[發明專利]DNA測序和表觀基因組分析

有效

• 申請號: 201480054635.8
• 申請日: 2014-08-01
• 公開（公告）號: CN105793434B
• 公開（公告）日: 2021-08-10
• 發明（設計）人: J·S·愛德華茲
• 申請（專利權）人: STC.UNM公司;J·S·愛德華茲
• 主分類號: C12Q1/6874
• 分類號: C12Q1/6874
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 羅文鋒;彭昶

1.一種測序方法，其包括

將DNA分子的多個拷貝固定在表面上；

拉伸固定的DNA分子的至少部分；和

對固定的、拉伸的DNA分子的至少部分測序或作圖，

其中測序固定的、拉伸的DNA分子包括：

變性固定的、拉伸的DNA分子的至少部分；和

使多個探針與所述拉伸的DNA分子的變性位點的至少部分雜交，其中每個探針包含：

至少5個與所述拉伸的DNA分子變性位點的一條鏈的至少5個核苷酸互補的核苷酸；和

鑒定固定的DNA上的探針的獨特的標簽或條碼；

確定固定的DNA分子上的標簽或條碼標記的探針位置。

2.權利要求1的方法，其中所述標簽或條碼使用具有DNA折紙（DNA origami）的SBL讀出。

3.權利要求1的方法，其中所述標簽或條碼使用SBS讀出。

4.權利要求1的方法，其中所述標簽或條碼使用雜交讀出。

5.權利要求1-4中任一項的方法，其進一步包括從所述探針合成DNA，其中所述合成DNA與該探針所雜交的拉伸的DNA的鏈互補，從而創建多個延長的探針。

6.權利要求5的方法，其中所述標簽進一步鑒定與攜帶所述標簽的探針雜交的拉伸的DNA分子的變性位點部分所對應的位置。

7.權利要求6的方法，其中一個探針的位置是相對于第二個探針的位置。

8.權利要求5的方法，其中從多個探針合成的DNA產生重疊的多核苷酸序列。

9.權利要求5的方法，其進一步包括從所述拉伸的DNA移除所述延長的探針。

10.權利要求5的方法，其進一步包括測定所述多個延長探針的合成DNA的多核苷酸序列和所述標簽或所述條碼。

11.權利要求5的方法，其進一步包括使用所述標簽和重疊的多核苷酸序列組裝與所述拉伸的DNA分子變性位點的鏈互補的多核苷酸序列。

12.權利要求5的方法，其進一步包括使用所述標簽和非重疊的多核苷酸序列組裝與所述拉伸的DNA分子變性位點的鏈互補的多核苷酸序列。

13.權利要求1的方法，其進一步包括探針檢測固定的DNA的表觀遺傳修飾。

14.權利要求13的方法，其中探針檢測固定的DNA的表觀遺傳修飾包括使用特異性結合該表觀遺傳修飾的抗體。

15.權利要求13的方法，其中探針檢測固定的DNA的表觀遺傳修飾包括使用特異性識別該表觀遺傳修飾的化學探針。

16.權利要求13的方法，其中探針檢測固定的DNA的表觀遺傳修飾包括使用特異性識別該表觀遺傳修飾的肽探針。

17.權利要求13的方法，其中探針檢測固定的DNA的表觀遺傳修飾包括使用特異性識別該表觀遺傳修飾的經工程改造的探針。