[發明專利]RNA測序數據處理的方法和裝置

在審

• 申請號: 201410724856.3
• 申請日: 2015-08-04
• 公開（公告）號: CN104504302A
• 公開（公告）日: 2015-07-29
• 發明（設計）人: 陳利群;姜曉雪;郭陽;周婷婷
• 申請（專利權）人: 北京諾禾致源生物信息科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20;G06F17/30
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 吳貴明;張永明

1.一種RNA測序數據的處理方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取RNA測序數據的文件路徑；

根據所述RNA測序數據的文件路徑獲取包含所述RNA測序數據的測序數據文件；

獲取用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件，所述查詢條件至少包括如下任意一種或多種條件：包含至少一個基因名稱的基因名稱列表以及至少一個樣本的基因信息標簽；

根據所述查詢條件從所述測序數據文件中查詢得到所述RNA測序數據中滿足所述查詢條件的篩選結果；

輸出所述RNA測序數據中滿足所述查詢條件的篩選結果。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，通過如下任意一種方式獲取用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件中的基因名稱列表：

方式一：通過應用界面提供的輸入框接收用戶輸入的所述基因名稱列表；

方式二：確定所述基因名稱列表對應的列表保存地址，根據所述列表保存地址讀取并導入所述基因名稱列表；

方式三：根據預先確定的基因名稱的篩選條件，從所述測序數據文件中篩選得到所述基因名稱列表，其中，所述基因名稱的篩選條件包括如下任意一個或多個信息：樣品表達量、差異比較組以及基因功能。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，在通過方式三獲取用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件中的基因名稱列表的情況下：

當所述基因名稱的篩選條件至少包括樣品表達量時，根據預先確定的基因名稱的篩選條件，從所述測序數據文件中篩選得到所述基因名稱列表的步驟包括：

獲取用戶輸入樣品的RPKM閾值或FPKM閾值，

根據所述樣品的RPKM閾值或FPKM閾值，從所述測序數據文件中篩選得到滿足所述樣品的RPKM閾值或FPKM閾值的基因名稱列表。

4.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，在通過方式三獲取用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件中的基因名稱列表的情況下：

當所述基因名稱的篩選條件至少包括差異比較組時，根據預先確定的基因名稱的篩選條件，從所述測序數據文件中篩選得到所述基因名稱列表的步驟包括：

獲取用戶輸入的比較樣品組的log₂?fold?change閾值和q值閾值，

根據所述比較樣品組的log₂?fold?change閾值和q值閾值，從所述測序數據文件中篩選得到滿足所述比較樣品組的log₂?fold?change閾值和q值閾值的基因名稱列表。

5.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，在通過方式三獲取用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件中的基因名稱列表的情況下：

當所述基因名稱的篩選條件至少包括基因功能時，根據預先確定的基因名稱的篩選條件，從所述測序數據文件中篩選得到所述基因名稱列表的步驟包括：

獲取用戶輸入包括如下任意一個或多個基因功能信息：GO?ID號、GO注釋庫中的關鍵詞、KEGG?ID號以及KEGG注釋庫中的關鍵詞；

根據所述一個或多個基因功能信息，從所述測序數據文件中篩選得到滿足所述一個或多個基因功能信息的基因名稱列表。

6.根據權利要求2至5中任意一項所述的方法，其特征在于，在獲取到用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件中的基因名稱列表之后，所述方法還包括：

根據用戶輸入的提取基因的基因信息標簽，獲取所述測序數據文件中符合所述基因名稱列表中的基因的所述基因信息標簽；其中，所述基因信息標簽包括基因功能注釋、基因表達量、基因分子標記、基因序列、基因差異分析和基因富集。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，在所述基因信息標簽為基因功能注釋的情況下，在獲取到用于對所述測序數據文件進行篩選處理的查詢條件中的基因名稱列表之后，所述方法還包括：

獲取用戶輸入的用于提取基因的如下任意一種或多種基因功能注釋：基因長度、NR、NT、KEGG、Swissprot、PFAM和GO的功能注釋；

根據所述基因名稱列表和所述一種或多種基因功能注釋，從所述測序數據文件中查詢得到滿足所述基因名稱列表和所述基因功能注釋的篩選結果。