[發明專利]一種基于單核苷酸多態性的小麥分子條形碼

有效

• 申請號: 201510736738.9
• 申請日: 2015-11-03
• 公開（公告）號: CN105256044B
• 公開（公告）日: 2019-01-22
• 發明（設計）人: 高麗鋒;孔秀英;賈繼增
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院作物科學研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;白艷

本發明公開了一種基于單核苷酸多態性的小麥分子條形碼。本發明提供了檢測小麥基因組中43個SNP位點的多態性或基因型的物質在鑒定或輔助鑒定小麥品種中的應用；本研究擬利用目前高通量SNP芯片，從中篩選出數量最小、分辨率最強的一套SNP標記作為條形碼，提高小麥育種和科研對小麥資源的利用效率。

技術領域

本發明涉及生物技術領域，尤其涉及一種基于單核苷酸多態性的小麥分子條形碼。

背景技術

DNA指紋圖譜技術已經被廣泛用于作物材料鑒定、分析和品種保護(Wang 2006).作為DNA指紋圖譜的分子標記經歷了三個階段：第一代分子標記是限制性片段長度多態性(RFLP)，但其操作復雜、多態性低和花費高，利用時間較短(Grover&Sharma 2015)；第二代分子標記是簡單序列重復(SSR)，其操作相對簡單、多態性較高和成本較低，因此被廣泛應用于作物遺傳研究(Wu&Tanksley 1993；Brunel 1994；al.1998)；SNP是第三代分子標記，隨著下一代測序技術的發展和全基因組測序成本逐步降低，許多重要作物全基因組測序完成，產生了大量的SNP數據并據此開發了SNP芯片(Cavanagh et al.2013；Chen etal.2014；Mondenet al.201；Unterseeret al.2014；Wang et al.2014；Hulse-Kemp etal.2015；Lee et al.2015；)。SNP芯片操作流程標準化，不同實驗室間產生的數據具有可比性。理論上講，芯片上布列的SNP點在染色體或基因組上的位置是唯一的，從而在很大程度上避免了多拷貝數基因SNP帶來的分型困擾。這點對于普通小麥這樣的多倍體物種尤其重要。近年來，已經陸續有幾款小麥SNP芯片產品，如illumina公司推出的9K、90K SNP芯片和Affymetrix公司推出的35K、817K和660K SNP芯片。這些小麥SNP芯片已經用于小麥群體結構、遺傳變異、選擇進化與全基因組關聯分析(Cavanagh et al.2013；Fariset al.2014；Wang et al.2014；Zanke et al.,2015).

發明內容

本發明一個目的是提供檢測小麥基因組中43個SNP位點的多態性或基因型的物質的用途。

本發明提供檢測小麥基因組中43個SNP位點的多態性或基因型的物質在鑒定或輔助鑒定小麥品種中的應用；

或檢測小麥基因組中43個SNP位點的多態性或基因型的物質在制備鑒定或輔助鑒定小麥品種的試劑盒中的應用；

所述43個SNP位點為如下：IWA530、IWA2783、IWA5405、IWA5186、IWA4153、IWA4154、IWA4155、IWA4031、IWA695、IWA4525、IWA4884、IWA2938、IWA2442、IWA4323、IWA2961、IWA5285、IWA5106、IWA2037、IWA8303、IWA662、IWA5618、IWA6279、IWA3710、IWA2124、IWA3835、IWA3011、IWA1691、IWA4854、IWA5375、IWA4805、IWA5326、IWA1755、IWA2698、IWA6526、IWA7177、IWA224、IWA8380、IWA3312、IWA2476、IWA2506、IWA4187、IWA1437和IWA304。

上述應用中，鑒定或輔助鑒定小麥品種為鑒定或輔助鑒定待測小麥是否為表2和/或表3所示某個小麥品種，具體方法包括如下步驟：檢測待測小麥品種基因組所述43個SNP位點基因型，將所述待測小麥品種43個SNP位點基因型與表2和/或表3所示每個小麥品種的43個SNP位點基因型進行比較，確定待測小麥是否為表2和/或表3所示某個小麥品種。

本發明另一個目的是提供檢測小麥基因組中43個SNP位點的多態性或基因型的物質的用途。

本發明提供檢測小麥基因組中43個SNP位點的多態性或基因型的物質在區分或輔助區分小麥品種中的應用；