[發明專利]使用相乘形式的模型鑒定生物分子的方法、系統和軟件

有效

• 申請號: 201480019389.2
• 申請日: 2014-01-29
• 公開（公告）號: CN105074463B
• 公開（公告）日: 2018-09-25
• 發明（設計）人: 格雷戈里·艾倫·科普;尼古拉斯·約翰·阿加德
• 申請（專利權）人: 科德克希思公司
• 主分類號: G01N33/50
• 分類號: G01N33/50
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 王瑋瑋;鄭霞

1.一種進行定向進化的方法，所述方法包括，

(a)獲得多個蛋白變體中每一個的序列和活性數據；

(b)從針對所述多個蛋白變體中的每一個的所述序列和活性數據生成相乘性序列-活性模型，其中所述相乘性序列-活性模型包括：

多個非交互作用相乘項的乘積，其中所述非交互作用相乘項中的至少一些項的每一個包括系數和自變量的乘積，其中(i)所述系數代表蛋白序列或編碼所述蛋白序列的核酸序列中特定位置處的特定氨基酸或核苷酸對活性的貢獻；和(ii)所述自變量代表蛋白序列或編碼所述蛋白序列的核酸序列中特定位置處的特定氨基酸或核苷酸的存在或不存在，和

代表所述蛋白變體的活性的因變量；

(c)通過評價所述相乘性序列-活性模型的所述項的系數鑒定對所述活性有貢獻的所述特定位置處的一個或更多個所述特定氨基酸或核苷酸來選擇用于一輪定向進化的一個或更多個突變；

(d)制備多個寡核苷酸，所述多個寡核苷酸包含或編碼(c)中選擇的所述一個或更多個突變；以及

(e)使用(d)中制備的所述多個寡核苷酸進行一輪定向進化。

2.根據權利要求1所述的方法，其中選擇用于一輪定向進化的一個或更多個突變包括鑒定一個或更多個系數，所述一個或更多個系數被確定為大于其他系數，以及選擇由如此鑒定的所述一個或更多個系數代表的特定位置處的特定氨基酸或核苷酸。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中制備包含或編碼(c)中選擇的突變的多個寡核苷酸包括使用核酸合成儀合成所述寡核苷酸。

4.根據權利要求1或2所述的方法，其中進行一輪定向進化包括片段化并重組被所述模型預測為具有期望的活性水平的蛋白序列。

5.根據權利要求1或2所述的方法，其中進行一輪定向進化包括對被所述模型預測為具有期望的活性水平的蛋白序列進行飽和誘變。

6.一種進行定向進化的方法，所述方法包括：

(a)獲得多個蛋白變體中每一個的序列和活性數據；

(b)從針對所述多個蛋白變體中的每一個的所述序列和活性數據生成相乘性序列-活性模型，其中所述相乘性序列-活性模型包括：

多個非交互作用相乘項的乘積，其中所述非交互作用相乘項中的至少一些項的每一個包括系數和自變量的乘積，其中(i)所述系數代表蛋白序列或編碼所述蛋白序列的核酸序列中特定位置處的特定氨基酸或核苷酸對活性的貢獻；和(ii)所述自變量代表蛋白序列或編碼所述蛋白序列的核酸序列中特定位置處的特定氨基酸或核苷酸的存在或不存在；和

代表所述蛋白變體的活性的因變量；

(c)通過評價所述相乘性序列-活性模型的所述項的系數鑒定對所述活性有貢獻的所述特定位置處的一個或更多個所述特定氨基酸或核苷酸來選擇一個或更多個突變；

(d)鑒定包含(c)中選擇的所述一個或更多個突變的新蛋白或新核酸序列；以及

(e)制備并測定所述新蛋白或由所述新核酸序列編碼的蛋白。

7.根據權利要求6所述的方法，所述方法還包括將(d)中鑒定的所述新蛋白或新核酸序列用作另外的定向進化的起始點。

8.根據權利要求6所述的方法，所述方法還包括在與(c)中選擇的突變相對應的一個或更多個位置處進行飽和誘變。