[發明專利]一種基于全基因組STR建立動物親權鑒定系統的方法

有效

• 申請號: 201410757128.2
• 申請日: 2014-12-10
• 公開（公告）號: CN104480205A
• 公開（公告）日: 2015-04-01
• 發明（設計）人: 李生斌;李波;劉清波;常遼;熊子軍
• 申請（專利權）人: 西安交通大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 陸萬壽

1.一種基于全基因組STR建立動物親權鑒定系統的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)全基因組STR位點查找：通過串聯重復序列查找軟件Tandem?Repeat?Finder(TRF)在所研究物種全基因組參考序列中尋找所有STR位點；

2)STR位點的初步篩選：統計出該物種全基因組參考序列中重復單位為4個堿基的STR位點，并從中隨機選取50～300個STR位點；

3)引物設計：對于步驟2)中所選取的每一個STR位點，在串聯重復序列前后兩端200堿基長度的保守序列內，分別設計用于多核苷酸擴增反應的正向引物和反向引物；

4)動物群體隨機抽樣并提取基因組DNA：在所研究的動物群體中通過隨機抽樣的方式獲得樣本，并提取樣本中所有個體的基因組DNA；

5)STR位點群體多態性驗證：

①使用步驟3)中的引物分別擴增樣本中所有個體的基因組DNA目標基因組區域；

②擴增產物經分離后進行基因分型；

③以片段大小作為等位基因，計算各STR位點等位基因分布頻率；

6)采用皮爾森卡方檢驗對步驟5)中各STR位點的基因型分布頻率進行哈迪-溫伯格平衡檢驗，篩選出符合哈迪-溫伯格平衡的STR位點；

7)STR位點的法醫學學應用價值評價：對步驟6)中篩選出的符合哈迪-溫伯格平衡的STR位點分別計算其法醫學參數；

8)建立STR親權鑒定系統：根據法醫學參數，選取若干獨立位點，使得累積排除概率大于0.99，由這些位點及對應的引物組成該物種的STR親權鑒定系統。

2.根據權利要求1所述的基于全基因組STR建立動物親權鑒定系統的方法，其特征在于，所述步驟5)-②中，擴增產物經分離后根據片段大小，利用軟件Genemapper3.5進行基因分型。

3.根據權利要求1所述的基于全基因組STR建立動物親權鑒定系統的方法，其特征在于，所述步驟5)-③中，計算各位點等位基因頻率，即計算各等位基因數量占該基因座全部等位基因總數的比率。

4.根據權利要求1所述的基于全基因組STR建立動物親權鑒定系統的方法，其特征在于，步驟6)中，采用皮爾森卡方檢驗對各STR位點的基因型分布頻率進行哈迪-溫伯格平衡檢驗，哈迪-溫伯格平衡是指基因型頻率分布的觀察值和理論值無顯著差異，具體為：

①計算基因型分布頻率的觀察值：觀察到的特定基因型個體數除以全部個體數；

②計算基因型分布頻率的理論值：對于一個STR位點，假設有n個等位基因，用x_i代表該第i個等位基因的頻率，則該位點的基因型分布頻率的理論值計算公式為：

(Σi=1nxi)2=Σi=inxi2+2·Σi=1n-1(xi·Σj=i+1nxj),(Σi=1nxi=1)(i,j∈N)]]>

③用皮爾森卡方檢驗判斷每個STR位點基因型頻率分布的觀察值和理論值是否具有顯著差異，如果二者具有顯著差異p<0.05，則該位點不符合哈迪-溫伯格平衡，在后續步驟中將該位點剔除；如果二者不具有顯著差異p>0.05，則該位點符合哈迪-溫伯格平衡。