[發(fā)明專利]單核苷酸距離多態(tài)性比較核酸序列進(jìn)行物種分類的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201510824250.1
• 申請日: 2015-11-24
• 公開（公告）號: CN105447341B
• 公開（公告）日: 2018-10-16
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 孔登;王曉紅
• 申請（專利權(quán)）人: 濰坊醫(yī)學(xué)院
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22
• 代理公司: 北京聯(lián)瑞聯(lián)豐知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11411
• 代理人: 鄭自群

1.單核苷酸距離多態(tài)性比較核酸序進(jìn)行物種分類的方法，其特征在于，包括如下步驟：

S10；對DNA序列或者RNA序列上的每個核苷酸進(jìn)行編號；

S20：計算DNA序列或者RNA序列上相鄰?fù)N核苷酸的距離；

S30：統(tǒng)計每種核苷酸的不同距離在每條DNA序列或者RNA序列中出現(xiàn)的次數(shù)；

S40：根據(jù)統(tǒng)計每種核苷酸的不同距離在每條DNA序列或者RNA序列中出現(xiàn)的次數(shù)，進(jìn)行兩兩對比，構(gòu)建距離矩陣，根據(jù)距離矩陣計算產(chǎn)生系統(tǒng)發(fā)育樹，進(jìn)行物種分類；

所述步驟S40中根據(jù)統(tǒng)計每種核苷酸的不同距離在每條DNA序列或者RNA序列中出現(xiàn)的次數(shù)，分析單核苷酸距離的多態(tài)性，通過構(gòu)建距離矩陣，計算產(chǎn)生系統(tǒng)發(fā)育樹；

所述步驟S40中分析同種單核苷酸距離的多態(tài)性，滿足公式：F＝2n_xy/(n_x+n_y)，P＝-lnF，其中n_x為兩段DNA序列或者RNA序列中第一段序列中相鄰?fù)N核苷酸出現(xiàn)的某一距離的數(shù)目，n_y是兩段DNA序列或者RNA序列中第二段序列中相鄰?fù)N核苷酸出現(xiàn)的某一距離的數(shù)目，n_xy為兩段DNA序列或者RNA序列相鄰?fù)N核苷酸之間某一距離出現(xiàn)次數(shù)相同的數(shù)目，即n_x和n_y中的較小值，P為兩段DNA序列或者RNA序列相鄰?fù)N核苷酸距離的多樣性值；

所述核苷酸的種類包括核苷酸A、核苷酸T、核苷酸G、核苷酸C和核苷酸U；

所述步驟S20中計算DNA序列或者RNA序列上相鄰?fù)N核苷酸的距離采用將序列中核苷酸A對應(yīng)的編號提取出來，計算相鄰核苷酸A之間的距離，然后依次計算相鄰核苷酸C之間、相鄰核苷酸G之間、相鄰核苷酸T、相鄰核苷酸U之間的距離。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的單核苷酸距離多態(tài)性比較核酸序列進(jìn)行物種分類的方法，其特征在于，所述步驟S40中分析同種單核苷酸距離的多態(tài)性，在計算兩段DNA序列或者RNA序列的多樣性值后，對四種核苷酸全部距離的多樣性值求取平均值，將所有DNA序列或者RNA序列兩兩比較計算后得到的平均值構(gòu)建距離矩陣，根據(jù)距離矩陣制作進(jìn)化關(guān)系樹。