[發明專利]一種對不同種質的羊草進行基因分型的SNP引物及其應用

有效

• 申請號: 201510047010.5
• 申請日: 2015-01-29
• 公開（公告）號: CN104611435A
• 公開（公告）日: 2015-05-13
• 發明（設計）人: 陳雙燕;劉公社;齊冬梅;侯莉娟
• 申請（專利權）人: 中國科學院植物研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;白艷

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體涉及一種對不同種質的羊草進行基因分型的SNP引物及其應用。

背景技術

羊草(Leymus?chinensis(Trin.)Tzvel.)是多年生禾本科賴草屬植物，它是歐亞大陸草原區東部草甸草原及干旱草原上的重要建群種之一。作為我國北方草原重要的鄉土草，羊草不僅營養豐富、產量高、各類家畜均喜食，而且具有廣泛的逆境適應能力，尤其對于一些極端氣候和土壤條件。羊草還具有發達的橫走根莖，穿透侵占能力很強，且能形成強大的根網，盤結固持土壤作用很大，是很好的水土保持植物。羊草的這些優異特性，使得它在我國北方草原生態建設、植被恢復、畜牧業的發展等方面起著獨特的作用。

分子標記是反映生物個體間基因組中某種差異特征的DNA片段，來源于DNA水平的突變。分子標記技術在植物育種、遺傳多樣性分析、基因定位及繪制指紋圖譜中發揮著越來越重要的作用。單核苷酸多態性(Single?Nucleotide?Polymorphism,SNP)，是基因組上單個核苷酸變異形成的DNA序列多態性。與其它類型的分子標記相比，具有明顯的優勢，表現在數量多，分布廣泛，多態性豐富，密度高；一般只有兩種堿基組成，是二等位基因(Biallelic)，只需+/-的分析，適于快速、規模化篩查基因組；某些位于基因內部的SNP有可能直接影響蛋白質結構或表達水平；SNP等位基因頻率容易估計；易于基因分型；遺傳穩定性比SSR高。因此，SNP被認為是應用前景最好的遺傳標記之一。

隨著測序技術的發展，轉錄組測序已經成為鑒定SNP多態性分子標記的重要數據源。基于轉錄組挖掘SNP分子標記的顯著優點是這些潛在的SNP變異位于功能基因上可能直接與植物表型相關。目前基于轉錄組測序開發SNP標記已在玉米、大豆、水稻等作物中廣泛開展，開發的SNP被廣泛運用于遺傳圖譜構建和遺傳多樣性分析中。

發明內容

本發明的一個目的是提供一種對不同種質的羊草基因組DNA的SNP位點進行基因分型的成套引物。

本發明提供的對不同種質的羊草基因組DNA的SNP位點進行基因分型的成套引物為如下(1)-(17)中至少一種引物對：

(1)為由SEQ?ID?No.1所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.2所示的單鏈DNA組成的引物對1；

(2)為由SEQ?ID?No.3所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.4所示的單鏈DNA組成的引物對2；

(3)為由SEQ?ID?No.5所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.6所示的單鏈DNA組成的引物對3；

(4)為由SEQ?ID?No.7所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.8所示的單鏈DNA組成的引物對4；

(5)為由SEQ?ID?No.9所示所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.10所示的單鏈DNA組成的引物對5；

(6)為由SEQ?ID?No.11所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.12所示的單鏈DNA組成的引物對6；

(7)為由SEQ?ID?No.13所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.14所示的單鏈DNA組成的引物對7；

(8)為由SEQ?ID?No.15所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.16所示的單鏈DNA組成的引物對8；

(9)為由SEQ?ID?No.17所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.18所示的單鏈DNA組成的引物對9；

(10)為由SEQ?ID?No.19所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.20所示的單鏈DNA組成的引物對10；

(11)為由SEQ?ID?No.21所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.22所示的單鏈DNA組成的引物對11；

(12)為由SEQ?ID?No.23所示所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.24所示的單鏈DNA組成的引物對12；

(13)為由SEQ?ID?No.25所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.26所示的單鏈DNA組成的引物對13；

(14)為由SEQ?ID?No.27所示的單鏈DNA和SEQ?ID?No.28所示的單鏈DNA組成的引物對14；