[發明專利]華山新麥草Ns基因組特異分子標記引物及其使用方法

有效

• 申請號: 201510470522.2
• 申請日: 2015-08-04
• 公開（公告）號: CN104975108B
• 公開（公告）日: 2018-08-14
• 發明（設計）人: 張潔;蔣云;宣樸;郭元林
• 申請（專利權）人: 四川省農業科學院生物技術核技術研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京方圓嘉禾知識產權代理有限公司 11385
• 代理人: 董芙蓉

本發明公開了一種華山新麥草Ns基因組特異分子標記引物及其使用方法，涉及生物基因工程領域，SCAR標記引物為Ph?D15?2，將SCAR標記引物進行PCR擴增。本發明的有益效果如下：獲得更多的Ns基因組特異重復序列，將其轉化為Ns基因組特異的SCAR標記，以補充現有Ns基因組特異標記的不完整性，以更有效準確地鑒定Ns基因組遺傳物質。

技術領域

本發明涉及生物基因工程領域，特別涉及一種華山新麥草Ns基因組特異分子標記引物及其使用方法。

背景技術

華山新麥草(2n＝14，Ns)是小麥重要的近緣種屬，攜帶多種抗性基因。有較多報道表明，已將華山新麥草遺傳物質轉移到小麥遺傳背景中，為普通小麥提供必要的抗性資源。在華山新麥草遺傳物質向小麥轉移的過程中，華山新麥草遺傳物質的準確鑒定與追蹤是重要的而迫切的工作。目前，Du et al(2013)和Wang et al(2014)已利用RAPD技術克隆到Ns基因組的特異重復序列，并成功將其轉化為更為穩定的SCAR標記，分別命名為RHS12及RHS141。經驗證，這兩條SCAR標記均可在華山新麥草親本及小麥-華山新麥草1Ns-7Ns附加系中擴增出華山新麥草Ns基因組的特異片段，為華山新麥草優異性狀向小麥遺傳背景中的轉移提供技術支持。

現有技術一的技術方案：

建立基因組特異分子標記是鑒定、追蹤小麥近緣物種遺傳物質的最為有效的方法。因此，建立華山新麥草Ns基因組特異分子標記的主要技術為：利用RAPD引物在華山新麥草、小麥及部分近緣物種中擴增獲得華山新麥草Ns基因組特異條帶，對該條帶進行克隆測序，并在NCBI數據庫中對該序列進行搜索、比對。根據比對結果，明確該序列與小麥及部分近緣物種相關序列的低同源區域，根據低同源區的堿基序列設計SCAR引物。通過將此SCAR引物在小麥、華山新麥草及部分小麥近緣物種或小麥-華山新麥草異源材料中的擴增，以驗證該SCAR引物對華山新麥草遺傳物質的特異性。

現有技術一的缺點：

由RADP隨機引物擴增獲得的條帶多為重復序列，其中最為常見的為反轉錄轉座子。反轉錄轉座子根據其序列可分為多個家族。不同家族的反轉錄轉座子，甚至是同一家族的反轉錄轉座子在染色體上的拷貝數有高有低，且分布區域有一定的特異性，比如：僅分布于1Ns-7Ns染色體中的一條或幾條染色體上，或僅分布于染色體臂近著絲粒區等。因此由一條RAPD擴增序列轉化得到的穩定SCAR標記僅能鑒定、追蹤到特異的華山新麥草Ns染色體(片段)，不能做到對每一條Ns染色體、一條Ns染色體的全部區域(近著絲粒區、染色體臂中部、染色體臂端部)進行鑒定和追蹤。因此，需開發更多的SCAR標記以滿足實踐需要。

縮略語和關鍵術語定義

RAPD:隨機擴增多態性DNA標記，利用10個堿基的隨機引物，對供試材料進行擴增，獲得多態性片段。

SCAR：特定序列擴增。通常是由RAPD、SRAP、SSR標記轉化而來。SCAR標記是將特異標記片斷從凝膠上回收并進行克隆和測序，根據其堿基序列設計一對特異引物(18-24堿基)，比RAPD標記更穩定。

發明內容

本發明是針對現有技術不能做到對每一條Ns染色體、一條Ns染色體的全部區域進行鑒定和追蹤而提出的一種華山新麥草Ns基因組特異分子標記引物及其使用方法，本發明所提供的分子標記可作為現有技術的有益補充。

為補充完善以上問題，本發明采用的技術方案如下：一種華山新麥草Ns基因組特異分子的標記引物，SCAR標記引物為Ph-D15-2，其中所述的SCAR引物序列為：

F:5′-GGTAAAGGTGGTGGTTCGTAGT-3′

R:5′-TTTCTGGTGACATGGGTAGCA-3′。