[發明專利]具有改善的噬菌體抗性的培養物

有效

• 申請號: 201410815731.1
• 申請日: 2008-02-29
• 公開（公告）號: CN104531672B
• 公開（公告）日: 2020-01-10
• 發明（設計）人: R·巴蘭古;C·弗雷莫;P·霍瓦特;D·羅梅羅;P·伯亞瓦爾
• 申請（專利權）人: 杜邦營養生物科學有限公司
• 主分類號: C12N15/09
• 分類號: C12N15/09;C12N1/21;A23C9/12
• 代理公司: 11247 北京市中咨律師事務所
• 代理人: 凌立;黃革生

1.用于產生包含至少兩種不同噬菌體抗性變異菌株的起子培養物的方法，所述方法包括步驟：

(a)使包含CRISPR基因座的親代細菌菌株暴露于至少一種噬菌體，以產生包含至少一種含有經修飾的CRISPR基因座的噬菌體抗性變異菌株的細菌混合物，所述經修飾的CRISPR基因座中至少包含一個其他的間隔區；

(a1)從所述步驟(a)的細菌混合物選擇所述的噬菌體抗性變異菌株；

(a2)從步驟(a1)中選出的所述噬菌體抗性菌株中選擇在所述經修飾的CRISPR基因座中包含額外間隔區的所述噬菌體抗性變異菌株；

(a3)分離所述的噬菌體抗性變異菌株，其中所述菌株在所述經修飾的CRISPR基因座中包含額外的間隔區；

(b)使包含CRISPR基因座的親代細菌菌株暴露于至少一種不同的噬菌體，以產生包含至少另一種含有經修飾的CRISPR基因座的噬菌體抗性變異菌株的細菌混合物，所述經修飾的CRISPR基因座中至少包含一個其他的間隔區；

(b1)從所述步驟(b)的細菌混合物選擇所述的噬菌體抗性變異菌株；

(b2)從步驟(b1)中選出的所述噬菌體抗性菌株中選擇在所述經修飾的CRISPR基因座中包含額外間隔區的所述噬菌體抗性變異菌株；

(b3)分離所述的噬菌體抗性變異菌株，其中所述菌株在所述經修飾的CRISPR基因座中包含額外的間隔區；

(c)組合至少一種來自步驟(a3)的分離的噬菌體抗性變異菌株和至少一種來自步驟(b3)的分離的噬菌體抗性變異菌株，其中步驟(b)中的至少一種額外的間隔區的序列不同于步驟(a)中的至少一種額外的間隔區。

2.權利要求1的方法，其中所述的方法還包括步驟：比較所述親代細菌菌株的所述CRISPR基因座和所述噬菌體抗性變異菌株的所述經修飾的CRISPR基因座，以鑒定在所述經修飾的CRISPR基因座中包含在所述親代細菌菌株的所述CRISPR基因座中缺少的至少一個額外間隔區的噬菌體抗性變異菌株。

3.權利要求2的方法，所述方法還包括選擇在所述經修飾的CRISPR基因座中包含額外間隔區的所述噬菌體抗性變異菌株的步驟。

4.權利要求1的方法，其中將所述的親代細菌菌株暴露于兩種或多種噬菌體。

5.權利要求1的方法，其中將所述的親代細菌菌株同時暴露于兩種或多種噬菌體。

6.權利要求1的方法，其中將所述的親代細菌菌株依次暴露于兩種或多種噬菌體。

7.權利要求1的方法，其中所述的親代細菌菌株被噬菌體感染。

8.權利要求7的方法，其中所述的至少一種噬菌體選自以下病毒科：覆蓋噬菌體科(Corticoviridae)、囊狀噬菌體科(Cystoviridae)、絲桿狀噬菌體科(Inoviridae)、光滑噬菌體科(Leviviridae)、微小噬菌體科(Microviridae)、肌尾噬菌體科(Myoviridae)、短尾噬菌體科(Podoviridae)、長尾噬菌體科(Siphoviridae)和復層噬菌體科(Tectiviridae)。

9.權利要求7的方法，其中所述的至少一種噬菌體是天然存在的噬菌體。

10.權利要求7的方法，其中所述的至少一種噬菌體是使用噬菌體抗性細菌通過選擇壓力所獲得的突變噬菌體。

11.權利要求1的方法，其中親代細菌菌株的所述CRISPR基因座的5’端和/或3’端與所述噬菌體抗性變異菌株的所述經修飾的CRISPR基因座比較。

12.權利要求1的方法，其中所述親代細菌菌株的所述CRISPR基因座的第一CRISPR間隔區的5’端和/或3’端與所述噬菌體抗性變異菌株的所述經修飾的CRISPR基因座比較。