[發明專利]一種與二花臉母豬產仔性狀相關的SNP標記及其引物和應用

有效

• 申請號: 201510113900.1
• 申請日: 2015-03-16
• 公開（公告）號: CN104694652B
• 公開（公告）日: 2018-05-04
• 發明（設計）人: 黃瑞華;馬翔;李平華;唐磊;郝帥帥
• 申請（專利權）人: 南京農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責任公司32218
• 代理人: 傅婷婷,徐冬濤

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，涉及一種與二花臉母豬產仔性狀相關的SNP標記及其引物和應用。

背景技術

豬產仔數是重要的經濟性狀，產仔數的提高將會大大地增加商品豬肉的供應量，給現代養豬生產帶來巨大的經濟效益。隨著我國經濟持續快速的發展，人們生活水平逐漸提高，對豬肉的需求量也越來越大。2014年12月底我國能繁母豬存欄數約4300萬頭，如果母豬平均每胎多產仔1頭，按每年每頭母豬產2胎計算，則每年可為整個行業多提供約9000萬頭豬。因此，人們也越來越關注如何提高豬的產仔數性能。然而，產仔數為復雜多基因控制的經濟性狀，遺傳力低，通過傳統的選育方法提高豬產仔數收效甚微，所以開發和利用新的分子選育標記來提高豬的繁殖性能倍受重視。

二花臉是位于我國太湖流域的國家級畜禽遺傳資源保護品種，是我國勞動人民千百年來選育的產仔性能極其優秀的地方豬種資源。根據發明人所在單位對二花臉豬群最大基地“焦溪二花臉豬專業合作社”內177頭二花臉約1000窩產仔數據分析來看，二花臉群體內產仔性能已出現顯著分離，尤其是初產總產仔數和產活仔數變異系數分別達到22.14％和26.97％；經產也分別為19.87％和22.14％。然而目前導致二花臉豬品種內產仔數變異的遺傳機理尚不清楚。

多年以來雖然國內已有大量的研究機構利用二花臉來鑒別二花臉豬種高繁殖力的遺傳機理，但限于研究方法、手段、材料及繁殖性狀本身復雜性等眾多因素的制約，二花臉豬種高繁殖力遺傳機制并沒有得到充分的揭示和有效的利用。因此，為保護好我國人民千百年來選育的二花臉品種的高產仔性能，我們急需鑒別出影響二花臉豬品種內產仔數變異的基因和標記，通過分子標記選擇技術加快恢復和提升二花臉豬種的產仔性能，培育性能相對穩定的高產群體、鞏固太湖流域這些地方豬種的高產優勢。

從國際豬QTL數據庫網站(http://www.animalgenome.org/cgi‐bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在豬除10、11號染色體及性染色體上沒有定位到影響總產仔數的QTL，其它常染色體上都已定位到影響總產仔數的QTL，但大部分是利用微衛星標記定位的QTL，置信區間多在10‐20cM，無法確定真正的主效基因及其關鍵變異位點，因此難以直接應用于種豬選育改良。

發明內容

本發明的目的在于針對現有技術不足，產仔數的低遺傳力，提供與母豬窩總產仔數相關的SNP標記。

本發明的另一個目的在于提供用于檢測上述SNP標記的引物和檢測方法。

本發明的另一個目的在于提供上述SNP標記的用途。

一種與二花臉母豬產仔性狀相關的SNP標記，所述SNP標記的位點為國際豬基因組10.2版本參考序列豬9號染色體上g.150784347核苷酸位點，對應SEQ ID NO：1第897位，且存在T/C多態性，所述SNP標記與二花臉母豬窩產總仔數極顯著相關。該SNP位點具有CC基因型的二花臉個體母豬窩總產仔數顯著高于具有TT基因型的二花臉個體母豬窩總產仔數。

一種基于本發明所述的SNP開發分子標記的方法，以含有本發明所述的SNP標記的核苷酸序列為基礎序列，設計引物對，以二花臉母豬基因組DNA為模板進行PCR擴增，使本發明所述的SNP標記轉化為分子標記。

其中，所述的引物對序列優選上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3；所述的分子標記序列優選如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位點位于第897位，存在T/C多態性。

按照本發明所述的方法得到的分子標記。

其中，所述的分子標記優選如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位點位于第897位，存在T/C多態性。

一種用于檢測本發明所述的SNP標記的引物對，上游引物為：SEQ ID NO：2，下游引物為：SEQ ID NO：3。

一種檢測本發明所述的SNP標記的方法，包含PCR擴增二花臉母豬基因組中含有本發明所述的SNP標記的一段序列，對擴增產物進行測序，判讀該位點的T/C多態性。

所述的檢測本發明所述的SNP標記的方法優選包括以下步驟：

(1)取一頭二花臉母豬的耳組織樣品并提取總DNA；

(2)用已提取的二花臉母豬基因組DNA為模板，使用本發明所述的引物進行PCR擴增；

(3)擴增產物進行測序，分析測序結果，判讀在SEQ ID NO：1第897位的T/C多態性。