[發明專利]與晉南牛生長性狀相關的SNP標記及其應用

有效

• 申請號: 201510618808.0
• 申請日: 2015-09-24
• 公開（公告）號: CN105200136B
• 公開（公告）日: 2018-07-31
• 發明（設計）人: 張元慶;賀東昌;王棟才;王志俊;劉文俊;張喜忠
• 申請（專利權）人: 山西省農業科學院畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君

本發明提供了一種與晉南牛生長性狀相關的SNP標記及其應用，其位于晉南牛GLi3基因如SEQ ID NO.1所示序列的92bp處，此處堿基為C的晉南牛的生長性能顯著優于此處堿基為T的晉南牛。本發明還提供用于檢測所述SNP標記的引物對、試劑盒以及檢測方法。本發明提供的方法準確可靠，操作方便，且不受晉南牛年齡、性別等限制，可用于晉南牛的早期選育，顯著促進育種進程。同時該SNP位點的檢出也為晉南牛生長性狀的分子標記輔助選擇提供了科學依據。

技術領域

本發明涉及基因工程及分子生物學領域，具體地說，涉及一種與晉南牛生長性狀相關的SNP標記及其應用。

背景技術

晉南牛是我國四大地方良種黃牛之一，是我國珍貴的畜種資源，在我國物種基因庫中占有重要位置。晉南牛不僅具有良好的役用性能，還具有良好的肉用性能。其育肥期日增重居四大黃牛之首，飼料報酬和產肉性能均接近世界優良肉牛品種。在肉質上，晉南牛強度育肥后肉質鮮嫩，色澤鮮紅，胴體脂肪潔白，肌纖維束間脂肪沉積明顯呈大理石狀，符合高檔牛肉標準。

分子育種，即分子標記輔助選擇育種，是指利用DNA分子標記對育種材料進行選擇，從而綜合改良畜禽重要經濟性狀。單核苷酸多態性(SNP)是一類廣泛存在于畜禽基因組上的分子遺傳標記，已廣泛應用于畜禽遺傳育種。SNP的檢測方法有多種，其中SnaPshot測序技術主要針對中等通量的SNP分型項目，其主要原理是將測序酶、四種熒光標記的ddNTP、緊鄰多態位點的延伸引物和PCR產物模板按一定體系混合，引物延伸一個堿基即終止，經測序儀檢測，根據峰的顏色可以得知參與反應的堿基種類，從而判斷樣本在該位點的基因型。該方法具有分型準確，通量高，不受SNP位點多態性特性限制和樣本個數限制等優點，非常適用于分子育種中的SNP檢測。

Gli3基因是Gli-Kruppel基因家族的成員之一。與家族中的其他基因一樣，Gli3也有5個保守的串聯鋅指結構，鋅指間結構由組氨酸-半胱氨酸連接，該基因在動物的生長發育過程中具有重要的調節作用。Gli3基因編碼的蛋白是一種DNA結合轉錄因子，能夠調控關閉Sonic hedgehog信號傳導通路，研究表明Gli3基因表達產物經過裂解可產生抑制因子阻止Sonic hedgehog靶基因表達，而Sonic hedgehog又可以抑制Gli3裂解，兩者間相互制約以保證正常形態的形成。現有研究表明Gli3基因對肢體的發育具有抑制作用。

發明內容

本發明的目的是提供一種與晉南牛生長性狀相關的SNP標記及其應用。

本發明的另一目的是提供用于檢測所述與晉南牛生長性狀相關的SNP標記的引物對及含有該引物對的檢測試劑盒。

為了實現本發明目的，本發明的一種與晉南牛生長性狀相關的SNP標記，其位于晉南牛GLI3基因如SEQ ID NO.1所示序列的92bp處，此處堿基為C的晉南牛的生長性能顯著優于此處堿基為T的晉南牛。

本發明還提供用于檢測上述與晉南牛生長性狀相關的SNP標記的引物對，包括正向引物F5’-GAGTCAGCCCAGCAGAATACTA-3’和反向引物R5'-GGCTACAGAAGACAGCCCTGC-3'。

本發明還提供含有上述引物對的檢測試劑盒。所述試劑盒還包括用于SnaPshot檢測的延伸引物5’-TCATTCCCTCTGCTGCCACCGC-3’。

優選地，所述試劑盒還包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反應緩沖液、測序酶、核酸外切酶、熱敏堿性磷酸酶、四種熒光標記ddNTP、標準陽性模板等中的至少一種。