[發(fā)明專(zhuān)利]一種水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性檢測(cè)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410723165.1
• 申請(qǐng)日: 2014-12-03
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN104404039A
• 公開(kāi)（公告）日: 2015-03-11
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 楊靜;李成云;朱有勇;劉林;梁美玲
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 云南農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類(lèi)號(hào): C12N15/11
• 分類(lèi)號(hào): C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京科億知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11350
• 代理人: 湯東鳳

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物分子標(biāo)記領(lǐng)域，特別涉及一種水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性檢測(cè)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?polymorphism,SNP)，指由于單個(gè)核苷酸堿基的改變而導(dǎo)致的核酸序列的多態(tài)性。在不同個(gè)體的同一條染色體或同一位點(diǎn)的核苷酸序列中，絕大多數(shù)核苷酸序列一致而只有一個(gè)堿基不同的現(xiàn)象，即SNP。包括單堿基的轉(zhuǎn)換、顛換、插入及缺失等形式。SNP的特點(diǎn)有密度高、富有代表性、遺傳穩(wěn)定性、易實(shí)現(xiàn)分析的自動(dòng)化等特點(diǎn)。

從分子水平上對(duì)單個(gè)核苷酸的差異進(jìn)行檢測(cè)，SNP標(biāo)記可幫助區(qū)分兩個(gè)個(gè)體遺傳物質(zhì)的差異。檢測(cè)SNP的最佳方法是DNA芯片技術(shù)。SNP被稱(chēng)為第三代DNA分子標(biāo)記技術(shù)，隨著DNA芯片技術(shù)的發(fā)展，其有望成為最重要最有效的分子標(biāo)記。SNP的檢測(cè)分析技術(shù)可以通過(guò)多種技術(shù)進(jìn)行檢測(cè)分析，其中以芯片技術(shù)可以將大量的探針同時(shí)固定于支持物上,所以一次可以對(duì)大量的DNA分子進(jìn)行檢測(cè)分析,從而解決了傳統(tǒng)核酸印跡雜交技術(shù)復(fù)雜、自動(dòng)化程度低、檢測(cè)目的分子數(shù)量少、效率低的問(wèn)題。因此基因芯片已廣泛用于SNP檢測(cè)和多態(tài)性分析等方面，如人類(lèi)線粒體基因組多態(tài)性分析、人類(lèi)基因組單、核苷酸多態(tài)性鑒定、作圖及分型等。盡管基因芯片技術(shù)憑其大信息量,自動(dòng)化和低成本的特點(diǎn)已得到大規(guī)模的發(fā)展,但SNP分子標(biāo)記在進(jìn)行水稻對(duì)稻瘟病基礎(chǔ)抗性的鑒定上還未見(jiàn)報(bào)道。

發(fā)明內(nèi)容

為解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問(wèn)題，本發(fā)明的目的在于提供一種水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性檢測(cè)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，可用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的鑒定。利用本發(fā)明的引物對(duì)，以水稻基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可以得到與水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基因緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，該標(biāo)記在本發(fā)明中命名為SNPprim1。通過(guò)PCR擴(kuò)增分析可以明確該標(biāo)記的有無(wú)可以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)，能夠用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性有無(wú)的檢測(cè)。該SNP分子標(biāo)記帶型簡(jiǎn)單、分布較密等特點(diǎn)具有SSR不可比擬的優(yōu)勢(shì)，能快速精確檢測(cè)亞種內(nèi)品種間的多態(tài)性，具有廣闊的應(yīng)用前景。

為達(dá)到上述目的，本發(fā)明的技術(shù)方案為：

一種水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的SNP分子標(biāo)記SNPprim1，該分子標(biāo)記的核苷酸序列為SEQ?ID?No.1。

進(jìn)一步的，擴(kuò)增所述水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基因的SNP分子標(biāo)記SNPprim1的引物對(duì)為：

SNPprim1-F：GCAAGTCGAAAGGGAAGGGA

SNPprim1-R：GGATGCCCGGTCGTGATAAT

進(jìn)一步的，檢測(cè)所述水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基因的SNP分子標(biāo)記的方法為：以抗病和感病水稻總DNA為模板，用所述引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR擴(kuò)增條件為95℃預(yù)變性3min、94℃變性1min、55℃退火1min、72℃延伸1min，72℃延伸10min。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，將目的條帶的大小與分子標(biāo)記進(jìn)行對(duì)比，從而根據(jù)分子標(biāo)記的有無(wú)判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性，含有該SNP標(biāo)記的水稻品種相應(yīng)的具有對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性。

進(jìn)一步的，所述SNP分子標(biāo)記在檢測(cè)，鑒定水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性方面的應(yīng)用。

相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明的有益效果為：

本發(fā)明以水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的SNP分子標(biāo)記可用于水稻基礎(chǔ)抗性進(jìn)行鑒定。

根據(jù)水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性侯選基因序列的特點(diǎn)，可以開(kāi)發(fā)大量的SNP分子標(biāo)記。水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的SNP分子標(biāo)記解決了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基礎(chǔ)抗性的方法，避免了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基礎(chǔ)抗性時(shí)受環(huán)境條件以及接種時(shí)人為因素的影響而使鑒定結(jié)果不準(zhǔn)確，本發(fā)明的分子標(biāo)記具有快速、準(zhǔn)確、不受環(huán)境和人為因素的干擾，能快速了解所鑒定的水稻品種是否具有基礎(chǔ)抗性。本發(fā)明以水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的SNP分子標(biāo)記可用于植物抗病基因或病原菌致病基因的發(fā)掘等方面。通過(guò)本發(fā)明的分子標(biāo)記，可充分挖掘水稻基礎(chǔ)抗性資源，為解決水稻抗瘟性育種資源匱乏提供重要的信息。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解，在水稻抗瘟性鑒定中，除了通過(guò)上述PCR擴(kuò)增的方法獲得本發(fā)明的分子標(biāo)記外，也可以通過(guò)傳統(tǒng)的水稻人工接種水稻品種的抗瘟性鑒定方法得到本發(fā)明的分子標(biāo)記。傳統(tǒng)水稻抗瘟性鑒定方法容易受環(huán)境條件特別是溫度、濕度和人為因素的影響，而本發(fā)明的分子標(biāo)記能夠克服環(huán)境條件的影響，提高鑒定的準(zhǔn)確性和效率。

附圖說(shuō)明

圖1是SNP分子標(biāo)記檢測(cè)水稻品種liyub和麗江新團(tuán)黑谷水稻品種電泳圖。