[發(fā)明專利]一種同時分析人基因組DNA 27個基因座的熒光標記復合擴增的引物組、試劑盒及應用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201510091635.1
• 申請日: 2015-03-02
• 公開（公告）號: CN104745691A
• 公開（公告）日: 2015-07-01
• 發(fā)明（設計）人: 鄭衛(wèi)國;王艷芳;齊麗媛;張雷;盧文翔;郭育林;葛海鵬
• 申請（專利權）人: 無錫中德美聯(lián)生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 南京經(jīng)緯專利商標代理有限公司 32200
• 代理人: 鄧唯

技術領域

本發(fā)明涉及一種同時分析人基因組DNA?27個基因座的熒光標記復合擴增的引物組、試劑盒及應用，屬于分子生物學技術領域，該系統(tǒng)可以應用于個體識別和親子鑒定。

背景技術

短串聯(lián)重復序列基因座(Short?Tandem?Repeat，STR)是目前普遍應用的遺傳標記。STR標記與其他遺傳標記物相比，STR基因座片段小、容易擴增，更適用于微量和降解檢材，各基因座的擴增條件相近而能夠復合擴增，因而具有快速、高效、準確、靈敏、信息量大等優(yōu)點。尤其是在建立DNA數(shù)據(jù)庫方面，與以往RFLP等技術相比，STR復合擴增技術具有極大的優(yōu)越性。因此美國FBI進行了大量研究，選擇了13個STR基因座用于建立DNA數(shù)據(jù)庫——CODIS(Combined?DNA?Index?System)：CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、vWA，這些STR基因座通常被稱為13個核心基因座。

正因為STR所具備的應用前景，法醫(yī)界以及一些公司均對其進行了大規(guī)模的開發(fā)性研究。90年代中后期以美國ABI(Applied?Biosystems,USA)為代表的技術型公司建立起復合擴增和熒光檢測體系，并誕生了最具代表性的是ABI公司的IdentifilerTM和Promega(USA)公司的PowerPlex-16熒光檢測試劑盒。這兩個試劑盒均包括上述13個核心基因座，分別為5色和4色試劑盒。

長期的DNA檢驗實踐表明，STR基因座的遺傳多態(tài)性在種族間存在一定的差異，各個基因座間差別也很大。在美國FBI推薦的13個核心基因座中，有部分基因座遺傳多態(tài)性不高，或是不同人群間差異較大，并不完全適用于中國人群，給DNA檢驗技術的應用帶來一定的影響，因此，增加適合的檢測基因座數(shù)目，從而增加分辨率，提高檢測效率，是STR熒光試劑盒發(fā)展的一大要求，如2012年法醫(yī)學雜志FSI：Genetics就刊文提議將13CODIS升級成24個STR基因座位點，除先前13CODIS外，加入D2S1338、D19S433、D1S1656、D12S391、D2S441、D10S1248、Penta?E、DYS391、SE33、D22S1045、Penta?D等11個基因座，外加Amelogenin，共計25個位點。

目前市場上主流的商品化試劑盒通常采用的是五色熒光檢測技術。但隨著檢測基因座數(shù)?需求的增多，五色熒光技術檢測基因座數(shù)的限制性凸顯，因此六色熒光檢測技術的建立和應用，是STR熒光檢測試劑盒的必然趨勢。

據(jù)此，我們在目前已廣泛使用的五色熒光檢測基礎上，測試不同的第六色熒光，確定其在基因分析儀上的可實現(xiàn)性，最終成功建立了國內(nèi)第一個STR六色熒光檢測系統(tǒng)；同時對中國人群的STR基因座的遺傳多態(tài)性進行了深入的研究，并以此為依據(jù)開發(fā)新的包含所有升級CODIS位點的復合擴增體系，特別是針對Amel的Y染色體丟失樣本，加入Y染色體長臂上的2個基因座——Y?indel和DYS391用以鑒別，以求在六色熒光檢測系統(tǒng)中，提供對包括Amelogenin在內(nèi)的27個基因座的分型結(jié)果，是目前國內(nèi)累計個體識別能力和累積非父排除率最高的試劑盒。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是：提供一種同時分析人基因組DNA?27個基因座的熒光標記復合擴增的引物組、試劑盒及應用，同時通過六色熒光檢測體系檢測，來進行個體識別和親子鑒定的STR復合檢驗系統(tǒng)。涉及檢測人基因組中具有多態(tài)性的STR遺傳標記。本發(fā)明特別涉及用聚合酶鏈式反應在一個體系中同時擴增多個短串聯(lián)重復基因座。

技術方案：?

一種同時分析人基因組DNA?27個基因座的熒光標記復合擴增的引物組，包括有用于擴增如下27個基因座的引物對：D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D1S1656、Penta?E、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、Penta?D、D10S1248、D19S433、vWA、D21S11、D18S51、D6S1043、D8S1179、D5S818、D12S391、FGA、D22S1045、Y?indel、D2S441、DYS391、SE33及Amelogenin。

上述引物對的序列以及在擴增體系中的濃度如表1所示：

表1各基因座引物序列及濃度

所述的每個引物對中至少有一個引物的5’端進行熒光染料標記。

所述的引物對是經(jīng)過分組標記的。