[發明專利]預測性生物標記的測定法

在審

• 申請號: 201480015681.7
• 申請日: 2014-03-13
• 公開（公告）號: CN105308186A
• 公開（公告）日: 2016-02-03
• 發明（設計）人: D.里西;J.卡科拉
• 申請（專利權）人: 詹森藥業有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 趙勝寶;黃希貴

相關專利申請的交叉引用

本申請要求提交于2013年3月15日的美國專利申請61/793，133的優先權，其全部內容以引用方式并入本文用于所有目的。

技術領域

本發明涉及用于確定和檢測生物標記的測定法以及治療癌癥患者的方法。

背景技術

盡管在開發成功的癌癥治療進展中有所進步，但是僅僅小群體的患者響應任何特定的治療。由于眾多已有癌癥治療的狹窄治療指數和毒性的潛在作用，這類不同的響應有可能導致患者經歷不必要的、無效的和甚至可能有害的治療方案。

優化治療以治療個體患者的一個方式是確定患者是否具有一種或多種預測物，其與響應于治療的具體結果相關聯。在患者中預測藥物敏感度的能力尤其具有挑戰性，這是因為藥物反應同時反映了靶細胞內在的特性以及宿主代謝的特性。

對于鑒定另外的預測性標記以鑒定特定的癌癥患者存在需求，預計患者當實施特定的癌癥治療時具有有利的結果。也需要鑒定用于立即確定樣品中超過一種生物標記的存在的測定法。

發明內容

本發明提供一種用于確定生物樣品中超過一種生物標記的存在、缺乏或量的方法。

本發明也提供一種治療具有提高的幾率獲得響應癌癥治療的有利結果的患者的方法，該方法包括：確定患者中一種或多種預測物的存在、缺乏或量，其中預測物的存在、缺乏或量與至少一種有利結果相關聯；并且基于預測物的存在、缺乏或量對患者實施治療。

具體實施方式

本發明已經發現了用于立即檢測和定量生物樣品中超過一種生物標記的基因表達測定法。此類生物標記可用于鑒定如下患者：有患病的高風險；有不良預后的高風險；有良性預后的高幾率；可能表現出響應于特定治療的有利結果；或可能表現出響應特定治療的不利結果。

在不受限的前提下，本發明提供了(a)通過確定一種或多種預測物的存在或量而預測在癌癥患者中對治療的響應的方法，(c)通過基于一種或多種預測物的存在或量來選擇患者以治療癌癥的方法，以及(d)基于患者的生物標記特征治療癌癥患者。

在某些實施例中，提供了在癌癥患者中用于預測對癌癥治療(例如，使用CYP17抑制劑的治療，諸如阿比特龍或其可藥用的鹽)的響應的方法，該方法包括在患者或來自該患者的生物樣品中確定預測物的存在或量；并且其中預測物的存在或量與至少一種良性結果相關聯。某些實施例包括確定在患者或來自該患者的生物樣品中測定第二預測物的存在或量，其中第二預測物的存在或量與至少一種良性結果相關聯。

本發明涉及對預測物的鑒定，預測物在本文還稱為“變體”、“標記”、“生物標記”和/或“因子”，其與對癌癥治療的有利響應的提高概率相關聯。患者對癌癥治療的響應與這些預測物之間的關聯可提高更高的特定治療的安全可信度和/或功效。預測物可以是基因、蛋白質、患者特征或患者病史的方面。

根據本發明并用于本發明測定法的預測物包括：全長雄性激素受體(AR)；AR變體1(ARV1)、AR變體3/變體7(ARV3/V7)、AR變體567(ARV567)、AR變體8(ARV8)、TMPRSS2全長野生型；ERG全長野生型；ETV1全長野生型；TMPRSS2:ETV1融合基因(TMP:ETV)；和TMPRSS2:ERG融合基因(TMP:ERG)；CYP17；CYP11；HSD3B1；AKRIC3；NPY；PSA；KLK2；AGR2；BST1；PTPRC；以及SNPsL701H、H974Y、T877A、V715M；ESR1；Her2；雌激素受體(ER)；PR；CYP19、和Delta3AR。

本發明的測定法檢測生物樣品中超過一種生物標記，并且可檢測樣品中生物標記的任何組合。在一個實施例中，該測定法檢測TMP:ERG和選自AR、ARV1、ARV3/V7、ARV567、ARV8、TMPRSS2、ERG、ETV和TMP:ETV的一種或多種生物標記。

如本文所用，術語“含有”、“包含”、“具有”以及“包括”以它們開放的、非限制性的意思使用。

“量”可以指數值、強度、濃度、數量、程度或表達水平。例如，基因的量可以是基因或其部分存在于受試者基因組中或該受試者細胞中的次數的數量。量還可以指表達標記的生物樣品中的細胞數量、或生物樣品中的標記的總體表達水平或強度。量還可以指患者此前可能已暴露的治療類型或方法的數量。量可以與絕對數量比較，與來自健康患者的參比樣品比較、與來自健康患者的平均數量比較或與來自患有類似疾病的患者的平均數量比較。