[發(fā)明專利]蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201510448466.2
• 申請日: 2015-07-27
• 公開（公告）號: CN105117620B
• 公開（公告）日: 2018-03-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 謝振華
• 申請（專利權(quán)）人: 清華大學(xué)深圳研究生院
• 主分類號: G06F19/28
• 分類號: G06F19/28
• 代理公司: 北京清亦華知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙)11201
• 代理人: 李志東

1.一種構(gòu)建蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫的方法，其特征在于，包括以下步驟：

接收多個蛋白序列；

消除每個所述蛋白序列的起始氨基酸，獲得相應(yīng)的截斷序列；

建立數(shù)據(jù)表，以獲得所述蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，

所述數(shù)據(jù)表包含多個記錄，一個所述記錄與一個所述截斷序列對應(yīng)，

所述數(shù)據(jù)表包含多個字段，所述字段包括以下序列參數(shù)中的至少兩種：氨基酸豐度、序列長度、序列分子量、序列疏水性和序列等電點(diǎn)，

所述氨基酸豐度包括以下至少之一：Ala豐度、Cys豐度、Asp豐度、Glu豐度、Phe豐度、Gly豐度、His豐度、Ile豐度、Lys豐度、Leu豐度、Met豐度、Asn豐度、Pro豐度、Gln豐度、Arg豐度、Ser豐度、Thr豐度、Val豐度、Trp豐度和Tyr豐度。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述序列參數(shù)中的至少三種。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述序列參數(shù)中的至少四種。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述字段包括全部所述序列參數(shù)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述字段還包括蛋白名稱、氨基酸序列和/或蛋白登錄號。

6.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述序列長度，所述序列長度分為五個分量：[0,200)，[200,500)，[500,1000)，[1000,2000)和大于等于2000氨基酸(aa)。

7.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述序列分子量，所述序列分子量分為五個分量：[0,23000)，[23000,57500)，[57500,115000)，[115000,230000)和大于等于230000道爾頓(Da)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述序列等電點(diǎn)，所述序列等電點(diǎn)分為五個分量：[0,4.0)，[4.0,6.0)，[6.0,8.0)，[8.0,10.0)和大于等于10.0。

9.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述序列疏水性，所述序列疏水性分為五個分量：小于-1.0，[-1.0,-0.5)，[-0.5,0.0)，[0.0,0.5)和大于等于0.5。

10.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，所述字段包括所述氨基酸豐度，所述氨基酸豐度分為五個分量：[0.0,0.05)，[0.05,0.1)，[0.1,0.15)，[0.15,0.20)和[0.20,1]。

11.一種蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，其根據(jù)權(quán)利要求1-10任一所述的方法構(gòu)建獲得。

12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，其特征在于，其中的數(shù)據(jù)表的字段包括氨基酸豐度，所述數(shù)據(jù)表的記錄按照所述氨基酸豐度的大小排布。

13.根據(jù)權(quán)利要求11所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，其特征在于，其中的數(shù)據(jù)表的字段包括序列等電點(diǎn)，所述數(shù)據(jù)庫的記錄按照所述序列等電點(diǎn)的大小排布。

14.根據(jù)權(quán)利要求11所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，其特征在于，其中的數(shù)據(jù)表的字段包括序列疏水性，所述數(shù)據(jù)庫的記錄按照所述序列疏水性的大小排布。

15.根據(jù)權(quán)利要求11所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，其特征在于，其中的數(shù)據(jù)表的字段包括序列分子量，所述數(shù)據(jù)庫的記錄按照所述序列分子量的大小排布。

16.根據(jù)權(quán)利要求11所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，其特征在于，其中的數(shù)據(jù)表的字段包括蛋白質(zhì)名稱，所述數(shù)據(jù)庫的記錄按照所述蛋白質(zhì)名稱的字母順序排布。

17.權(quán)利要求11-16任一所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫在蛋白質(zhì)分類和/或檢索定位中的用途。

18.一種定位蛋白的方法，其特征在于，根據(jù)所述蛋白的序列參數(shù)在權(quán)利要求11-16任一所述的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫中的位置，以實(shí)現(xiàn)所述定位，

所述序列參數(shù)與所述蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)表的字段相對應(yīng)。