[發明專利]用于單分子分析的方法

在審

• 申請號: 201480007595.1
• 申請日: 2014-02-03
• 公開（公告）號: CN105143462A
• 公開（公告）日: 2015-12-09
• 發明（設計）人: 曹涵;肖明;亞歷克斯·R·黑斯蒂;邁克爾·G·薩比尼;亨利·B·薩多夫斯基
• 申請（專利權）人: 生物納米基因有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C07H21/00
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 瞿衛軍;王朋飛

1.一種表征DNA的方法，所述方法包括：

在第一序列基序處使第一DNA產生切口，其中所述第一DNA是雙鏈的，并且其中所述第一DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈；

用第一標記標記所述第一DNA上的所述切口；

線性化所述第一DNA；以及

檢測所述線性化的第一DNA上的所述第一標記的模式。

2.如權利要求1所述的方法，其中在標記后線性化所述第一DNA。

3.如權利要求1所述的方法，還包括用第三標記標記所述第一DNA，其中所述第三標記是非序列特異性的，并且其中所述第三標記與所述第一標記不同。

4.如權利要求1-3中任一項所述的方法，還包括修復所述第一DNA上的至少一些切口。

5.如權利要求4所述的方法，其中在用所述第三標記標記所述標記的第一DNA之前修復所述第一DNA上的切口。

6.如權利要求1-5中任一項所述的方法，所述方法還包括：

在所述第一序列基序處使第二DNA產生切口；

用所述第一標記標記所述第二DNA上的所述切口；

線性化所述第二DNA；以及

檢測所述線性化的第二DNA上所述第一標記的模式。

7.如權利要求6所述的方法，所述方法還包括用所述第三標記標記所述第二DNA。

8.如權利要求6-7中任一項所述的方法，還包括修復所述第二DNA上的至少一些切口。

9.如權利要求8所述的方法，其中在用所述第三標記標記所述標記的第二DNA之前修復所述第二DNA上的切口。

10.如權利要求1-9中任一項所述的方法，所述方法還包括：

在第二序列基序處使第一DNA產生切口，其中所述修復的第一DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈，以及

用所述第二標記標記所述第一DNA上所述第二序列基序處的切口，其中所述第二標記與所述第三標記不同。

11.如權利要求10所述的方法，還包括在用所述第二標記進行標記后，修復所述第一DNA上的切口。

12.如權利要求11所述的方法，其中在用所述第三標記標記所述第一DNA之前，修復所述第一DNA上的切口。

13.如權利要求10-12中任一項所述的方法，還包括檢測所述第一DNA上所述第二標記的模式。

14.如權利要求8-13中任一項所述的方法，所述方法還包括：

在第二序列基序處使所述修復的第二DNA產生切口，其中所述修復的第二DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈；以及

用第二標記標記所述第二DNA上所述第二序列基序處的切口，其中所述第三標記與所述第二標記不同。

15.如權利要求14所述的方法，還包括在用第二標記進行標記后，修復所述第二DNA上的切口。

16.如權利要求14-15中任一項所述的方法，還包括檢測所述第二DNA上所述第二標記的模式。

17.一種表征DNA的方法，所述方法包括：

用第一切口核酸內切酶在識別序列處使第一DNA的一條鏈產生切口，其中所述第一DNA是雙鏈的，并且其中所述第一DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈；

用第一標記在切口位點標記所述第一DNA；

修復所述第一DNA上的所述切口；

用第二切口核酸內切酶在識別序列處使第二DNA的互補鏈產生切口，其中所述第二DNA的互補鏈與所述第一DNA的一條鏈互補，其中所述第二DNA是雙鏈的，并且其中所述第二DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈；

用第二標記在所述切口位點標記所述第二DNA；

修復所述第二DNA上的所述切口；

線性化所述標記的第一DNA和所述標記的第二DNA；以及

檢測所述線性化的第一DNA和線性化的第二DNA上所述第一和第二標記的模式。

18.如權利要求17所述的方法，還包括用第三標記標記所述修復的第一和第二DNA，其中所述第三標記是非序列特異性的。

19.如權利要求6-18中任一項所述的方法，其中所述第一DNA和所述第二DNA都來自同一來源。