[發(fā)明專利]用于結(jié)腸直腸癌中使用的生物標(biāo)志物

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410820731.0
• 申請日: 2014-12-24
• 公開（公告）號: CN104531866A
• 公開（公告）日: 2015-04-22
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 夏學(xué)良
• 申請（專利權(quán)）人: 北京麗陽吉諾科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京商專永信知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11400
• 代理人: 方挺;葛強(qiáng)

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明總體上提供了可用于通過檢測生物標(biāo)志物概況中基因的改變甲基化水平而診斷、預(yù)后和治療評價結(jié)腸直腸癌、特別是早期診斷、預(yù)后和治療評價的組合物和方法。

背景技術(shù)

結(jié)腸直腸癌(CRC)可以大致分為遺傳性(或家族性)形式和單個發(fā)生形式(sporadic?form)。遺傳性非息肉病性結(jié)腸直腸癌(HNPCC)或Lynch綜合征在美國僅占結(jié)腸癌病例的2至3％。家族性腺瘤性息肉病(FAP)發(fā)生在1/20,000的活新生兒中，且占結(jié)腸癌病例的少于1％。相反，結(jié)腸癌的單個發(fā)生形式，其不具有強(qiáng)烈的基因或遺傳性組分，占所有病例的超過80％。工業(yè)化國家似乎在它們的人口中具有CRC的最大風(fēng)險，而癌癥發(fā)病率仍在增加。CRC現(xiàn)在是全球癌癥死亡的最主要原因之一。在美國，它是第三大常見癌癥，且是所有癌癥患者中癌癥死亡的第二大常見原因。原因之一是缺乏有效的測試方法用于檢測腫瘤和確定腫瘤對治療的響應(yīng)。

此外，一旦已經(jīng)診斷結(jié)腸癌，則將癌癥分期以便相應(yīng)地計劃治療也是重要的。結(jié)腸癌的階段包括0期、I期、II期、III期和IV期。CT掃描、MRI(磁共振成像)、PET掃描(正電子發(fā)射斷層掃描)、胸部X光、手術(shù)、淋巴結(jié)活檢、紅和白血細(xì)胞的全血計數(shù)、血小板、血紅蛋白等或癌胚抗原(CEA)測定是經(jīng)常用于分期的測試和程序。

無論各種可用治療的效率，已經(jīng)顯示CRC的早期階段或者甚至癌前病變的篩選通常是最有效的，特別是用于降低疾病相關(guān)的死亡率和成本。然而，最常用的早期篩選方法不具有足夠的靈敏度和特異性，并且它們經(jīng)常是侵入且復(fù)雜的，因此患者接受度較差。盡管最近的研究進(jìn)展已經(jīng)顯示，表觀遺傳甲基化大量存在于各種癌癥中，且已經(jīng)廣泛研究了甲基化在癌癥中的作用，然而，許多基于與結(jié)腸直腸癌相關(guān)的表觀遺傳甲基化的測試僅可適用于腫瘤活檢組織中。因此，這些測試使用有限，因為，如眾所周知，用于結(jié)腸直腸癌的傳統(tǒng)手術(shù)活檢和成像技術(shù)具有許多限制，因為它們是侵入性的，對經(jīng)歷所述程序的患者造成感染和持續(xù)不利影響的風(fēng)險。因此，非常需要以靈敏和依從的方式診斷和評價CRC及其易患性的篩選測試。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的一個方面提供了使用生物標(biāo)志物概況的方法，對于所述生物標(biāo)志物概況而言，甲基化水平在評估CRC階段、發(fā)展和對治療響應(yīng)中是重要且顯著的。更重要地，基于這種標(biāo)志物概況的測試方法允許檢測全血、血清或血漿中的循環(huán)甲基化生物標(biāo)志物，這提供了用于診斷CRC和監(jiān)測癌癥進(jìn)展和對治療的響應(yīng)的非侵入性的期望方法。在本發(fā)明中，獲得可用血液樣品操作的測定不僅對于臨床環(huán)境中此類方法的各種優(yōu)點、而且同樣對于克服行業(yè)面臨的困難是至關(guān)重要的，所述困難為：因為可能的降解，不是所有生物標(biāo)志物在血液中是完整的，以及不是所有生物標(biāo)志物對于不同類型的樣品都具有類似令人滿意的表現(xiàn)。

本發(fā)明總體上提供了評價受試者中的結(jié)腸直腸癌(CRC)的方法。所述方法包括：(1)從所述受試者獲得血液樣品；(2)使所述血液樣品經(jīng)受一定條件，所述條件允許核酸擴(kuò)增以產(chǎn)生對于血液樣品中可操作的CRC生物標(biāo)志物概況中至少一種生物標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物；和(3)鑒定對于血液樣品中可操作的甲基化CRC生物標(biāo)志物特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，其中此類擴(kuò)增產(chǎn)物的存在表明所述受試者中存在CRC，并且其中此類擴(kuò)增產(chǎn)物的不存在表明所述受試者中不存在CRC。在該方法中，血液樣品中可操作的CRC生物標(biāo)志物概況包含PROM1、SARP1、MSF1及其組合。因此，在一個實施方案中，可以產(chǎn)生對于PROM1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。在另一個實施方案中，可以產(chǎn)生對于SARP1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。在又一個實施方案中，可以產(chǎn)生對于MSF1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。在又一個實施方案中，可以產(chǎn)生對于PROM1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物和對于SARP1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。在又一個實施方案中，可以產(chǎn)生對于PROM1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物和對于MSF1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。在一個其他實施方案中，可以產(chǎn)生對于MFS1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物和對于SARP1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。在又一個實施方案中，可以產(chǎn)生對于PROM1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物、對于SARP1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物和對于MFS1的甲基化狀態(tài)特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物，以便評價患者中的CRC。