[發明專利]微生物標志物及其用途

在審

• 申請號: 201480043180.X
• 申請日: 2014-05-29
• 公開（公告）號: CN105492628A
• 公開（公告）日: 2016-04-13
• 發明（設計）人: 理查德·布魯斯·布蘭登;弗拉維婭·惠更斯
• 申請（專利權）人: 因姆內克斯普雷斯私人有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 李平;鄭霞

1.一種確定樣品中細菌的革蘭氏狀態的方法，包括分析來自所述樣品的核酸在16S rRNA基因中的單核苷酸多態性(SNP)，其中所述SNP在對應于SEQIDNO:1中列出的16S rRNA基因的位置396和398的位置，其中：

當在位置396存在C和在位置398存在T、A或C時確定所述細菌為革蘭氏陰性細菌；和

當在位置396存在A、T或G和在位置398存在C時確定所述細菌為革蘭氏陽性細菌。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述細菌選自不動桿菌屬(Acinetobacterspp.)；放 線桿菌屬(Actinobaccillusspp.)；馬杜拉放線菌屬(Actinomaduraspp.)；放線菌屬 (Actinomycesspp.)；游動放線菌屬(Actinoplanesspp.)；氣單胞菌屬(Aeromonas spp.)；農桿菌屬(Agrobacteriumspp.)；Alistipesspp.；Anaerococcusspp.；節桿菌屬 (Arthrobacterspp.)；芽孢桿菌屬(Bacillusspp.)；布魯氏菌屬(Brucellaspp.)； Bulleidiaspp.；伯克氏菌屬(Burkholderiaspp.)；心桿菌屬(Cardiobacteriumspp.)； 檸檬酸桿菌屬(Citrobacterspp.)；梭菌屬(Clostridiumspp.)；棒狀桿菌屬 (Corynebacteriumspp.)；嗜皮菌屬(Dermatophilusspp.)；Doreaspp.；愛德華菌屬 (Edwardsiellaspp.)；腸桿菌屬(Enterobacterspp.)；腸球菌屬(Enterococcusspp.)； 丹毒絲菌屬(Erysipelothrixspp.)；埃希氏桿菌屬(Escherichiaspp.)；真桿菌屬 (Eubacteriumspp.)；柔嫩梭菌屬(Faecalibacteriumspp.)；產線菌屬(Filifactor spp.)；大芬戈爾德菌屬(Finegoldiaspp.)；黃桿菌屬(Flavobacteriumspp.)；Gallicola spp.；嗜血桿菌屬(Haemophilusspp.)；創傷球菌屬(Helcococcusspp.)；霍爾德曼氏菌屬 (Holdemaniaspp.)；生絲微菌屬(Hyphomicrobiumspp.)；克雷伯菌屬(Klebsiella spp.)；乳桿菌屬(Lactobacillusspp.)；軍團菌屬(Legionellaspp.)；李斯特菌屬 (Listeriaspp.)；甲基桿菌屬(Methylobacteriumspp.)；微球菌屬(Micrococcusspp.)； 小單孢菌屬(Micromonosporaspp.)；動彎桿菌屬(Mobiluncusspp.)；莫拉克斯氏菌屬 (Moraxellaspp.)；摩根氏菌屬(Morganellaspp.)；分支桿菌屬(Mycobacteriumspp.)； 奈瑟氏菌屬(Neisseriaspp.)；諾卡氏菌屬(Nocardiaspp.)；類芽孢桿菌屬 (Paenibacillusspp.)；副擬桿菌屬(Parabacteroidesspp.)；巴斯德氏菌屬 (Pasteurellaspp.)；Peptoniphilusspp.；消化鏈球菌屬(Peptostreptococcusspp.)； 動性球菌屬(Planococcusspp.)；動性桿菌屬(Planomicrobiumspp.)；鄰單胞菌屬 (Plesiomonasspp.)；卟啉單胞菌屬(Porphyromonasspp.)；普雷沃氏菌屬(Prevotella spp.)；丙酸菌屬(Propionibacteriumspp.)；變形桿菌屬(Proteusspp.)；Providentia spp.；假單胞菌屬(Pseudomonasspp.)；羅爾斯通菌屬(Ralstoniaspp.)；紅球菌屬 (Rhodococcusspp.)；羅斯氏菌屬(Roseburiaspp.)；瘤胃球菌屬(Ruminococcusspp.)； 沙門氏菌屬(Salmonellaspp.)；Sedimentibacterspp.；沙雷氏菌屬(Serratiaspp.)；志 賀氏菌屬(Shigellaspp.)；Solobacteriumspp.；鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonasspp.)； Sporanaerobacterspp.；葡萄球菌屬(Staphlococcusspp.)；寡養單胞菌屬 (Stenotrophomonasspp.)；鏈球菌屬(Steptococcusspp.)；鏈霉菌屬(Streptomyces spp.)；天梭菌屬(Tissierellaspp.)；弧菌屬(Vibriospp.)；和耶爾森氏菌屬(Yersinia spp.)。