[發(fā)明專利]探針及其用途有效
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201410629930.3 | 申請(qǐng)日： | 2014-11-11 |
| 公開（公告）號(hào)： | CN105603052B | 公開（公告）日： | 2021-03-19 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 魏曉明;楊昀;田甜;孫巖 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 武漢華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司;深圳華大基因股份有限公司 |
| 主分類號(hào)： | C12Q1/6883 | 分類號(hào)： | C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12N15/11;C12M1/34;C40B50/06;C40B60/14 |
| 代理公司： | 北京清亦華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201 | 代理人： | 李志東 |
| 地址： | 430070 湖北省武漢市東湖*** | 國(guó)省代碼： | 湖北;42 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 探針 及其 用途 | ||
1.一種確定待測(cè)樣本FLG基因編碼區(qū)核酸序列的方法，其特征在于，所述方法用于非診斷目的，包括以下步驟：
將基因組DNA片段化，以便獲得DNA片段；
將所述DNA片段進(jìn)行末端修復(fù)，以便獲得經(jīng)過末端修復(fù)的DNA片段；
在所述經(jīng)過末端修復(fù)的DNA片段的3’末端添加堿基A，以便獲得具有粘性末端A的DNA片段；
將所述具有粘性末端A的DNA片段與接頭相連，以便獲得連接產(chǎn)物；
利用一組探針對(duì)所述連接產(chǎn)物進(jìn)行篩選，以便獲得目的片段，所述目的片段構(gòu)成高通量測(cè)序文庫(kù)，所述高通量測(cè)序文庫(kù)包含F(xiàn)LG基因編碼區(qū)核酸序列；
對(duì)所述待測(cè)樣本的高通量測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，以便獲得測(cè)序結(jié)果；以及
基于所述測(cè)序結(jié)果，確定所述待測(cè)樣本FLG基因編碼區(qū)的核酸序列；
其中，所述一組探針的核苷酸序列如SEQ ID NO:1-1095所示。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，利用高通量測(cè)序技術(shù)優(yōu)選Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行所述測(cè)序。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，進(jìn)一步包括：
將所述待測(cè)樣本FLG基因編碼區(qū)的核酸序列與參考基因組序列進(jìn)行比對(duì)，以便確定所述待測(cè)樣本FLG基因編碼區(qū)是否存在突變，并獲得變異信息。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述參考基因組為所述待測(cè)樣本來(lái)源物種的參考基因組序列。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述參考基因組為人類參考基因組。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述一組探針游離于溶液。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述一組探針結(jié)合于固相基質(zhì)上，形成芯片。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，進(jìn)一步包括從樣本中提取基因組DNA的步驟。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，所述樣本來(lái)源于哺乳動(dòng)物。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，所述哺乳動(dòng)物為人和小鼠的至少一種。
11.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，所述基因組DNA為人類全血基因組DNA。
12.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，利用covaris-S2打斷儀將基因組DNA片段化。
13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述DNA片段的長(zhǎng)度為200-250bp。
14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，在將所述DNA片段進(jìn)行末端修復(fù)前，進(jìn)一步包括純化DNA片段的步驟。
15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，將所述DNA片段進(jìn)行末端修復(fù)是利用Klenow片段、T4 DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶進(jìn)行的，其中，所述Klenow片段具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’聚合酶活性，但缺少5’→3’外切酶活性。
16.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，將所述經(jīng)過末端修復(fù)的DNA片段的3’末端添加堿基A是利用Klenow(3’-5’exo-)進(jìn)行的。
17.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，將所述具有粘性末端A的DNA片段與接頭相連是利用T4 DNA連接酶進(jìn)行的。
18.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述高通量測(cè)序文庫(kù)適于利用高通量測(cè)序技術(shù)優(yōu)選Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。
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