[發(fā)明專利]基于大白菜全基因組序列開發(fā)的SSR核心引物組及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201510530015.3
• 申請(qǐng)日: 2015-08-26
• 公開（公告）號(hào): CN105112523B
• 公開（公告）日: 2017-11-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李汝玉;張晗;段麗麗;鄭永勝;王雪梅;孫加梅;王東建;李華;仙麗娜;王秀娟;王瑋;王穆穆
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 濟(jì)南誠智商標(biāo)專利事務(wù)所有限公司37105
• 代理人: 韓百翠

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及大白菜SSR標(biāo)記，具體地說是基于大白菜全基因組序列開發(fā)的SSR核心引物組及應(yīng)用，屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域。

背景技術(shù)

大白菜是十字花科二年生草本植物，在我國北方的冬季，大白菜更是餐桌上必不可少的，故有“冬日白菜美如筍”之說。大白菜具有較高的營養(yǎng)價(jià)值，有“百菜不如白菜”的說法。大白菜中含有大量的粗纖維，可促進(jìn)腸壁蠕動(dòng)，幫助消化，大白菜味美清爽，開胃健脾，含有蛋白質(zhì)、脂肪、多種維生素及鈣、磷、鐵等礦物質(zhì)，常食有助于增強(qiáng)機(jī)體免疫功能，對(duì)減肥健美也有幫助。大白菜中的有效成分能降低人體膽固醇水平、增加血管彈性，常食可預(yù)防動(dòng)脈粥樣硬化和某些心血管疾病。因此，可以開發(fā)、加工成一系列食用方便的食品。

大白菜是我國原產(chǎn)蔬菜，有悠久的栽培歷史，在中國的種植面積約占蔬菜播種面積的9％～15％，并且先后傳入日本、韓國、朝鮮等國家。由于大白菜在中國及東亞國家的蔬菜生產(chǎn)和消費(fèi)中占有舉足輕重的地位，因此大白菜新品種培育具有重要的意義。近年來，我國大白菜新品種培育呈現(xiàn)良好的發(fā)展勢頭，培育出大量新品種。準(zhǔn)確、快速進(jìn)行農(nóng)作物品種的鑒定，對(duì)于農(nóng)作物品種審定、品種保護(hù)、真假品種辨別、品種的產(chǎn)權(quán)糾紛等方面均有重要作用。傳統(tǒng)的品種鑒定方法是田間種植鑒定，是將鑒定品種種植在相同的生長條件下，在幼苗、開花期、成熟期等各個(gè)階段對(duì)多個(gè)質(zhì)量性狀、數(shù)量性狀及抗病性等做出觀察記載，并進(jìn)行品種比較，鑒定品種的異同。傳統(tǒng)品種鑒定方法存在鑒定周期長、易受環(huán)境影響、測試性狀多、工作量大等問題，無法適應(yīng)大量品種的鑒定需求。

分子標(biāo)記是以個(gè)體間核苷酸序列變異為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記，是DNA水平遺傳多態(tài)性的直接反映。分子標(biāo)記檢測技術(shù)具有測試周期短、不受環(huán)境影響和季節(jié)限制、沒有組織特異性、供選擇的標(biāo)記數(shù)量多、可以進(jìn)行高通量測試分析等優(yōu)勢，已逐步用于品種鑒定、種子純度及品種真實(shí)性檢測中。利用RAPD、AFLP、RFLP標(biāo)記，可以將不同生態(tài)類型的大白菜品種區(qū)別開。但是，RAPD重復(fù)性較差；AFLP操作較復(fù)雜，穩(wěn)定性較差；RFLP操作過程繁瑣，效率低，成本高。SSR(Simple Sequence Repeats)是以1～6個(gè)核苷酸為單位、呈串聯(lián)重復(fù)的DNA序列，廣泛分布于真核生物基因組中。與其他分子標(biāo)記相比，SSR標(biāo)記具有共顯性、多態(tài)性高、重復(fù)性好、操作簡單等優(yōu)點(diǎn)，已經(jīng)作為重要的DNA標(biāo)記廣泛應(yīng)用于植物遺傳多樣性研究、品種鑒定、遺傳圖譜的構(gòu)建、QTL定位、標(biāo)記輔助選擇及比較基因組研究等領(lǐng)域。與水稻、小麥等作物相比，現(xiàn)有的大白菜SSR標(biāo)記數(shù)量少，不能滿足大白菜研究的需要，大量開發(fā)覆蓋全基因組的SSR標(biāo)記仍是目前大白菜研究的重要工作之一。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一套基于大白菜全基因組序列開發(fā)的SSR核心引物組，這些引物具有擴(kuò)增穩(wěn)定、電泳條帶清晰、多態(tài)性豐富的優(yōu)點(diǎn)，可有效用于大白菜遺傳多樣性分析、品種鑒定、DNA指紋圖譜構(gòu)建等研究。

本發(fā)明的技術(shù)方案是：基于大白菜全基因組序列開發(fā)的SSR核心引物組，其特征是，它包括17對(duì)引物，分別為：CRIB1-3、CRIB2-4、CRIB2-23、CRIB3-22、CRIB3-28、CRIB4-10、CRIB4-15、CRIB5-8、CRIB5-11、CRIB5-26、CRIB6-3、CRIB6-23、CRIB7-19、CRIB8-5、CRIB8-12、CRIB9-3和CRIB9-8，其核苷酸序列依次如序列表SEQ ID No.1～34所示。

上述的SSR核心引物組在大白菜遺傳多樣性分析、品種鑒定、DNA指紋圖譜構(gòu)建方面的應(yīng)用。

本發(fā)明的有益效果：本發(fā)明篩選出的17對(duì)SSR核心引物(即SSR標(biāo)記)在大白菜基因組中分布均勻、帶型清晰容易判讀，同時(shí)適合普通變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測平臺(tái)和毛細(xì)管熒光檢測平臺(tái)檢測；多態(tài)性高；擴(kuò)增重復(fù)性好，可用于大白菜遺傳多樣性分析、品種鑒定、DNA指紋圖譜構(gòu)建等領(lǐng)域，有利于保護(hù)育種者、生產(chǎn)者和消費(fèi)者的合法權(quán)益，促進(jìn)大白菜遺傳育種水平的提高和大白菜產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。

附圖說明

圖1為SSRHunter1.3軟件搜索結(jié)果示意圖；

圖2為引物在大白菜中檢測的多態(tài)性；其中A、B、C圖分別為引物CRIB6-23、CRIB5-26和CRIB9-8在大白菜中檢測的多態(tài)性，從圖中可以看出：引物的多態(tài)性最豐富且?guī)颓逦?/p>