bp、130bp、177bp、191bp和198bp的五個(gè)堿基位點(diǎn)分別為CT雜合、TA雜合、AC雜合、AC雜合和TA雜合。

3.按照權(quán)利要求1所述序列，其特征在于：所述的雄性個(gè)體DNA中具有的FcMseq序列為：

FcMseq：

TTTACTTGCCAATAAAGTAGCCGCGTTTTTGTTTTCATAGAGTAACACATGATGTGAAACATGTTTCTTGTTACATACTGTTTTACTTTCCTACGATGTAAGGTTCTTTCAAGTGTGATGTTGACAAAAAGGTTCTTTATACGGCGATGTCAGTGGCTAATTGAATGTGATAACTCCTTTGACTTTTTAACAATACAAAGTCGCTCATTACCTATCACGGCGACAGAAGACGAAGGCGACGCTGAAATTTCCCTGTGCTCAAAGATCCTTGCGTTACCGTTAATGCCTGAGTGGAAACACCGTCTTTTGGGAATCTTTTTCATTTTCGATTTCTACCCTGATTTCGTTCCCTTTCT。

4.一種權(quán)利要求1-3任一所述序列的獲取方法，其特征在于：

首先提取不同來(lái)源(所述不同來(lái)源包括野生、養(yǎng)殖)的中國(guó)明對(duì)蝦雌性個(gè)體20尾(海捕野生對(duì)蝦和養(yǎng)殖對(duì)蝦各10尾)和中國(guó)明對(duì)蝦雄性個(gè)體20尾(海捕野生對(duì)蝦和養(yǎng)殖對(duì)蝦各10尾)的基因組DNA，來(lái)源于雌性個(gè)體的等量DNA制作1個(gè)混池，來(lái)源于雄性個(gè)體的等量DNA制作1個(gè)混池，分別進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組建庫(kù)和高通量測(cè)序，雌雄混池的DNA測(cè)序三次，雄性混池的DNA測(cè)序兩次，測(cè)序量最大的一次數(shù)據(jù)進(jìn)行拼接，獲得的200bp以上的拼接序列作為參考序列，雌雄樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)分別通過(guò)BWA軟件與拼接序列進(jìn)行比對(duì)，采用GATK2軟件的UnifiedGenotyper模塊進(jìn)行多個(gè)樣本SNP檢測(cè)，對(duì)獲得的部分含有差異SNP位點(diǎn)的DNA序列在其他來(lái)源的個(gè)體中進(jìn)行PCR驗(yàn)證和序列分析，最終獲得能夠區(qū)分中國(guó)明對(duì)蝦遺傳性別的DNA序列標(biāo)簽。

5.一種權(quán)利要求1-3任一所述序列標(biāo)簽的應(yīng)用，其特征在于：所述序列標(biāo)簽可用于中國(guó)明對(duì)蝦遺傳性別鑒定；

雌性個(gè)體的DNA序列FcFseq和雄性個(gè)體的DNA序列FcMseq的性別差異位點(diǎn)為第99bp、130bp、177bp、191bp和198bp的五個(gè)堿基位點(diǎn)；在雌性個(gè)體的DNA中這些位點(diǎn)分別為CT雜合、TA雜合、AC雜合、AC雜合和TA雜合，而在雄性個(gè)體的DNA中對(duì)應(yīng)的這些位點(diǎn)分別為T純合、A純合、C純合、C純合和A純合。

6.按照權(quán)利要求5所述序列標(biāo)簽的應(yīng)用，其特征在于：進(jìn)行中國(guó)明對(duì)蝦遺傳性別鑒定的過(guò)程為，對(duì)蝦個(gè)體提取DNA后，使用FcSDPF：TTTACTTGCCAATAAAGTAGCCGCG，F(xiàn)cSDPR：AGAAAGGGAACGAAATCAGGGTAG擴(kuò)增上述FcFseq或FcMseq序列，獲得的序列進(jìn)行Sanger測(cè)序，測(cè)序峰圖文件使用Bioedit軟件讀取上述序列第99bp、130bp、177bp、191bp和198bp的五個(gè)堿基位點(diǎn)；如果這些位點(diǎn)分別為CT雜合、TA雜合、AC雜合、AC雜合和TA雜合，則鑒定個(gè)體的性別為雌性；如果這些位點(diǎn)分別為T純合、A純合、C純合、C純合和A純合，則鑒定個(gè)體的性別為雄性。